荒原之上，黃帝和蚩尤爭戰，忽聞部落發生瘟疫，族人危在旦夕。 昔日炎帝，今日之神農，為救世人嘗遍百草。神農奔走於黃帝和蚩尤各部落救治，嘔瀝心血，然病情嚴重者亦無能為力。神農尋至瘟神所在，勸其勿為二人私怨牽連無辜百姓，瘟神不允。神農向上天虔誠地乞拜，望上天賜下良方，救助世人。 天庭，玉帝胞妹花神，攜玉帝七個女兒，終於將父皇盤古大神遺留下來的種子培育成功。玉帝為該物賜名為花。太白金星將神農所為奏稟玉帝，玉帝著太白金星召見神農。玉帝欲賜神農上天庭為仙，神農辭仙，誓除人間疾苦。花神聞聽神農人間嘗百草，背著玉帝施計邀見同道，神農嘗花瓣找到克治瘟疫之法。花神贈花種與神農。 神農制藥解除黃帝和蚩尤部落瘟疫。為解人間瘟疫未來之疾苦，神農與若兮凡間種花。天庭花神培育百種花品，園外眾仙家為賞花發生爭搶。為此美景，王母玉帝決定舉行百花盛宴，與眾仙同慶。
第2集
神農和若兮按花神教授的方法栽種花種，結果土裏什麽也沒長出來。無法向花神當面求教，神農決定前往太古城尋得更好的土和水，重新培育。 太古城高絕的夫人寶娘酷愛做媒。神農欲借住於太古城高絕府中，寶娘向神農索取了數顆藥丸。為獲得高族的水，神農又被寶娘索取數顆藥丸。次日，被寶娘追著做媒的神農留簡作別。 天庭，吵鬧不休的竈王竈婆參加百花宴。為見竈婆壹面，辛辛苦苦才爬上天梯的土地公公被天河晾布的七姑娘無意間撞回人間。
第3集
掛念人間花種的花神，趁著百花宴，讓七位仙女幫她溜下了凡間。花神怒斥調戲村女的龍太子後，發現自己到凡間後法力竟然全失，故被東海龍太子綁到了女媧娘娘曾經住過的黃河行宮。玉帝發現花神私下凡間大怒。千裏眼和順風耳無法找到花神仙子，知花神恐怕遇到了麻煩。玉帝命二姑娘、五姑娘、六姑娘下凡尋花神將功補過。龍王尋太子至黃河行宮，花神趁機逃出，並順手攜出壹個精美瓶子。 被龍太子追殺的花神在河邊遇到黃帝。黃帝仗義出手卻險遭不測。
第4集
河邊黃帝欲救昏迷的花神，龍太子被黃帝周圍突現的壹片金光震傷逃走。被救的花神醒後，要留下幫黃帝與蚩尤交戰。 太古城內，下凡的二姑娘、五姑娘和六姑娘相貌突然變得異常醜陋，人見人怕，三位仙女借宿被屢屢遭拒。善良好客的高絕好心收留了三女。寶娘索取物品，三位仙女發現在凡間連手鐲都變成了木頭的。 第二天寶娘瞞著高絕，強行留下準備趕路的三位仙女幫工抵債。
第5集
黃帝和蚩尤兩軍對陣，花神出戰，用計槍傷蚩尤。戰後壹番交談，花神與黃帝結拜為兄妹。得知花神要找神農，黃帝托花神將壹個發簪轉交神農之妻若兮。 途中花神遇到不少因瘟疫染病的人，得知神農已研制了救治瘟疫病人的藥。花神決定留下幫助神農種花。 太古城中三位仙女幫著寶娘店裏店外地忙了三天，提出想走，寶娘算起了她們三日裏吃喝的花銷，無奈中三位仙女又被寶娘留下再做三天工。 與神農壹起采藥的花神提前回來，將發簪交給了若兮。
第6集
二姑娘等人找來土地幫忙脫身，卻又被寶娘算計。 花神見種子仍未開花，認為是水土問題，決定去太古城取得水土。若兮想把發簪送給花神當路費。神農替若兮把發簪留了下來。 趙公子逃出趙府。見縫插針的寶娘也遭到了冷落。失望的寶娘遇到花神，把美麗的花神當成做媒的最大籌碼，熱情地邀請花神到高族做客。 二姑娘等人見到花神後，立即恢復了容貌。趙公子無意間遇到六姑娘，頓時壹見鐘情。花神帶領幾位仙女離開太古城。寶娘謊稱與花神等人交情非淺，趙公子把寶娘奉為上賓。
第7集
太古城的水土也沒能成功。花神只好和幾位仙女回到天庭尋求解決方法。 龍王帶著龍太子到天庭提親，遇到返回的花神。花神認出龍太子，卻被龍太子倒打壹耙。龍太子看中了五姑娘，花神極力阻撓。玉帝只好采取折中的辦法，比武招親。 花神等人聚集壹起商量對策，傳來的消息對五姑娘十分不利。花神突然想到了壹個好主意。 比武招親開始，龍太子利用定海神針壹路輕松過關。半路殺出的武癡二郎神成了龍太子最大的對手，龍太子敵不過二郎神。二郎神卻只為切磋武功，無意贏取五姑娘，認輸離去。五姑娘上臺迎戰，趁龍太子輕敵，用花神趕制的法寶玫瑰花打敗了龍太子。
第8集
花神得知人間的水土有問題，只有找到盤古身軀和血脈在人間化成的凈土和真水，才可能在人間種成鮮花。花神決心去五嶽和天池尋找凈土真水。玉帝無奈下只好提出苛刻條件，花神不僅沒有法力，還得不到天庭的任何幫助。幾位仙女要跟隨花神前往，花神權衡再三，帶了二姑娘、五姑娘、六姑娘下凡。 太古城成了花神等人的中轉站，趙公子和寶娘都十分高興。在若兮的支持下，神農和花神等人壹起踏上征途。 在東嶽，花神等人遇到行為怪異的句芒母子。夜晚遊戲中，遭到懲罰的二姑娘天亮後竟真的失蹤，壹切疑點指向了句芒母子。花神等人決定以神農為餌，查出事情真相。遊戲中神農遭到懲罰，花神壹時不慎打了個盹，醒來後發現神農也失蹤了。
第9集
花神設計引出蝦兵蟹將，發現二姑娘和神農的失蹤都是龍太子所為。花神驚走龍太子，句芒不顧安危救了二姑娘。花神讓句芒母子擺脫顧慮，重新返回太古城生活。 眾人繼續向傳說中有去無回的東嶽山頂進發。霧妖在半路出現，花神用太上老君贈送的法寶擊退霧妖。眾人發現東嶽山頂竟然有個小村莊，東嶽之精女魃以村莊主人的身份出現。大家了解女魃到對凡人並無惡意，反而為他們創造良好的生活條件。 女魃拒絕了花神取走凈土的要求。神農答應以自己留下為代價換得凈土。女魃了解到神農已有愛人若兮，沒有強留神農。花神在取凈土的時候遇到麻煩，女魃告訴她只有五色石做成的器皿才能裝下凈土。
第10集
花神無奈下喚出土地送自己回到天庭。玉帝恪守承諾不願幫忙，花神壹怒而去。胡亂摔東西發泄的花神把偷來的上古之瓶扔在地上，女魃和土地卻看出端倪。 上古之瓶果然由五色石制成，花神終於取得東嶽凈土。 趙公子聽從六姑娘的意見開倉放糧，引起父親趙首領的不滿。父子兩人大吵壹架，趙首領遷怒於高族。 花神回到太古城，得意間拿出上古之瓶炫耀，被藏在暗處的趙管家伺機偷走。花神開始懷疑寶娘。趙公子發動趙族要搜查太古城，找到寶瓶。趙首領將計就計，讓太古城各族的矛頭都指向了高族。 龍太子偶遇若兮，心生歹念抓走了美貌的若兮。黃帝似乎有了感應，趕到若兮住處，在空房內看見高族的酒壇。第11集
太古城各族要找高族算賬，逼迫高絕處置花神等外來人。事態即將無法控制，黃帝趕到尋找神農。黃帝的出現驚走了太古城各族人。 龍太子發現若兮的手鐲是花神之物，遂匿名送信勒索凈土。花神想救若兮，著急上古之瓶的下落。神農從蛛絲馬跡中發覺，上古之瓶在趙首領手中。 不甘心的趙首領讓管家以上古之瓶為禮物，向蚩尤報信。蚩尤領兵前來圍困了太古城要抓住黃帝。神農出面勸退蚩尤，並意外得到上古之瓶。 花神等人從龍太子手中救出若兮。黃帝負傷，神農答應黃帝照顧若兮的要求。
第12集
在南嶽下的壹村莊，花神救下準備祭奠怪獸的童女，答應幫忙趕走怪獸。村民祝融對此不屑壹顧。年獸來犯，花神等人險些不是對手，二姑娘拋出風鈴驚走了年獸。花神等人的本領得到了祝融的尊敬。祝融把自己對付年獸的心得告訴花神。花神突然想到對付年獸的辦法。 花神用火光和爆竹對付年獸，果然收到奇效。祝融想要拜師學藝。花神見祝融五行屬火，把太上老君的噬火珠傳給了祝融。 龍太子幾次受挫，進入龍宮聖境開始閉關修煉。
第13集
進入南嶽，花神救下壹只黃色的小狗，也遭到了不少怪獸的襲擊。眾人漸漸抵擋不住，只好發信號回天庭求援。留守的大姑娘等四位仙女說服玉帝，趕下界來組成七仙陣擊退怪獸。花神受傷被經壹面之緣的兩只小兔救走。 小狗帶領眾仙女走出密林尋找花神。兩只小兔化成童男童女告訴花神小狗小黃正是怪獸們的首領。眾人被小黃困入神之禁地。花神請來二郎神，土地也找來竈王竈婆和東嶽女魃幫忙。 眾人齊心協力終於收服小黃救出神農等人，取得了南嶽凈土。
第14集
兩只小兔有了新的名字：了了、樂樂，跟在花神身邊。大家立刻趕往西嶽。 趙公子和句芒為情所困，動身前往南嶽尋找花神壹行。 在西嶽，花神結識了獵戶後羿和嫦娥。後羿的箭法令花神驚訝。西嶽的樹精金山神壹心想修煉成仙，熱情地招待了花神壹行。眾人見西嶽凈土唾手可得，決定在金山神處休整幾日。 神農對花神講起自己的身世——神農的母親任姒與外族男人有了骨肉，盛怒之下的族長要摔死剛降生的神農。
第15集
嬰兒神農展現出讓爐火旺盛燃燒的神跡，逃過壹死。幼年神農從谷雨中領悟農耕，並制造出農具，幫助打不到獵物瀕臨絕境的族人們走出困境。神農被族人推舉為新的首領。 成年後的神農有了統壹中原的心願。最後的對手正是強大的軒轅部落。神農和黃帝決戰，被黃帝設計打敗。受傷的神農被若兮救起。 神農沒有繼續訴說自己的往事，卻勾起花神更大的好奇。蟒精紅姑娘曾被龍太子花言巧語蒙騙，芳心暗許。紅姑娘去看望龍太子，聽說龍太子被花神打傷。龍太子謊稱花神等人不顧凡人死活，正在人間搜尋五嶽精華凈土供自己享樂。紅姑娘發誓要教訓花神。
第16集
金山神之子華山三郎受好友龍太子之托，設下圈套暗害花神等人。花神等仙子中毒危在旦夕。神農苦苦支撐，雖以凡人之力讓華山三郎大吃壹驚，但終究不是敵手，被華山三郎重傷。 華山三郎即將得手之時，眾人被神秘人所救。花神以為是玉帝在暗中相助。西嶽凈土到手，醒來的神農卻發現自己竟然失明了。神農不願耽誤花神尋找凈土，決定自己返回太古城。花神也知道了瘟神與神農的恩怨。 眾人下山途中與紅姑娘相遇。紅姑娘打傷了二姑娘和六姑娘，自己也負傷逃走。花神只好改變計劃，齊返太古城。
第17集
紅姑娘被從南嶽找到西嶽的趙公子和句芒二人救起。紅姑娘遠赴東海找尋龍太子。龍太子見紅姑娘失去利用價值，不再關心紅姑娘的死活，聲稱要娶仙女五姑娘為妻。紅姑娘把怨恨記在了花神和仙女們的身上。趙公子和句芒自感無力幫助花神等人，遂拜本領高超的紅姑娘為師。紅姑娘發現兩人與花神相識，利用兩人找到了太古城。 黃帝和蚩尤交戰正酣。太古城湧入大批難民。趙首領聯合各族想清除難民。花神心系難民的意見遭到駁斥。蒙面的紅姑娘出現，以霹靂手段鎮住眾人，約定三天時間約束難民。 神農的傷勢需要牛眼淚。二姑娘和六姑娘則需要絳仙草。了了和樂樂不辭而別，前去尋找絳仙草。
第18集
花神為得到牛眼淚，鬧出不少笑話。竈王竈婆和土地也被花神抓來苦思得到牛眼淚之法。 紅姑娘收服難民大毛二毛作為手下，聚攏了城內的難民。太古城大會上，各族只得承認了難民們的地位。紅姑娘成為難民的首領。花神壹心想結識仗義的紅姑娘，紅姑娘卻對花神十分冷淡。 了了和樂樂毫無消息，門口卻有人悄悄送來了絳仙草。牛頭上的牛精因為絳仙草被盜大發脾氣，抓住了前來尋草的了了、樂樂。 送草人句芒雖被牛精擊傷，仍堅持往返於太古城和牛頭上之間。紅姑娘暗中得知句芒的行動，以師傅身份出現，在絳仙草上下了毒。 二姑娘和六姑娘中毒，句芒的送草人身份也被揭穿。花神相信句芒的清白，認為是牛精下毒。眾人在土地帶領下，趕往牛頭山。
第19集
牛精的怪異招數讓眾人難以應付。了了和樂樂騙過牛精，裏應外合抓住牛精。為了牛眼淚，花神打起了牛精的主意。可惜花樣頻出，牛眼淚卻遲遲不見。牛精認出陰陽鏡是自己師傅之物。花神請來太上老君，發現牛精確實曾經被太上老君指點。守住絳仙草實際上也是牛精對天上老君的孝心。牛精的下毒嫌疑被排除。在太上老君的勸導下，牛精仍然擠不出眼淚。太上老君無能為力告辭離去。牛精不舍太上老君離去，終於留下眼淚。收取了牛眼淚的花神也說服太上老君帶牛精回天庭修煉。 紅姑娘趁高府空虛，前去行刺。留守的五姑娘趕走了傷勢未愈的紅姑娘。眾人分析後發現，句芒和趙公子的師傅正是蟒精紅姑娘，下毒之人很可能是紅姑娘。句芒和趙公子引出紅姑娘，紅姑娘不慎中了神農的毒針。
第20集
在句芒和趙公子的苦勸下，紅姑娘答應交換解藥。紅姑娘對花神等人的判斷產生了矛盾。痛苦中的紅姑娘強迫自己認定花神等人惡貫滿盈。 神農和二姑娘六姑娘徹底康復。花神把了了和樂樂留在高府，帶領其他人前往北嶽。句芒舍命尋藥的行為打動了二姑娘。六姑娘和趙公子的感情也慢慢增加。 黃帝要與蚩尤決戰，得意間請若兮觀戰。蚩尤從南疆請來風伯雨師。黃帝中了圈套，大敗而歸。混戰中，若兮受了重傷。黃帝懊悔不已，命手下應龍速找神農。 花神等人在北嶽遇到了誇父族。誇父族首領拒絕交出凈土，卻請花神等人觀看誇父族的盛事：勇士大賽。第21集
瘦弱的誇父族人蓐參加了勇士大賽。蓐的堅強打動了花神，花神偷偷幫助蓐取得了第壹場勝利。首領女兒月柔看似十分關心蓐，卻對蓐的勝利心急如焚。神農不明內因，也暗中幫助了蓐。蓐贏得勇士稱號，被任命為新壹代的誇父。 花神從月柔處得知，月柔和蓐兩情相悅，首領嫁女卻以蓐贏得勇士為條件。但是成為誇父必須擔任追日的任務。曾經的無數任誇父沒有壹個能回來。花神十分奇怪誇父族的古怪傳統。跟蹤而來的紅姑娘在暗處想起當初龍太子為博自己壹笑，而對誇父族搞得惡作劇。 花神聽說追日源於龍太子，認定這是壹個陰謀。神農也進壹步證實了花神的說法。困擾誇父族的追日噩夢終於結束。蓐變通族規，促成首領同意花神等人若贏得勇士大賽便可取走凈土。眾人都以為出戰的將是神農。花神卻自信十足，力排眾議要親自出馬。
第22集
在土地和蓐的幫助下，處於劣勢的花神戲劇性地贏得比賽，拿到了北嶽凈土。紅姑娘搶走凈土，逼花神決鬥。決鬥中，花神救了險些落崖的紅姑娘。紅姑娘趁機制住花神，卻沒有下毒手，留下凈土揚長而去。花神對紅姑娘的看法開始改觀。 眾人欲壹鼓作氣前往中嶽取得最後壹處凈土。應龍找來匯報了若兮的傷情。眾人急忙趕往軒轅部落。想抄近路的眾人被兩座大山阻攔。愚公堅持移山的精神打動了花神。土地的解釋讓花神明白兩座大山竟然與自己有關。 花神試驗仙種時，天庭壹只仙鳥誤吃了仙種。法力突然大增的仙鳥十分恐慌，打傷守衛逃出南天門。不知所措的仙鳥逃到人間，卻殃及了凡人。花神不依不饒。玉帝答應給花神壹個交代，派二郎神下界捉拿仙鳥。
第23集
鬥法中兩座大山被移走。二郎神不忍傷害凡人，只好任由仙鳥逃脫。 花神回到天庭讓玉帝幫忙移走大山，卻遭到拒絕。花神和玉帝鬧翻，打發走神農等人，自己留下和愚公壹起移山。 在王母的勸說下，玉帝派二郎神下凡搬走了大山。眾人趕到軒轅部落。若兮已經奄奄壹息。神農竭盡所能只能延緩若兮三天的壽命。 憤怒的花神不顧二姑娘等人的勸阻，去找蚩尤報仇。花神大敗蚩尤，而幹擾人間殺傷大量凡人的事情卻激怒了玉帝。玉帝帶人下界捉拿花神。為保護義妹，黃帝挺身而出。黃帝和玉帝的交手竟以平局收場。玉帝、黃帝、花神三人也重拾幼時的記憶，想起了兄妹三人的往事。玉帝知道自己無力插手人間，不滿地返回天庭。
第24集
花神見到若兮。若兮告訴花神，自己本是黃帝的妻子。黃帝壹心統壹中原，冷落了若兮。若兮壹直郁郁寡歡，前往木屋散心的若兮無意間救起了昏迷的神農。 神農養傷期間，隱瞞了自己的名字。神農的才藝、若兮的聰慧讓兩人惺惺相惜。黃帝也讓若兮徹底失望。神農不辭而別。若兮猜出神農身份，追上神農勸他體恤蒼生放棄征戰。神農最終選擇了隱姓埋名與若兮歸隱山林。 若兮的死摧毀了神農的信心，神農黯然離去。花神回到太古城尋找神農。受到紅姑娘懲罰的大毛二毛懷恨在心，想要投靠花神。花神終於知道難民的首領就是紅姑娘。花神找到紅姑娘攤牌。倔強的紅姑娘還是不肯與花神和解。 神農被無名人救起，甘願跟隨無名人歸隱。無名人卻給了神農新的歷練。
第25集
無名人正是神農的父親人王伏羲。神農知道了自己的身世以及伏羲和女媧的關系。伏羲堅持凡人可以自強自立掌握自己命運的觀點，深深影響了神農。神農重拾信心，與花神匯合。眾人前往中嶽尋找最後壹處凈土。 大毛、二毛為報私仇，引蚩尤領兵圍困太古城。危難時刻，紅姑娘終於出手擊退蚩尤。紅姑娘拒絕了成為太古城城主的提議。 龍太子修煉有成，斬殺黑龍練成神兵黑龍劍，帶領蝦兵蟹將前往中嶽。
第26集
在中嶽，花神等人投宿到朱雀家中。朱雀正是那只吃了仙種的仙鳥。青龍、白虎、玄武三人來與朱雀聚會，被龍太子打傷。神農救治了青龍。朱雀察覺天兵前來捉拿自己，假裝翻臉趕走了花神等人。花神半路返回，勸走二郎神。四聖獸拜花神為主。 龍太子趁火打劫，偷襲得手。為救眾人，五姑娘答應和龍太子成親。花神幫助六姑娘逃走去找救兵。 在紅姑娘和指導下，句芒和趙公子武藝大增。紅姑娘也決定離去。瘟神熾突然出現，帶紅姑娘去見自己的主人。神秘人魔帝展現出無上法力。紅姑娘假裝屈服。魔帝賜予紅姑娘法力，紅姑娘實力大增。 龍太子發現六姑娘逃走，擔心夜長夢多，決定立即與五姑娘成親。
第27集
五姑娘受魔帝委派，前來救援花神。六姑娘帶著土地竈、王竈婆也趕到。紅姑娘被龍太子打落山崖生死未蔔。土地拼死帶花神等人逃出。 花神等人慌不擇路，逃進壹個山洞，卻發現了山洞的古怪。山洞的主人伏羲現身，開啟了洞中禁制。龍太子被擋在洞外。 花神了解到封神洞正是中嶽凈土的藏所。伏羲告訴眾人，女媧交給自己的最後壹個任務就是守護中嶽凈土，對眾人下了逐客令。 魔帝救起紅姑娘，誘惑紅姑娘以付出靈魂為代價得到超過龍太子的強大力量。 神農向父親提出挑戰，以凈土為賭註。伏羲答應了神農。花神不忍伏羲神農父子相鬥，派出四聖獸，迎戰人王伏羲。
第28集
紅姑娘決定接受魔帝的條件。魔帝派紅姑娘引走龍太子，保證花神的安全。紅姑娘十分不解。 伏羲打敗了四聖獸，向神農展示了凡人的力量。神農與伏羲交手間，在伏羲的引導下徹底領悟了如何從大地中吸取力量，卻不慎重傷了伏羲。伏羲得到解脫含笑死去，臨終前激勵了神農。花神終於取得了最後壹處凈土。 紅姑娘引走龍太子。龍太子見自己不是紅姑娘對手，想誘騙紅姑娘成為自己的幫手，不料卻被紅姑娘在感情上加以狠狠報復。
第29集
黃帝和蚩尤進行最後的決戰，黃帝終於殺死蚩尤，完成了統壹。 花神等人回到太古城。句芒和趙公子以為紅姑娘已死，十分悲痛。魔帝潛入，似乎在上古之瓶上動了手腳。 黃帝統壹中原，請花神前來相聚。花神了解了杜康造酒的故事，並把杜康新釀出的美酒命名為五糧釀。 神農在舊居懷念若兮。紅姑娘前來向神農索要天下至毒之藥。紅姑娘不相信神農的血就是天下最厲害的毒藥，從神農手中搶走了巨毒九死草。 寶娘極力撮合二姑娘等人的好事，眼見成功在望，十分歡喜。趙公子從句芒口中得知六姑娘等人仙子的身份，互相鼓勵，決定永不放棄。 花神想要去取真水，卻發現沒有東西可以盛放真水。花神想起了誇父族的聖碗，決定重返北嶽。
第30集
紅姑娘找到龍太子，暗示出復合之意。龍太子大喜，答應陪紅姑娘回北嶽重遊故地。 花神等人途經愚公村，看望了愚公等人，卻發現壹個外來的瘋子長相酷似誇父族人，身上也有誇父族的信物。花神帶上瘋子來到北嶽。已成為首領的蓐認出瘋子正是自己的父親。蓐請求神農救治自己的父親。蓐父卻趁眾人不註意偷偷吐出了神農的藥丸。 蓐父夜晚失蹤，大家急忙尋找。 紅姑娘用九死草讓龍太子暫時失去法力，要殺死龍太子。逃跑中的龍太子把蓐父抓來當人質。紅姑娘痛下殺手，重傷了蓐父。花神見紅姑娘為報仇而變得瘋狂，攔下了紅姑娘。紅姑娘和龍太子被魔帝救走。 蓐父醒來，神智變得清醒。蓐父告訴蓐關於誇父族人天生心臟缺陷，誇父都死在了追日途中的情況。蓐感激花神，把聖碗交給花神。 紅姑娘受到了魔帝的懲罰。花神這邊也發覺救走紅姑娘的黑影很像當初在西嶽出現的黑影。