東漢，建安二十壹年（ 216 ），劉備分朐?地置羊渠縣，為萬州建縣之始；蜀漢建興八年（ 230 ），省羊渠置南浦縣。
南北朝，西魏廢帝二年（ 553 ），改南浦為魚泉縣；北周先改魚泉縣為安鄉縣，後又改萬川縣，與南州和萬川郡同治。
隋朝，開皇十年（ 598 ），廢萬州郡，改萬川縣為南浦縣，與南州同治；煬帝大業三年（ 607 ），省南州、南浦縣歸屬巴東郡。
唐代，武德二年（ 619 ）置南浦郡，領梁山、南浦、武寧 3 縣；武德八年改南浦郡為浦州；貞觀八年（ 634 ）改浦州為萬州；天寶元年（ 742 ）改萬州為南浦郡；乾元元年（ 758 ）恢復萬州，仍與南浦縣同治。
宋朝，沿循唐制。
元代，世祖至元二十的年（ 1283 ），省南浦縣入萬州，領武寧壹縣。
明朝，洪武四年（ 1371 ），並武寧縣入萬州，洪武六年（ 1373 ）降萬州為萬縣。
清代，沿循明制。
民國二十四年（ 1935 ），設萬縣專區。
中華人民***和國成立後，於1992 年設萬縣市，轄龍寶區、天城區、五橋區、開縣、梁平縣、忠縣、雲陽縣、奉節縣、巫山縣、巫溪縣、城口縣3區8縣。
1997年，重慶恢復中央直轄市，撤萬縣市，設萬縣移民開發區和萬縣區。
1998年5月22日，國務院（國函[1998]37號）批準同意萬縣區更名為萬州區，萬縣移民開發區更名為萬州移民開發區。（萬州區仍轄龍寶管委會、五橋管委會、天城管委會）[2]
2000年6月25日，國務院（國函[2000]88號）批準同意撤銷萬州移民開發區，原萬州移民開發區代管的忠縣、開縣、雲陽縣、奉節縣、巫山縣和巫溪縣由重慶市直轄。同時，龍寶管委會、五橋管委會、天城管委會更名為龍寶移民開發區、五橋移民開發區、天城移民開發區，仍由萬州區管轄，***32個鎮、45個鄉、14個街道，1277個居委會、村委會。[2]
2005年4月，重慶市委、市政府決定撤銷龍寶、天城、五橋3個移民開發區，由萬州區直接管理鎮鄉、街道，轄13個鄉、28個鎮、11個街道，總人口168萬人，主城區人口53萬，幅員面積3457平方千米。2005年6月24日，國務院（國函[2005]55號）批準同意重慶市萬州區人民政府駐地由太白巖街道遷至陳家壩街道