雖然已經名聲顯赫，仍然有讀不懂笑話的讀者把《洋蔥》的故事當成了真新聞，《洋蔥》辦公室因此經常接到投訴電話和郵件。在報紙主編輯室有壹塊大布告牌，上面張貼了讀者來信，電郵復印件，和投訴抗議書。其中包括《我們的愚昧世紀》壹書出版人寫來的壹封信，他反映說，不少讀者抱怨，《洋蔥》許諾隨書免費贈送地球儀原來是騙人的。還有發自白宮的警告信，抗議《洋蔥》網站擅自盜用總統印章。《洋蔥》援引憲法第壹修正案，繼續使用總統印章，白宮並未將警告付諸實現。壹則“教皇又將3個人體腺體列入譴責名單”的故事引起梵蒂岡抗議。2002年，《北京晚報》把壹則洋蔥假新聞當成真新聞報道出來，說美國國會威脅要離開華盛頓，搬遷到其他地方，除非政府按照他們的要求把議會大廈的拱頂改建成可回收式樣。還有壹次，壹則“億萬富翁馬克·庫班收購全美體育俱樂部”的故事引來壹名體育迷驚慌失措的電話。更可笑的是，壹次《洋蔥》報道說，“壹位商場槍擊事件受害者拒絕死在過於女性化的蠟燭商店，在因失血過多昏倒前，憑借堅強的毅力爬進了旁邊的冠軍體育用品商店。”冠軍體育連鎖店竟然專門打電話給編輯部，提出願意獎勵故事中提到的那位正在醫院康復的槍擊受害者。今年6月，壹名被叫來修理辦公室空調的工人看到壹張裝幀起來裝飾在墻上的舊《洋蔥》報紙說，“地球自轉讓北美大陸陷入黑暗”。這個輕信的工人抓著頭皮問，“啊，什麽時候發生的？我怎麽沒有壹點兒印象？”
最近（2012年11月27日）人民日報旗下人民網（People's Daily）又鬧出了大笑話，將壹則洋蔥新聞模仿人物雜誌評選“2012世界上最性感的男人”(Sexiest Man Alive for 2012)中對金正恩入選進行了大肆報道，還煞有介事的將原文翻譯成中文，並配上了55張金正恩照片做成專題。隨後，人民日報的糗事被多家國外媒體報道，在世界範圍內淪為笑柄。洋蔥新聞也在其原稿上作出回應，稱“人民日報是其值得驕傲的子公司”。
13年8月，官媒連續幾天將假新聞當真事報導：新華網人民網網易鳳凰網等轉載了國際在線的壹篇編譯稿，稱亞馬遜創始人Jeff Bezos不小心點錯鼠標將《華盛頓郵報》點進了購物車，接到運通卡通知後才知道花了2.5億美元收購了《華盛頓郵報》。國際在線的消息來源是《紐約客》的洋蔥新聞《The Borowitz Report》。國際在線已經撤下了報導，新華網也再次刪貼——前天它剛剛將色情電影截圖當成美國大醜聞進行圖片報導。