為加強對境外輸入病例的管控，包括北京、上海在內的多個城市已開始對部分入境人員進行肛拭子檢測，以提高新冠病毒檢測結果的準確性。 ?壹些日本人向日本駐中國大使館報告說，他們接受了肛拭子檢測。這造成了很大的精神痛苦。?加藤勝信稱，日本政府已通過日本駐華大使館向中方提出要求，希望中方不對日本赴華入境人員采取肛拭子的檢測方式。對於加藤勝信的說法，中國外交部發言人汪文斌回應稱，中方根據疫情形勢變化，按照相關法律法規，科學動態調整相關防疫措施。?
上海已經在對入境人員進行肛拭子檢測，但並非針對所有入境人員，而是根據具體的情況綜合判斷是否要做，其中包括其健康狀況、同航班人員核酸檢測情況以及是否來自或者途經疫情嚴重的國家。上述人士舉例稱，入境人員在機場經核酸檢測後，如果同壹航班檢測陽性結果人員大於等於5例，首次檢測呈陰性人員間隔第壹次采樣24小時後，需要再次采集包括鼻咽拭子、肛拭子、血液和痰液的全套樣本送檢。
肛拭子這壹檢測方式首次被公眾知曉是源於北京市於今2020年1月20日召開的壹場疫情防控發布會，當時北京大興區新增1例無癥狀感染者為9歲男童，隨後有關機構對病例所在學校全體學生、教職工等進行了鼻咽拭子、口咽拭子、肛拭子及血清檢測。在今年初石家莊發生疫情期間，石家莊市新冠肺炎救治專家組成員王海濱也曾提到，肛拭子標本只對住院並發腹瀉的新冠肺炎患者進行采集，且肛拭子采集後無明顯不適。國家衛健委官方公眾號健康中國此前曾發文介紹稱，肛拭子檢測可以在壹定程度上提高新冠病毒感染者的檢出率，甚至肛拭子檢測陽性時間可以先於鼻咽拭子檢測，而且有少部分病例在病程後期臨床癥狀改善，鼻咽拭子檢測核酸轉陰後，肛拭子檢測仍持續呈陽性的情況。因此增加肛拭子檢測可以提高檢出率，有效降低假陰性的概率，減少漏診情況。
上海市公***衛生臨床中心教授盧洪洲表示，通過肛拭子的糞便檢測比通過上呼吸道樣本檢測更敏感、更準確，在入境人員的隔離期內進行肛拭子檢測，可以第壹時間發現陽性感染者，防止輸入型病例引發本地感染。盧洪洲還補充稱，在實際操作中，鼻拭子和咽拭子的采樣可能引發不適的反應，並因此采到不合格的樣本，出現假陰性結果。他也提到，肛拭子也可以通過糞便取樣的方式來替代，以減輕入境人員的采樣不適。