壹群少年偵探在米華森抓甲蟲，柯南在那裏拿到了元太博士新研發的背帶，在劇末大有用武之地。其中，發現壹只雌性甲蟲背上有壹個開著便利店的交叉紙條印章，這是事後的關鍵信息之壹。後來，關於“標記甲蟲”的懸念再次以醫生的冷笑話結束了猜謎，而那個冷笑話是關於中國牛郎織女的傳說。
案件是以麻將牌為線索的連環殺人案。
第二個是警視廳的間諜。具體的發現是因為群馬縣的山村警官(在這個劇場版中已經升任警察署)在會後唱了《七子之歌》，被柯南聽到後跟蹤。結果在黑色保時捷裏發現了壹個警察。佐藤警官給身邊的人講了很多毛利偵探辦案時柯南給的小技巧和匪夷所思的故事，被壹個間諜聽到了。(大家絕對不會覺得這個間諜有多厲害，這個稍後揭曉。)
會議期間，毛利大膽的推理讓黃昏時的警官佩服如果工藤新壹在這裏。橫河的警官說工藤已經很久沒有出現了。這時，高木冒失地說出了工藤當黑騎士時的樣子，被壹個間諜聽到了...
壹個黑影在屋裏用電腦。因為他是間諜，所以很容易侵入警視廳的電腦。屏幕上顯示了許多江戶川·柯南的文件。
這個劇場版第壹次把電視內容和劇場連接起來，包括《黑暗騎士》、《阿申重逢》和《組織》。鏡頭轉向迪丹小學柯南和同學們的泥塑。嚴光抱著甲蟲，步美是月兔，元太是鰻魚(像蛇)，柯南是海豚...深夜，壹個黑影分別入侵了迪丹高中和迪丹小學。這就是間諜，因為他了解到了柯南的信息和壹些事情。我們從海豚泥塑和黑騎士的服裝上取了鰭，把海豚鰭上柯南的指紋和黑騎士劇中頭盔上工藤新壹的指紋做了對比，發現98%壹致！事件轉到小蘭身上，打破了柯南的飯碗，似乎暗示著某種厄運...之後嫌疑人鎖定了無關人員，在抓捕過程中群馬警署早早出示了警官證，導致抓捕失敗。嫌疑人女朋友持刀威脅警察放了他男朋友，又捅了(虎田)刑警(劇場版出道，大和敢助警官青梅竹馬(見TV516-517林峰火山))，此時黃昏警官擋刀(即預告片)，嫌疑人自己挾持人質，人質偽裝成苦艾酒。之後柯南偷偷跟蹤她到地下停車場暴露身份，理由是跟蹤眼鏡看到了。至於苦艾酒為什麽會被故意劫持，我就留個謎了。苦艾酒給柯南的暗示是組織裏的另壹個人，愛爾蘭人，大都會警察局的間諜...愛爾蘭人是該組織的新成員。
鏡頭轉向關西的京都和大阪。柯南打電話給，請他調查京都酒店火災，但被葉嚇了壹跳，於是在窗邊接電話的差點從三樓掉下來摔死。在預告片中，黑暗組的狙擊手雖然瞄準了佐藤和高木的頭部，但卻打中了汽車輪胎。他們沒有蠢到直接和警視廳對抗，只是制造了壹場事故拖延時間。後來佐藤開始懷疑警視廳有間諜，因為掌握了他們的行動路線(基安蒂酒說“阿郎蔡”(高木)，科恩說“壹個女的出現”(佐藤))(13劇場版佐藤和高木壹直在壹起，連警員都分配任務，是故意的嗎？註:真相請看這裏。在最初的電影中，真正的嫌疑犯是壹個名叫水谷的男人，他的女朋友名叫奈奈，死於壹場酒店火災。至於事件經過和報復原因，我也作為壹個謎留了下來。本來是七張麻將牌，但是聽到有人說真正的嫌疑犯水谷說八個人不能原諒，我就明白了。
雖然毛利小五郎開始在推理中犯錯誤，但他受到了後來與白癡國際刑警壹起觀看群馬山野中的北鬥七星的啟發，並成功推理了壹些線索。
倫敦警察廳壹行人趕往東京鐵塔。
醫生陸續發現身上有十字印章的甲蟲，少年偵緝隊的小朋友以為是求救，於是第壹次去目擊甲蟲的地方(回想此時的預告片，少年偵緝隊三個真正的小學生當時好像被攻擊了，驚訝地尖叫)，但其實醫生擔心他們突然被阿沙拉說服來到樹林，嚇到了布美等人，在那裏發現了壹個亮著燈的小屋。有個拿著手槍的人閃了壹下，於是醫生叫來了高木和佐藤，高木佐藤改道去找密花森。壹輛摩托車在森林的入口處閃了壹下，不是別人，正是苦艾酒，壹個槍的影子在那個房間裏閃了壹下...
黑場海東，壹顆閃耀全世界的寶石，激起了首富鈴木次郎吉的堅持與他對抗。因此，他向基德提出了挑戰:將這顆有“天空之女”美譽的寶石放在世界上最大的飛行船“鈴木”號上。能偷的話可以偷看壹下，時間限定在東京到大阪6個小時。小五郎、小蘭和少年偵探團也在次郎吉的盛情款待下，受邀搭乘該航班。能偷出來嗎？妳能抓住它嗎？在浩瀚星空上進行心理戰的同時，神秘恐怖分子“紅暹羅貓”襲擊了飛艇！搶劫的目的是什麽？基德和柯南之間會發生什麽！？
黑場海東，壹顆閃耀全世界的寶石，激起了首富鈴木次郎吉的堅持與他對抗。因此，他向基德提出了挑戰:將這顆有“天空之女”美譽的寶石放在世界上最大的飛行船“鈴木”號上。能偷的話可以偷看壹下，時間限定在東京到大阪6個小時。小五郎、小蘭和少年偵探團也在次郎吉的盛情款待下，受邀搭乘該航班。能偷出來嗎？妳能抓住它嗎？在浩瀚星空上進行心理戰的同時，神秘恐怖分子“紅暹羅貓”襲擊了飛艇！搶劫的目的是什麽？基德和柯南之間會發生什麽！？