有6個故事情節。
1、重出江湖
北宋仁宗年間，汴京每有奇案發生之時，號稱“大宋第壹聰明人”公孫策便會出現在現場。 “大宋第壹聰明人”不是包拯嗎，原來包拯已經失蹤兩年，下落不明。
三年前和談金被盜，宋遼議和壹事壹直擱置，皇上委派公孫策前往邊境雙喜鎮議和，大遼南院樞密使蕭軍卻離奇喪命於此，壹家妓院裏，公孫策與展昭竟意外發現包拯。
2、三大神器
公孫策領著包拯及小蠻回到京城，仁宗馬上召見，只見仁宗壹臉憂郁的模樣。原來這些年裏，八賢王養病在家，朝中唯龐太師獨大，已至權傾朝野，仁宗只得日夜在家中潛心佛學，包拯只感同情。
仁宗邀得東瀛高僧至中土論道，派包拯代替自己前往參神！這次東瀛高僧帶同了神武天皇傳下的三大神器：八咫鏡、瓊曲玉及草雉劍前來。
有傳聞神武天皇，正是當年被秦始皇派往東海尋找神仙的徐福。徐福東渡後，把中土文化帶到東瀛，成了東瀛傳說中的開國皇帝，而三大神器，更藏著壹沒人能解開的大秘密。
3、靈力殺人
包拯跟公孫策、展昭及小蠻壹起上路。來到江南壹帶，忽見市集裏熱鬧非常，聚集了從各處而來的術士！原來江南巡撫剛自殺死了，可是，他留下了壹本可以統治西方官員的賬本。
卻不知藏在何處，遺孀為了完成巡撫的遺願，竟懸賞十萬兩，要把巡撫之魂招回來，以期找出其賬本所在，遂引來各方術士。術士們大都濫竽充數，引來笑話連篇。
各官員及術士聚集在巡撫府第中，熱鬧非常。其中壹名叫天問的女道士，道術很深，還會讀心術，壹時間令公孫策目瞪口呆。
就在當夜，壹名前來祭祀的官員死了。從死者房間的蛛絲馬跡，公孫策推斷出，疑兇正是天問！天問直呼冤枉，她是曾潛入死者房間，可是，她只是往偷東西而已！
原來天問原名陳鳶（小風箏），是壹名貪財的女飛賊，封老頭正是她的外公，二人合作做買賣，只要那裏有機會，他們便往那裏去。
最大的疑兇，落在龐統身上，可是，二人死之時，龐統卻有不在場的證據。
4、鳳凰勾魂
包拯壹行人來到了鳳凰鎮，小蠻和公孫策都感到了身體不適，於是去拜見有名的大夫金匱，也認識了其弟子大錐、二白和三陽。金大夫留包拯等人過他的六十大壽。
這時，未來皇後柴郡主竟也到了鳳凰鎮看金大夫，公孫策等人壹看原來所謂柴郡主，竟是小風箏假份，她又來混水摸魚了，只把公孫策氣得半死！
包拯得知鳳凰鎮有個“鳳凰勾魂”的故事。然而就在六十大壽的前兩天，三個弟子都幾乎在眾人面前死去了。當大錐二白死去時，金大夫悲慟徹哭，昏厥過去。
後來，三陽死時的懺悔，讓人以為兇手就是他，可是，當包拯要離開時才發現，壹切都錯了。
5、天芒現
長安以西。西出陽關無故人。這裏已是荒漠邊緣，也是包拯從三大神器裏領悟出的，天芒藏地所在。忽然，大隊兵馬向包拯等人圍攏過去，原來是陜西總兵奉龐太師之命。
領三百兵馬前來保護包拯尋找天芒。包拯等心知，保護是假的，到包拯得到天芒，龐太師要據為己有才是真的！可惜形勢彼人強，包拯等不得不從！
眾人來到沙漠邊的壹個小鎮，竟發現，平常人煙罕至的地方，竟聚集了各式人等：大遼將士、高麗禮部尚書、金國太子，連小貍及東瀛幕府的人也來了，各方精銳盡出。
來的俱是本國的第壹聰明人。當然，有些只是自命不凡，弄至笑料百出而已，但當中也有真才實學的。荒野小客棧，竟聚集了天下最聰明的人在此，互相較量，實是蔚為奇觀！
6、殺滅央
包拯回到京城，並向小蠻提親，小蠻被封郡主，卻在不久後，被人殺了…… 包拯悲慟莫名。包拯終找到疑兇，竟是很景仰他，仁宗身邊的小太監林忠義！
龐統對林忠義曾有壹飯之恩，林忠義銘記於心，遂為龐統效力！可是，就在查到林忠義之際，他卻遭殺害！包拯氣極，往找龐太師，可惜龐太師拒絕相見，包拯亦感無奈！
同時慢慢的，包拯發覺，事情也許跟龐太師無關……就在此時，包拯發現小蠻的死，竟跟自己當日的失蹤，有著莫大的關系！
終於，抽絲剝繭地，所有謎團皆被包拯打開了。原來，小蠻只是皇帝的棋子……而天芒，也只是壹個笑話。