即對應動畫為TV 7《每月壹件禮物威脅事件》
柯南看到的小川先生食指前端有類似線狀的痕跡，推斷他是外科醫生，讓小蘭聯想到了新壹（“雲霄飛車殺人事件”中的表現），接著便密切地觀察著柯南，之後又套柯南的話。
柯南請阿笠博士用變聲器模擬新壹的聲音給小蘭打電話，柯南同時在小蘭家裏，使小蘭認為柯南與新壹是兩個人。
2、Vol.4 File.6《倒數十秒鐘》～File.7《意外的藏寶圖》（總File.36與37）
即TV 5《新幹線列車爆炸事件》
柯南為了阻止列車爆炸，想告訴小蘭真相。後被小蘭追問，柯南辯稱自己是假面超人。（TV 版進行了改動，最後由偵探團幾人用玩笑話解圍）
3、Vol.14 File.1《照片為證》～File.4《落葉繽紛中的質問》（總File.131～134）
即TV 96《走投無路的名偵探！連續兩大殺人事件》
柯南睡覺時被小蘭摘掉了眼睛，使小蘭感到眼熟，同時小蘭找到了10年前與新壹和魔術師九十九元康的合影，使小蘭堅信柯南就是新壹，變小的原因是吃了博士發明的怪藥。
當小蘭把柯南領到新壹家門口逼他招供時，新壹的媽媽（有希子）出現了，有希子幫柯南撒了謊，說柯南是自己的親戚，使小蘭信以為真了。最後有希子的壹句：“當時那女孩笑的有些怪異。”，優作的“小看女人的人是要吃虧的！”話，暗示出小蘭並不是真的相信柯南≠新壹。
4、Vol.21 File.4《最初的招呼》（總File.204）
即TV 162《飛天密室 工藤新壹最初的事件》
剛上飛機的柯南就睡著了，小蘭為他摘下眼鏡，並且看著柯南的臉時笑了，回想起了壹年前和新壹坐飛機時發生的案件，這也是新壹獨立解決的第壹個案件。
這個細節隱藏比較深，細細品味的話，這時小蘭已經懷疑（或者說確定）柯南身份了，看到柯南的臉回憶起新壹的事情也就是很自然的了。（動畫版中沒出現這個情景）
Vol.23 File.8《這就是真相》（總File.229）
即TV 174《二十年的殺意 新佛尼號連續殺人事件》
小蘭從相處中逐漸發現柯南就是新壹，當時在甲板上說的：“不要丟下我壹個人……”可以體現出來。（動畫中這個畫面被淡化了，不過之後經常回憶起）
Vol.25 File.1《不合群？》（總File.243）
即TV 172《復活的死亡訊息（前篇）》
當小蘭和園子問柯南會不會滑冰時，柯南假裝摔倒，小蘭覺得很假；案發時，柯南聽到園子的尖叫，很快地溜向了案發地點，看著柯南溜冰的模樣，蘭再次產生了疑惑。
Vol.25 File.9《負傷的偵探團》與File.11《確信》
Vol.26 File.1《迷茫的心》～ File.5《休息片刻》（總File.251～260）
即TV 188～193《危名的復活》系列★
小蘭基本發現柯南就是新壹。因而不願與柯南壹塊洗澡，並且知道柯南血型與自己相同。灰原制造出解藥，而自己假扮成柯南，讓“柯南”和新壹同時出現，打消了小蘭的顧慮。
（這次前後跨度較長，包含整個起疑、疑惑加深、基本確定、疑惑解除的過程）
5、Vol.46 File.11《疑惑的郵件》
Vol.47 File.1《疑惑的推理》～File.4《解開鎖定》（總File.479～483）
即TV 398～399《奇妙壹家的委托》
TV 400《心存疑惑的小蘭》
蘭發短信給新壹，但柯南的手機卻在這時響了起來，看著柯南壹系列慌張的表情，蘭再次懷疑柯南就是新壹。
在之前柯南就把博士和自己壹樣的手機借來把手機鏈換了，讓蘭研究博士的手機，然後再用新壹的手機打電話給蘭（放錄音），同時讓柯南出現在小蘭面前，解決了蘭的疑惑。
6、M 3《世紀末的魔術師》
因為柯南說了自己的生日在5月4日，讓蘭聯想到了新壹的生日也是5月4日，柯南在洞中救蘭時，蘭又感覺到了新壹，所以懷疑他是新壹。
當小蘭哭著對柯南說，“妳就是新壹吧”，柯南準備告訴她真相時，基德裝扮成新壹的樣子出現，為柯南解了圍。
7、其余未確定的懷疑：
Vol.66 File.8《附身符奪回大作戰》（總File.693）
即TV 573《難為情的護身符的去向（前篇）》
小蘭懷疑新壹有沒有碰過平次的護身符，而碰過的應該是柯南，雖然和葉說平次在什麽地方借過新壹，不過小蘭笑得很詫異的，感覺不相信和葉的解釋的。
而小蘭在潛意識中已經形成柯南壹定能發現線索和犯人的印象。感覺小蘭已經開始懷疑柯南的真實身份了。（可能是在為以後的劇情做鋪墊）
M 15《沈默的15分鐘》的情節不必我多說，也許這也是鋪墊，但是因為劇場版之間，劇場版與原作之間基本是獨立的，所以小蘭發現的可能性不大。
另外在最新的漫畫File.794《遺傳信息》中，小蘭說道：“DNA鑒定可是很厲害呢！以前通過唾液只能夠驗出血型，現在壹下子就能知道是不是本人了！那麽即使是喬裝打扮騙過大家眼睛的人，也會立刻被拆穿了呢！”最後壹句小蘭是看著柯南說的，而且柯南變成豆豆眼，所以很多人都認為這句話很可能成為小蘭開始懷疑柯南身份的暗示。
對於妳所說的“危命的復活”系列中小蘭為什麽會懷疑柯南的身份，應該和之前劇集相聯系，發現小蘭其實在之前已經有懷疑的跡象了。
P.S.：345集裏，小蘭是懷疑茱蒂老師的身份，所以才會躲藏在她車子的後備箱中。這集中沒有她懷疑柯南的情節出現。