1.間接害死關羽。有人認為是諸葛亮扣住了情報，密而不發。這是無稽之談，關羽從擒於禁、斬龐德到敗走麥城只不過壹瞬之間。之前，關羽壹直傳來的是捷報，誰也不能料到他會死，根本沒有準備。再者，當時的交通也信沒有那麽快到成都，諸葛亮那是也沒有進入軍事的核心部門。所以關羽根本不關諸葛亮的事。
2.“貪權”。諸葛亮在劉備死後總攬的蜀漢的大權，壹人之下，萬人之上，沒有給後主權利，引起後人認為他對權力的貪欲.其實不然，劉備夷陵大敗後，蜀漢內憂外患，已是多事之秋。夷陵大敗，國力大損；君主新亡，人心未穩；南方作亂，戰勢有起。諸葛亮若把權力交給後主，蜀必亡；若分權力給李嚴，則益州勢力擡頭，政權顛覆極有可能。諸葛亮是不得不總攬大權！
3.廢李嚴。此案，多有人以諸葛亮排除異己，而廢李嚴。其實亦不然。李嚴同樣是托孤大臣，但他卻做的太不合格了。本應駐守永安，卻私自留陳到獨守，自駐江州，並在那裏建築大城，要求開府治事。李嚴自身就放了壹個錯誤，劉備要他做托孤大臣目的就是借李嚴益州人士穩住益州勢力，而李嚴的做法卻讓益州勢力擡頭（李嚴沒有領會聖意）。諸葛亮壹再忍讓，最後李嚴放了壹個低級錯誤（李嚴案到現在還是個迷，這裏就不詳細講了），諸葛亮壹向執法嚴厲，把他個廢了（而不是把他給殺了）。
4.不重用魏延。魏延作為蜀漢諸葛時代最得力的將領，先帝的寵臣，卻不得諸葛亮的重用，讓後人不解。其實就是因為魏延太過厲害，能力太強，才導致他的不被重用。劉備死後，荊州丟失，這就意味著，諸葛亮隆中對策不可能再實現了。諸葛亮深知收復漢室是不可能，只有據蜀守住現在的土地，不負先帝三顧之情。但是益州疲敝、多事之秋，諸葛亮發現了益州內部微妙的變化，他選擇了以守為攻，以戰爭聚集人心，保住益土。但魏延太過強勢，諸葛亮知道用他必使戰勢擴大化，打亂自己的國策。甚至到死的時候，諸葛亮對魏延還是不放心，怕他的強勢導致蜀漢的滅亡，於是誘其謀反，拉他為自己陪葬。（魏延謀反也是迷案，想必諸葛亮已經準備讓他死了，上說只是個人的看法）
總之，諸葛亮是真正的“鞠躬盡瘁，死而後已”！