上世紀80年代日本就利用DNA技術和其他考古及人類學手段對此展開了研究，現代日本人構成分為三部分：
本土土著，這壹部分並非是指現代日本的阿伊努少數民族。而是遠古時代從今阿爾泰山，蒙古和西伯利亞通古斯河谷等地渡海在日本本州島北部登陸的，這壹部分日本人血型以AB型為主，且陰性AB型高達40%，從DNA排序上和中國的滿族，鄂倫春，鄂溫克，赫哲，達斡爾等滿洲地區少數民族相似度為89%。從到達日本的時間上，這部分是最早到達的，最早可推至2萬前。
南方海洋移民，這壹部分和東南亞等海島地區的馬來和爪哇民族相似度僅為32%，但是出乎意料地和大洋洲的波利尼西亞人則高達92%。主要集中區域是日本四國島，本州島東南部太平洋沿岸地區。可以認定是在距今1萬年前從太平洋中部泛海而來。
大陸及半島移民，這壹部分分為兩部分，壹部分和今日朝鮮半島民族契合度達90%，可以認定為是古代朝鮮半島居民渡海遷移到日本九州島和本州島西部。時間最早可到七千年前。另壹部分和中國大陸的東南沿海居民吻合度為87%，最早抵達的時間大致為距今2500年前，大致為中國戰國至秦漢前期。
上述三部分從構成來分，本土和大陸移民各占約40%，海洋移民約占20%。從時間來看，本土土著最早，其次是海洋移民，朝鮮半島和中國大陸南方沿海移民到達最晚。