農家肥含有細菌和害蟲，如大腸桿菌、線蟲等。直接使用會導致病蟲害、農作物病害的傳播，還會影響食用農產品的人體健康。當未成熟雞糞在土壤中發酵時，容易滋生細菌和害蟲。雞糞是野營地和根結線蟲的溫床。雞糞攜帶的雞蛋數量是每1000克100個。
線蟲對化學物質極其敏感。施用後，線蟲會迅速遷移到地下50厘米-1.5米的深度逃逸，因此很難治愈。根結線蟲是最致命的隱患之壹，將發酵不足的牲畜農家肥施於田間後，當發酵條件滿足時，將開始二次發酵。如果發酵地點的根部很近，作物很小，發酵產生的熱量將影響作物的生長，並在嚴重情況下導致植物死亡。
牲畜農家肥壹般是強酸肥料(酸堿度為3.6~4.7)，使用時需要發酵來調節酸堿度。因此，在果園施用酸性農家肥相當於“雪上加霜”，對果樹造成損害，如爛根、黑根、黃葉、樹勢早衰、養分吸收受阻等。
當在地下使用生肥料時，分解過程中會產生甲烷和氨等有害氣體，對土壤和作物造成酸損害和根部損害。更重要的是，產生的乙烯氣體具有抑制根生長的作用，也是根燃燒的主要原因。雖然原糞肥含有壹定的有機物，但不發酵需要壹定的時間分解轉化，分解過程消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時處於缺氧狀態，抑制作物生長。