那時候的楊士奇已經陷入了壹場驚天動地的皇位爭奪戰之中，必須時時刻刻謹言慎行，稍不註意就會有殺身之禍，所以他的每壹天過的都是相當提心吊膽的。
楊士奇從壹開始就是堅定地站在太子朱高熾這邊的，用他的智慧與忠誠戰勝了強大的敵人，但是這個過程是相當驚險的。那時，朱高熾與朱高煦的爭奪已經進入了白熱化階段，政治局勢極為復雜，因為皇帝朱棣責罵了太子朱高熾。很多人都在猜測這天是不是要變了，所以，開始站在太子這邊的人也開始躁動不安起來，畢竟這是事關人命的大事。當時的情況萬分危機，朱棣叫來楊士奇，詢問他太子朱高熾是否有造反之心，楊士奇用自己的回答回復了朱棣，他告訴朱棣，太子完全沒有二心，他對您尊敬孝順，是我們作為臣下的失職，跟太子無關，雖然我們看起來這幾句話普普通通，但是當時要說出來是需要極大勇氣的，至少是要冒著生命危險的。就這樣，朱棣對太子暫時放下了戒心，但是，楊士奇還是為他的行為付出了代價，他被朱高煦極度仇恨，朱高煦指使手下人去誣告楊士奇，朱棣經不住他們的反復煽動，最終將楊士奇關進了大牢。