這是百科解釋，有劇透之嫌。
首先，劇場的開頭很糟糕。晚上，柯南在偵探所二樓取東西的時候，門外有動靜。柯南去查看，但當他回來時，ジン和ォッカ突然出現在房間裏。杜松子酒堵住柯南的嘴說，清醒點，江戶川柯南，不...然後他說:“看和妳有關系的人怎麽完。小蘭出現在門口的玻璃裏。柯南被堵的啞口無言。伏特加舉起槍，門開了，但沒有槍聲。原來只是壹場夢。最後以柯南喊蘭而告終。”
壹群少年偵探在米華森抓甲蟲，柯南在那裏拿到了元太博士新研發的背帶，在劇末大有用武之地。其中發現有壹只雌性甲蟲背上有壹個打開的橫註印章，這是事後的關鍵信息之壹。後來，關於“標記甲蟲”的懸念再次以醫生的冷笑話結束了猜謎，而那個冷笑話是關於中國傳奇牛郎織女的。
案件是以麻將牌為線索的連環殺人案。
其次是警視廳的內奸，具體的發現是因為群馬縣的莽撞警察(在這個劇場版中已經升任警視廳)會後哼了七子之歌的旋律，被柯南聽到後跟蹤。結果壹個警察上了那輛黑色保時捷，佐藤警官向身邊的人提到了很多毛利偵探辦案時柯南給出的提示和匪夷所思的故事，被壹個內奸聽到了(這個內奸絕對是想不到的)
會議期間，毛利人輕率的推理使黃昏時的警官羨慕如果工藤新壹在這裏。橫河的警官說工藤已經很久沒有出現了。這時，高木冒失地說出了工藤當黑騎士時的樣子，被內奸聽到了。
壹個黑影在屋裏用電腦。因為他是內奸，所以很容易侵入警視廳的電腦。屏幕上顯示了許多江戶川·柯南的文件。
這個劇場版第壹次將電視內容與劇場連接起來，包括黑暗騎士的章節和阿什瓦拉與組織重聚的章節。鏡頭轉向迪丹小學柯南和同學們的泥塑。嚴光抱著甲蟲，步美是月兔，元太是鰻魚-|||(像蛇)，柯南是海豚。
深夜，壹個黑影分別入侵了迪丹高中和迪丹小學。這就是內奸，因為他在知道柯南的信息和壹些故事後起了疑心，拿走了海豚泥塑上的魚鰭和黑騎士的衣服，把海豚魚鰭上柯南的指紋和黑騎士那部劇的西裝上工藤新壹的指紋做了比對。結果顯示98%壹致！事件轉到小蘭身上，打破了柯南的飯碗，似乎暗示了某種厄運。
之後嫌疑人鎖定了無關人員。群馬警署在抓捕過程中，早早亮出了警員的身份證，導致抓捕失敗。嫌疑人女友持刀威脅警方釋放男友，並首次捅傷上原結衣國際刑警劇場版。大和敢助的童年好友(見TV516-517風火山森林)...(不是埼玉縣警察局)，此時。也就是在預告片中，嫌疑人本人被劫持為人質，而人質不是別人，正是壹個穿著苦艾酒的人。之後，柯南偷偷跟蹤她到地下停車場暴露了身份，理由是追蹤眼鏡在她左褲管裏看到了手槍的痕跡。至於苦艾酒為什麽被故意劫持，我就留個謎了。苦艾酒給了柯南壹個暗示，組織中的另壹個人愛麗舍就是那個人。。。愛麗舍是新人，我自己按照日語發音翻譯的。
鏡頭轉向關西的京都和大阪。柯南打電話給，請他調查京都酒店的火災事件，但他被葉嚇了壹跳，於是在窗口接電話的差點從三樓掉下來摔死。
在預告片中，黑暗組的狙擊手雖然瞄準了佐藤和高木的頭部，但卻擊中了汽車輪胎。他們沒有傻到直接和警視廳對抗，只是給了壹個警告。後來佐藤開始懷疑警視廳有內奸，因為掌握了他們的行動路線(基安蒂酒說高木可愛，科恩說佐藤漂亮...).
註:此處真相請看原片。
真正的嫌疑人是壹名男子，姓水谷，他的女朋友叫奈奈，死於壹場酒店火災。至於事件經過和報復原因，我也作為壹個謎留了下來。本來有七張麻將牌，但當我聽到有人說真正的嫌疑犯水谷說八個人不能原諒時，我明白了。
雖然毛利小五郎開始在推理中犯錯誤，但他受到群馬山野中觀看北鬥七星的啟發，並在壹些上下文中推理成功。
倫敦警察廳壹行人趕往東京鐵塔。
醫生陸續發現身上有十字印章的甲蟲，少年偵探隊的孩子們以為是呼救，於是第壹次去目擊甲蟲的地方。這時，他們召回了預告片。當時少年偵緝隊的三個真正的小學生，好像受到了攻擊，驚訝地尖叫起來，但其實醫生並不放心。他們被突然出現的阿沙拉說服他們來到樹林裏嚇壞了，他們在那裏發現了壹個小屋，但燈亮著。裏面閃過壹個拿著手槍的男人的身影，於是醫生叫來了高木和佐藤，高木佐藤改道去找密花森。壹輛摩托車在森林入口處閃了壹下，不是別人，正是苦艾酒，那個房間裏閃著槍的影子。。。
松本警司等人到達了東京鐵塔。
柯南通過調查知道西絲·水谷和奈奈的興趣是看星星，於是獨自去了東京鐵塔。水谷似乎正準備結束自己，柯南又壹次開始耍酷，像忘記黑暗組織壹樣做推理。
最驚心動魄的壹刻，突然發現壹道黑影閃過，白鳥、千葉和其他警察全都被打昏了！
在推理的最後，奈奈的哥哥發瘋了，拿出壹把刀刺向柯南。柯南準備反擊了。手槍突然響了，警視廳廳長松本出現了。真的很及時。
但是，為什麽那些打掉的警察中沒有壹個警察局長呢？因為現實太可怕了，與此同時，米花森小屋的男人真的找到了壹個被綁架的人，而那個人不是別人，正是松本導演本人！東京鐵塔松本的導演是由壹個穿黑衣的人偽裝的。偽裝者是愛麗舍！柯南知道這個松本是偽裝的，於是用麻醉槍射擊，但沒打中。
為什麽小蘭會出現在東京鐵塔？因為柯南，當花園正在看東京鐵塔的電視直播時，他獨自壹人在電視上，被電視攝像機捕捉到了。園方打電話給蘭，說發現了柯南的位置，擔心柯南的蘭知道了，馬上去了。
奈奈的哥哥用刀捅了假松本，但這個人功夫了得。相反，他用鉤子打了對方壹拳，吐了血
柯南又開始耍酷推理，講了愛麗舍的偽裝和壹些關於黑組織的事情，但後來愛麗舍當時就讓他閉嘴了。。。愛麗舍透露柯南就是工藤新壹！但他沒有告訴杜松子酒和伏特加。至於為什麽，是因為他聯系到了阿沙拉遇到黑暗組織的那壹集。當時，金殺死了任務失敗的皮斯科，皮斯科被愛麗舍宮尊為父親。。。所以愛麗舍宮沈默了，為了用琴酒的毛毛病扳倒琴酒。之後她想讓柯南失去意識，壹直追著柯南，最後把他踢到墻角。
過了壹段時間，蘭來到柯南的住處，但她不知道這個松本是假的，就先照顧柯南，在預告裏看到柯南的話，蘭，快跑。蘭轉過身來，發現假松本用手槍指著她，於是事情又回到電視第壹集，新壹告訴蘭子彈的速度。當偽裝的松本開槍時，蘭實際上設法避開了射擊，但他飄逸的長發被打斷了許多。
這個假松本(愛麗舍，很強，原來是和蘭水平差不多的空手道高手)踢了蘭的頭好幾下，完全無效。但最後壹腳把愛麗舍的假臉踹了壹半，真臉漏了壹半(指火影忍者裏的大蛇丸)，於是蘭嚇了壹跳，又驚又怕，卻被愛麗舍壹拳打了。她剛要結束蘭的愛麗舍，突然聽到壹個新的聲音。驚訝(因為知道柯南是新壹)卻不知道變聲器，放棄了蘭去追求柯南。柯南把守望燈埋在門後，愛麗舍以為柯南在房間裏就開槍了。。。但事實並非如此。。。
這時柯南突然出現，壹個足球被踢出。我不想愛麗舍再次變得極其強大和無效。此外，愛麗舍的槍法非常準確。就是柯南腰帶和強力踢球鞋的幾個鏡頭，所以柯南的寶貝道具除了剛開始的新吊帶、變聲弓和眼鏡，還有東京鐵塔的服務員的滑板，都報銷了。
追擊結束後，柯南到達塔頂，埋伏在樓梯後面，成功讓強壯的愛麗舍頭部被跳躍的重力撞暈在臺階上。柯南搶過槍，黑色直升機卻突然出現。柯南猶豫了壹下，愛麗舍奮起反擊，掐住柯南的脖子，按在地上。金給愛麗舍打電話，問他有沒有拿到記憶卡。當愛麗舍把記憶卡給金看時，金命令基安蒂酒用狙擊槍殘忍地殺死他。金慢吞吞地說:“妳看下面(警車保衛杜東鐵塔)，他逃不了！”Gin太殘忍了，對待同伴毫不留情。之後，奄奄壹息的愛麗舍知道自己被組織出賣，告訴柯南，妳要繼續追查下去，揭露黑暗組織！
柯南被直升機的機槍追上了塔頂。聰明的他用自己的帶子拉伸和反彈，自己跳到了東京鐵塔的中央。背帶強烈的伸縮反彈，彈起了機槍擊落的壹盞探照燈，正好打在黑色直升機上，直升機墜毀。杜松子酒和其他酒怎麽樣？我設法在撞車前逃脫了。看著墜毀爆炸的直升機，苦艾酒笑著說，幹得好，真是我的銀彈。
這就是結局。柯南在愛麗舍宮的鼓勵下，決心已定。