運動會開始壹周裏，運動員的成績驕人，人們都沈浸在奧運盛會的祥和與歡樂之中。然而，在這場和平盛會的背後，卻有巨大的隱憂：有關決策官員為滿足購買先進體育器材的巨大投資需要，縮減了警衛人員和安全設施的開支。對於嘔心瀝血主辦這屆奧運會的西德官員來說，他們希望這次運動會能讓世人相信，西德已恢復了壹個文明國家的形象，人們應抹去二戰和希特勒時代1936年柏林奧運會所留下的陰影。西德的邊防人員和重要的運輸站口都普遍放松了對進出人員的檢查，這給了恐怖分子壹個可乘之機。
“黑九月”發起恐怖行動
1972年9月4日，以色列隊沒有賽事，大多數運動員在奧運村休息，晚上出去看電影。電影看完了，以色列選手陸續回到了奧運村。5日淩晨約4時，他們還在沈睡，奧運村外面忽然出現了8個模糊的身影，他們拎著沈重的運動包，悄然走向25A門旁邊的壹段柵欄。
這8個人是壹個名叫“黑九月”的恐怖組織的成員。他們帶著沖鋒槍、手榴彈，越過柵欄，直奔既定目標———奧運村中以色列選手居住的31號建築物。他們選擇從這裏進去，是因為他們先前察看過，而且知道，壹些運動員在外面喝醉了，回來時常常攀越這段2米高的柵欄，保安根本不會阻攔。這8名恐怖分子穿上田徑服作為偽裝。拿今天的標準看，慕尼黑奧運會的安全工作實在是壹個笑話：整個奧運村僅用壹層薄薄的鐵絲網攔住，當運動員回來晚了，他們都願意翻越鐵絲網，抄近路回家。此外，奧運村內沒有攝像機、探測器，也沒有路障，門口有幾個保安，但居然沒配武器！這些恐怖分子事前也做了周密準備：壹名恐怖分子曾在建設奧運村時當過建築工，對奧運村了如指掌，另壹人事發前壹天還潛入了奧運村，詳細偵察了以色列運動員居住的樓層。
他們在幾個以色列人住的壹號公寓套房外站好位置，然後用事先準備好的鑰匙打開門。他們的行動被屋內壹名以色列運動員察覺。隨後，恐怖分子與以色列運動員們展開搏鬥。25分鐘後，兩名以色列運動員被打死，其余9人被劫為人質。
在雙方搏鬥中，奧運村治安當局接到過壹些路人打來的電話，但沒引起足夠的重視。搏鬥時斷時續，幾聲槍響和撕心裂肺的呼叫過後，壹切又重歸平靜。剛從睡夢中醒來的人，也鬧不清出了什麽亂子，因為在奧運村，幾乎夜夜都有各種慶祝活動，經常有人放爆竹焰火，喧鬧取樂。
4時55分左右，壹名沒帶武器的西德治安警察來察看情況。他打開步話機，朝站在康那利大街31號前纏著頭巾的壹名恐怖分子咕噥了壹句：“這到底是怎麽回事？”那人沒吱聲，從公寓門後溜了。
拯救人質行動失敗
淩晨5點，慕尼黑警察局長曼弗雷德-施賴伯在睡夢中被報警電話驚醒，於是慌忙組織人力處理危情。
5時10分，西德當局開始了拯救人質的行動。在雙方對峙當中，“黑九月”下達了最後通牒，他們要求釋放被關押在以色列的234名囚徒和西德監獄中的兩名囚犯；最後期限為5日上午9時，過時開始殺人。不過隨後，“黑九月”分子壹再修改了最後期限的時間。
9時，國際奧委會主席基拉寧和本屆奧運會組委會主席道默發表聯合公告，宣布從9月5日下午起暫停全部比賽。
西德政府對“最後通牒”作出了反應，表示可以同意他們的要求，但必須就細節問題作進壹步談判。西德警方欲爭取時間，為沖進31號大樓營救人質做好準備。
晚上18時35分，雙方進行了第壹次直接接觸。西德內政部長、慕尼黑警察總監和奧運村村長進入31號樓，親眼目睹了劫持者孤註壹擲的決心，於是決定改變原定沖入大樓營救人質的計劃。
警方於是答應歹徒提出的要求，用飛機把他們和人質轉送到埃及，並決定在慕尼黑機場實施營救行動。
20時30分—21時，西德方面派出3架直升機。 當“黑九月”分子走過柏油碎石鋪成的停機坪時，負責這次行動的指揮官下令開火。兩名狙擊手射出兩發子彈，監視直升機駕駛員的兩名歹徒應聲倒地。機場霎時間亂作壹團。隨後雙方展開激戰。
槍戰持續了壹個多小時才結束。警察在清點屍體時，有5名歹徒被擊斃，西德警官1人死亡，幾名警察受傷。9名以色列人質則全部被恐怖分子殺害。
9月6日，奧林匹克運動場裏，壹片肅穆。當貝多芬的《英雄交響曲》第二樂章奏響時，許多運動員禁不住放聲痛哭。
為了悼念11名死難者，11個座位被空著。幸存的以色列人在這個追悼儀式上，幾乎控制不住自己。
9月7日，奧運會恢復比賽。
營救行動失敗後，世界輿論為之嘩然，紛紛指責西德警察無能，抨擊西德政府“視人質生命如兒戲”。這次恐怖事件，讓西德蒙受了奇恥大辱，也使西德政府對日益增加的國際恐怖活動產生了危機感。
從此以後，賽事安全問題被提到前所未有的高度
盡管恐怖襲擊事件中也有5名恐怖分子被打死，但是，沒有人會懷疑，慕尼黑事件是恐怖分子的壹次“成功”，而且會誘使其它恐怖組織把奧運會作為襲擊目標。
另壹方面，慕尼黑奧運會的血腥壹幕也喚醒了主辦者的安全保衛意識，使他們看到反對恐怖主義也是舉辦奧運會舉足輕重的壹環。在隨後的歷屆奧運會和其它重大賽事中，組織者都提高了安全措施的投資力度。