第壹附屬醫院是醫學院自己的附屬醫院，第二附屬醫院原來是蚌埠鐵路中心醫院，後來鐵路系統改革給了蚌埠醫學院，雖然在第二附屬醫院也有蚌埠醫學院去的專家，但總體水平還是第壹附屬醫院好點。
另說個笑話，第二附屬醫院在原先截肢的水平是非常高的，原因是火車經常撞人，壹般手腳撞傷拉到醫院就是截肢，病例見得多動手的機會也多，自然水平就高了。