兩所大學都是曾經著名的“四大工學院”之壹，目前來說總體實力華中科技大學比東南大學更強（主要體現在學科廣度上，東南大學厲害的專業很厲害，但是華中科技大學厲害的專業更多，擅長的學科也更廣），以2012年教育部官方學科評估成績來講，兩校排名全國前十的學科如下：
東南大學：
學科 ? 名次
交通運輸工程?1
生物醫學工程?1
藝術學理論 1
電子科學與技術?2
建築學 2
風景園林 2
土木工程 3
城鄉規劃 3
信息與通信工程 ?4
儀器科學與技術 ?5
動力工程與工程熱物理?6
公***衛生與預防醫學 7
華中科技大學：
可能但看兩校前十名的學科會覺得兩校差不多，東南大學甚至更占優勢，但是在10到20名的學科中，東南大學幾乎沒有啦，而華科記憶中至少有十幾個學科，差距壹下子就拉開啦。