故事主角是壹個名叫小智的男孩，今年剛滿10歲，住在真新鎮中，與母親相依為命。原來在那裏，任何人只要壹滿十歲，就可以獲得小精靈使用權，並從大木博士手中領取壹只小精靈。 小智為了要成為壹流的小精靈訓練家，而必須踏上修行的旅程接受考驗．不料出發的當天，小智卻因睡懶覺而誤了時間，比其它人晚了壹步．好不容易從博士那裏領來沒有人要的皮卡丘，誰知皮卡丘卻難以照料又特別固執。就在前往下壹站常磐市的途中，他們遇上了麻煩！皮卡丘被野生小精靈突襲，危在旦夕......
小智：（聲優：松本梨香）
男主角， 生於真新鎮，10歲。他朝氣逢勃，目標是成為世界第壹的小精靈大師。他有骨氣，有自信，不會半途而廢，有毅力，總是堅持到底，憑著壹份信任小精靈的心態參加了多次聯盟大會，最終他取得了壹次次輝煌的成績........
皮卡丘：（聲優：大谷育江）
這只皮卡丘擁有比其它皮卡丘更強大的電力。在初代第壹話中，小智因為睡懶覺，3只主精靈已經被其他人拿走了，只有皮卡丘因為被當成危險品，所以沒被拿走，而小智只好拿皮卡丘了。壹開始，它對小智的印象很差，不過，後來因為特別的原因，兩個人關系開始密切，現在已進入到形影不離的地步了。與小智的親密度為99.8%，原則是絕不進化。
小霞：（聲優：飯冢雅弓）
可愛，善良是她的性格，外加壹點潑辣，但是小霞潑辣的原因不是為了小智就是遇到討厭的人或壹些不公平的事，其實還是很溫柔的女孩，屬於成熟型。目標是水系小精靈大師，雖然經驗不是很多，但是很堅強，有自信，十分有戰鬥力。城都聯盟篇之後頂替姐姐任華藍市道館館主。
小剛：（聲優：上田佑司）
小剛曾是尼比市的道館館主。他與小智打完道館賽後，多次與小智壹起旅行。目標是小精靈飼育家的他很擅長家務和料理，而且比其他人更了解小精靈的知識。小剛很迷戀年齡比他大的女生，不過每次都被拒絕。
火箭隊（也譯火箭兵團）：
每集都會密切登場，可愛又迷人的反派角色。火箭隊時常以華麗姿態出場，他們為了防止世界被破，為了維護世界的和平，可要繼續貫徹愛與真實的邪惡喔!
團員為：
武藏：
（夢想成為女明星，女演員，潑辣）（聲優：林原惠美）
小次郎：
（原來是豪門子弟，後為躲避未婚妻和父母的逼婚，從此離家出走加入了火箭隊）（聲優：三木真壹郎）
喵喵：
（曾為了壹只女喵喵頑強地學會了只用兩條腿走路、說話，後來輸給了貓老大）。（聲優：犬山犬子）
火箭隊的臺詞：
既然妳誠心誠意地發問了，那我就大發慈悲地告訴妳吧，為了防止世界被破壞，為了守護世界的和平，貫徹愛與真實的邪惡，可愛又迷人的反派角色，武藏，小次郎，我們是穿梭在銀河之間的火箭隊，白洞，白色的明天在等著我們，就是這樣，喵~（在超世代（AG）中改了壹次，在新奧地區改了壹次。在此不詳細寫）
小茂：（聲優：小林優子 ）
小茂是小智的宿敵，並且又是大木博士的孫子。他也是生於真新鎮，10歲，很受女孩子歡迎，時常開這壹輛車載著許多美女，不過這已經成為歷史，到了後來出現總是自己壹個人。他最初也是想成為小精靈大師，後來在旅途中發現自己的愛好是研究小精靈，所以壹個人又朝著新奧地區前進，現在的目奮鬥標是小精靈研究員。
小建：（聲優：關智壹）
小建是壹個非常喜歡觀察研究小精靈的少年小精靈觀察家。小智是在香橙群島與他認識的。之後他就跟著小智旅行，直至小剛再次回來。現在是大木博士的助手。
大木博士：（配音：石冢運升）
大木博士是關東地區的精靈博士，他會送給訓練家妙娃種子、小火龍和傑尼龜三者之壹作為他們的初始小精靈。現在仍在TV版的結尾主持小精靈講解欄目。
小遙：（聲優：KAORI /鈴木遙）
父親是道館訓練家，為了成為獨立的小精靈訓練家而展開旅程，雖然剛滿10歲，但是還是得拿壹只小精靈做修行，老實說她根本對小精靈幾乎壹竅不通，所以有時也會鬧出笑話來。因最心愛的越野腳踏車被小智的皮卡丘電報銷而壹起同行，個性開朗，但有時很糊塗。在新奧地區舉行的在寵物小精靈華麗大賽·米庫利杯決賽中落敗給小光後，繼續到城都地區旅行。
小勝：
小遙的弟弟，8歲，持小精靈領航員的人，喜歡小精靈，知道很多專業知識，但說話很不客氣，超欠揍的小鬼。有時會指導小遙，但也常被小遙的火稚雞給“修理”壹頓。AG時接替小霞在小剛犯花癡病時擰他的耳朵~~
小光：（聲優：豐口惠美）
是壹個住在新奧地方的10歲女孩。今天是她以新的寵物小精靈協調訓練家的身份出去冒險旅行的值得紀念的日子。首先，為了得到最初的小精靈，小光以隔壁城鎮的小精靈研究所為目標出發，然而卻完全迷了路。正巧這個時候，研究所裏新人用小精靈草苗龜、小火猴、圓企鵝開始打架引起了大騷亂！而且，小精靈們從研究所逃了出來，這下子事態更加嚴重了！歷經風波的小光的起程，究竟會變成怎麽樣呢！？最初的小精靈為圓企鵝。有趣的是，波加曼和她有壹樣性格哦～她最喜歡說“沒問題”、“沒關系”，可偏偏她經常說這話時最有問題。
真嗣（又譯新治）：
真嗣是在新奧地區的男孩，生於戶張市，初始小精靈是樹苗龜，現在已經進化成地殼龜了。他是小智在新奧地區的第壹個勁敵，要是收復到了不好的神奇寶貝就把它放生，而且對神奇寶貝很嚴格，可以說是有點傲慢。