終於有時間整理以前的事情了。
在說作圖方法之前，我們要明白轉錄組PCA圖的意義是什麽？
以便檢測樣本之間的離散程度，即重復之間的差異。
1.在畫圖之前，先回答壹下樣品復制的問題。
轉錄組測序通常需要三次重復。但是對於完全沒有接觸過測序的人來說，他們很疑惑:為什麽轉錄組測序壹定要生物重復？我不想要，好嗎為什麽大多數人需要三次重復？重復4，5，666可以嗎？什麽是重復？三只老鼠算三次重復，還是1只老鼠算三次重復？壹堆問題很糾結，真讓人頭大~ ~ ~
第壹個問題:生物壹定要復讀嗎？
回答:最好。
什麽情況下可以沒有生物復制？
1)科研經費太少，沒錢測序。(這種情況，幹脆不測了。測1是雞肋。)
2)實驗證據絕對充分，然後想裝修門面看起來花裏胡哨。(如果實驗這麽好，那就多測幾個~或者根本不測。不然妳本來可以發nature，結果只能發plosone，沒必要。)
第二個問題:我們必須重復三次嗎？我可以考兩個還是四個？
回答:重復次數必須≥3次。
1)先設置重復的目的是什麽？目的是:消除組內誤差；提高結果的可靠性；檢測異常值。
1.1)如果給小鼠服用壹種藥物，不同的小鼠對該藥物肯定會有不同的反應，那麽多個樣本可以消除小鼠之間的差異。
1.2)假設妳給三只老鼠用藥，但其中壹只天生免疫力很強，藥物對其影響不大。另外兩個也差不多，後面分析的時候要把免疫力強的那個刪掉，因為它的數據會對分析結果造成很大的偏差。
1.3)但是，如果妳只有兩只老鼠，其中壹只天生免疫力強，藥物對其影響不大。當我拿到測序數據後，發現兩者差別很大。妳選擇哪壹個？有人說我肯定會選免疫力正常的那個。哦，這個問題真是。。。測序後才能知道免疫力強不強。妳不知道老鼠是否健康，直到妳給它們吃藥。所以不應該選兩個。
2)理論上重復次數越多越好，但考慮到實際情況，設置三次重復是比較通用的方法。
具體原因見以下文獻:RNA-seq差異表達研究:更多序列還是更多復制？
3)動物或植物之間的樣本差異還是比較大的，可以多測量，比如可以做5-10次重復。如果妳是土豪，妳可以測任何妳認為幸運的數字，比如66，88，996甚至2333。(開玩笑)
第三個問題:三只小鼠分別測序是重復，還是1只小鼠測三次重復？
回答:三只老鼠各測試壹次。
理解生物復制和技術復制。(百度自帶)
2、畫出PCA圖
加載繪圖包
設置運行路徑，導入之前計算的FPKM數據。
計算每個主成分分析的指數。
用ggscatter繪制PC
或者妳可以試著畫壹個3D散點圖。
3d畫圖不好的地方就是散點圖3D裏沒有參數讓妳顯示每個點的名稱，所以很壓抑。
如果妳想實現，試試下面的方法。我也是谷歌的。