爆破事件-->LIZENMBURU發現可疑人物，戰鬥-->得知東方司令部爆破計劃-->前往東方司令部找瑪斯丹大佐-->西側區畫下水道，BOSS戰-->山賊治退-->東方司令部南側區畫得知奇怪二人組消息-->尋找奇怪二人組-->得知國家煉金術士法格特消息，拜訪，尋找煉成銃煉成法-->首都圖書館（附，民家丸太煉成，物品+貓獲得）-->大統令室-->中央司令部中右房間對話-->KOKO村，煉成書追跡-->樹木練成-->東方司令部與HOKOAYI交談-->LIZENMBURU，石頭-->克魯斯遺跡追跡被盜的OLIRUHAKON，戰鬥-->東方司令部受付處受付小姐交談-->首都司令部後院，肌肉男對話，戰鬥-->煉成銃完成，法格特家-->LEGURODARIMU，左上民家發生劇情，戰鬥-->法格特家-->東方司令部西側區畫-->下水道-->nerowon後山，戰鬥-->法格特家-->東方司令部西側區畫監獄-->WINLI組：把前面7個門全部關上，艾德組：大佐組事件後向左可以得到壹只貓，合流後戰鬥-->法格特家壹階：2個櫃子、壁爐、右側桌子、電話；二階：最左側書架、左下石像，右下書架有萬能藥，進入密室，劇情戰鬥-->東方司令部，鎮壓三處暴亂，MAP基美拉全滅-->克魯斯遺跡-->青色石板前巖煉成-->首都研究所，和非人者戰鬥後要從塌陷的地方向下跳才有路，盡頭就是最終BOSS
[詳細攻略]
遊戲壹開始ウィンリィ從顧客家出來，聽到爆炸聲，於是趕過去幫忙。
畫面轉到エド兄弟處，兩人回到家鄉，與某大叔聊了壹會後，前往ウィンリィ家，然後アル和前作壹樣，又收集起貓來了（順便得知按R鍵可以和アル對話，對了解下步要幹什麽很有幫助），來到ウィンリィ家門口除了收到婆婆的歡迎外，隨便還受到ウィンリィ慣例的扳手攻擊（不過這次終於抵擋住了），做完定期的機械鎧整備後得知有エド兄弟的客人，然後得知村外有個受傷的人，エド3人為救治傷人來到村外，卻被3個身份不明的人襲擊，戰鬥勝利後傷人自稱是壹直以來破壞軍隊設施的リベラ—レ的壹員，而且下次的目標就是東方司令部，拜托把這消息傳達給軍方後就死了，因為電話線被リベラ—レ的人切斷了，只有去イ—ストシティ聯絡軍方了，同時ウィンリィ也不顧反對壹起同行。
在前往伊斯德市的列車上遭遇了列車強盜，壹路向右前行，來到車頂又遇到了有當列車強盜興趣（アル的介紹）的バルド，輕松解決後到達了イ—ストシティ，來到上方的東方司令部，在マスタング大佐的辦公室，剛報告完就發生爆炸，從後門出來檢查狀況，發現上次事件出現過的神秘女性也在，因為エド的莽撞嚇跑了她，エド與大佐等人追了出去，來到下水道，結果在下水道深處只抓到リベラ—レ的嘍羅，並沒有發現神秘的女性，之後受命去解決テデスコ山的山賊。
剛來到山腳就遭到攻擊，來到山腰發現橋已經被破壞了（但是這對煉金術士是無效的，使用丸太卡片），再往上走有泉水可以恢復HP，來到山頂，擊敗山賊後返回東方司令部，ウィンリィ以正式人員的身份協助軍方調查爆破事件，之後決定去イ—ストシティ收集情報，分別與消防栓左邊，噴泉後，軍刑物所前的人交談後，在軍刑物所前的空地上遇到了ランディ與ケイト，戰鬥後得知イ—ストシティ東北有個ファゴット邸。
前往ファゴット邸，見到ファゴット後得知其原來也是國家煉金術士，為了得到爆破事件的情報，エド等人接受其的要求：煉成有煉成力的武器。為了獲得這方面的知識，來到セントラルシティ的圖書館查看，不過管理員並沒有找到有關的書籍，正在郁悶的時候，エド記起壹名最強的書蟲——シェスカ，於是來到中央司令部的軍法會議所，得知相關的書籍只有大總統管理的書庫才有，於是來到2樓的大總統辦公室，結果因為書庫內的都是國家機密，無緣見到，不過大總統說這種稀少本在別處可能也有，再次向シェスカ打聽，得知在壹個叫ココ（因為與“ここ（這裏）”的發音相同，所以鬧出了笑話）的村莊裏可能有。
來到ココ，在壹家掛滿蜘蛛網的店內得知店主收藏了僅存3本中的1本，討好完店主，並合成出樹木卡片後，終於看到了書，得知必要素材為：統，オリハルコン，ウ—ルニウム。先去伊斯德市找ホ—クアイ中尉借到槍，然後到リゼンブ—ル找小男孩取得オリハルコン，但出村子時エド被壹男子撞倒，並且偷走了オリハルコン，於是眾人追往クルス遺跡。追到クルス遺跡最深處，解決小偷奪回オリハルコン。最後去イ—ストシティ找ランディ與ケイト詢問ウ—ルニウム的情報，但他們已經被轉屬到セントラルシティ的ア—ムストロング少佐摩下，在セントラルシティ中央司令部的中庭與少佐3人戰鬥勝利後得到最後的素材ウ—ルニウム，就地合成了煉成統。
前往ファゴット邸，演示了煉成統的威力後，ファゴット卻詢問起ウィンリィ戰鬥的理由，エド與アル也以此得知ウィンリィ是為了保護大家才戰鬥的，好不容易回歸正題，ファゴット卻只讓エド去レグロタリア找壹名偵探——リュ—ト·ザクソフォン。
剛來到レグロタリア就被先前的神秘女性攻擊，勝利後其使用閃光彈逃走了，眾人恢復視力後來到西北方的リュ—ト家，其正好不在，同時街上發生了爆炸，趕過去後，ウィンリィ正打算救助傷者，卻被壹名行跡可疑的士兵推倒在地，エド壹人追了出去，同時在少佐救出瓦礫下的小孩時，アル與ウィンリィ遭到リベラ—レ嘍羅的襲擊，戰鬥中リュ—ト也趕來幫忙，勝利後リュ—ト加入，少佐返回セントラルシティ。與リュ—ト壹起返回ファゴット邸，經過壹番情報的組合與分析後，大家認為イ—ストシティ還有可能被襲擊。
剛趕到イ—ストシティ就發現那名神秘女性的蹤跡，眾人趕忙追上去，跟其進了壹個倉庫，並從她與リベラ—レ嘍羅的對話中得知她並不是リベラ—レ的壹員，ウィンリィ等人在其有危險時沖上前去幫忙，結果她留下敵人，自己溜了，解決嘍羅後趕往下水道最深處解決余黨後，返回東方司令部向大佐報告，並從ホ—クアイ中尉處得知神秘女性名叫ヴィオラ·アモ—レ，住在ネルヴォ，也是名機械鎧技師。
來到ネルヴォ打聽得知ヴィオラ住在村子後的山上，來到ヴィオラ家門前發現她正如村人所說，是個心地善良的人。在她送走小孩後，眾人進屋交談，之後在エド們例牌的搞笑中氣氛緩解了，並解除了之前的誤會，但是リュ—ト仍然不太相信ヴィオラ。
正在2位機械師在外乘涼聊天時，村子方向傳來了爆炸聲，ヴィオラ壹人趕了過去，眾人隨後趕到，發現襲擊村子的神秘人是因為エド們阻礙了其組織的計劃，戰鬥中發現神秘人竟然是合成獸，擊退敵人後眾人回到ヴィオラ家休息。第2天壹早，2位機械師繼續聊天，ウィンリィ得知ヴィオラ的身世，這時エド打算返回東方司令部報告，ヴィオラ也決定同行。
在東方司令部向大佐報告後，與其壹同去見ファゴット，來到ファゴット邸發現大門緊閉（使用ダ—クスタ卡片），進到屋內後發現ファゴット不見蹤影，並得知ヴィオラ的仇人很有可能是ファゴット，リュ—ト也因為意見不同而離開了隊伍。
回到東方司令部後，接到軍刑物所發生暴動 報告，眾人趕往現場，為了更快鎮壓暴動，眾人分成3組：ウィンリィ、ヴィオラ組，マスタング大佐、ホ—クアイ中尉組與エド兄弟組。先控制ウィンリィ、ヴィオラ組，過第1道門要把下面的7個按鈕都關閉，第2道門要同時按下兩邊的按鈕，之後遇到先前的合成獸，擊敗他後切換到マスタング大佐、ホ—クアイ中尉組，先往上去制禦室打開開關，但在下個鐵橋處被阻，原路返回後切換到エド兄弟組，在聽到大佐的聲音後向上行打開開關，切換回大佐處，繼續前進，在盡頭的樓梯口遇到了會說人話的合成獸，擊敗敵人後切換回エド處，在盡頭的樓梯口遇到了スカ—，打敗他後與眾人合流，來到上方的房間擊退合成獸。
回到東方司令部後，決定再去ファゴット邸搜索ファゴット，在ファゴット邸的1樓沒有發現，來到2樓，調查左上角的書架，左下角的櫃子後在樓梯處出現了隱藏通路，進入後發現ヴィオラ妹妹リラ的日記，之前的疑惑似乎得到了證實，ヴィオラ急著沖了出去找ファゴット報仇，正在ウィンリィ勸解她時，遭到了リベラ—レ嘍羅的襲擊，解決敵人後ヴィオラ冷靜了下來，回到東方司令部後得知リグロタリア、ネルヴォ、ココ等地的住民發生暴動，並且其中夾有合成獸，在エド等人出發鎮壓後，我們的マスタング大佐必須面對如山的文件。
依次解決3地地圖上的合成獸後得知ファゴット在クルス遺跡，返回東方司令部報告後，全員馬不停蹄的趕往クルス遺跡。
在クルス遺跡的入口遇到了前來調查的ランディ與ケイト，得知在深處有隱藏入口，在壹處有很多跳臺的上方墻壁處調查（使用石卡片）出現入口，在地下3層遇到了冒牌成ランディ的エンヴィ—，擊退他後來到最深處，卻得知壹系列事件的始作俑者竟然是リュ—ト？！正當ヴィオラ要去抓捕リュ—ト時，其突然出現，並攻擊ヴィオラ，ファゴット為其擋下了致命的壹擊而斃命，面對エド的質問，其竟召喚出用リラ煉成的合成獸，自己逃脫了，眾人懷著悲傷的心情擊倒了リラ，從リラ口中得知リュ—ト現在在セントラルシティ郊外的研究所中，回到東方司令部後，ヴィオラ因為上壹戰的傷而暈倒了，把其在醫院安頓好後，眾人前往研究所。
壹來到研究所就受到合成獸的歡迎，在3樓擊退ラスト與グラトニ—後，從右下角的空洞跳下，壹路來到最低層，找到了リュ—ト，擊敗上壹作登場過的合成獸後，ヴィオラ登場，再壹次徹底消滅合成獸後繼續前進，迎來了最後的戰鬥，辛苦解決最終BOSS後，壹切在悲劇的氣氛中降下了帷幕……
通關後的事件：
1、首都軍部後庭比武大會。
2、幫西絲卡到KOKO村買書，壹***4冊，不要弄錯名字了（其中壹家點可用素材鉆石交換機械鎧通信增刊號）。
3、東方司令部陪修斯中佐壹家玩捉迷藏。
4、東方司令部盜賊事件，在東側區畫入口處遇見小偷，回司令部，城內尋找剛才的小偷，西側區畫戰鬥後事件結束。
5、東方司令部圖書館煉成迷宮挑戰，要煉成手帳100%才可觸發，裏面是連續幾個連續迷宮，每個迷宮都有壹個BOSS，且所有戰鬥都不能逃跑。
第壹戰：斯堪，戰鬥時壹定要使用命中高的技能，否則就是打不中。
第二戰：兩個基美拉，沒什麽難度。
第三戰：流德，穩紮穩打比較好。
第四戰：兩個非人者，先解決拉絲特會比較輕松壹點。
第五戰：自己，技能基本只會用壹個艾德式大炮，不過攻防和回避都很強，最好多準備幾個天上天下和我威狼劍。
6、LIZENMBURU，WINLI家中，艾德獨自上火車取回報告書，結果又遇到萬年列車強盜男。等把報告送到中央的時候，發現過期了。去研究所治退基美拉作為交報告的另壹形式，壹***4只，全部打倒就可以了。
7、脫走犯人壹起決起事件，艾德和肌肉男壹組、阿魯和WINLI壹組，剩下壹組，三路壹起打倒敵人就可以了。
8、東方司令部得到萬年列車強盜男繼續脫走中的情報，解決他！
9、東方司令部南側區畫民家，修補壞掉的花瓶，黏土煉成。
10、東方司令部西側區畫空地，和斯堪戰鬥。
11、中央圖書館，幫蘭迪選煉金術士資格考試論文材料，選2、1，然後開始實戰練習。獲勝後去司令部 ，結果兩笨蛋忘了帶論文。
12、中央司令部東南區畫民家，遇到搶匪，獲勝後幫主人修補窗戶，巖煉成。
13、LEGURODARIMU左上民家，煉成水把火熄滅可獲得傳說的工具。
14、東方司令部二階對枯萎的植物進行黑土煉成，可獲得落ち著くミスト。
15、中央司令部受付處小姐處獲得給少佐的信件，去後庭給他，接受同為肌肉男的挑戰書，去東方司令部後庭，去TIDISIKO山看三個筋肉白癡的肌肉表演。
16、中央司令部南側區畫左下民家，修理壞掉的鐘，使用水晶煉成。
17、LEGURODARIMU左中民家，在花瓶裏插上花，獲得貓壹只。
18、nerowon民家，給火爐生火，油煉成，獲得貓壹只。
煉成心得：
金屬：追加閃光效果
チタン： 很輕的硬金屬 1-1 1-2 1-3 1-4 1-5 1-6
金： 閃著金黃色光輝的金屬 1-7 2-7 3-7
クロム： 耐腐蝕性很好 2-1 2-2 2-3 3-1 3-2 3-3
銅： 導電性高的金屬 2-4 2-5 7-4 7-5
銀： 熱傳導性高 2-6 4-7 7-6
鉛： 容易加工的重金屬 4-1 4-2 4-3 5-1 5-2 5-3
青銅： 比起銅更硬壹些 3-4 3-5 3-6 4-4 4-5 4-6
鐵： 非常堅固的金屬 5-4 5-5 5-6 6-4 6-5 6-6
鋼： 精練度很高的金屬 5-7 6-1 6-7 7-7
プラチナ： 耐久、硬度都很高 6-2 6-3 7-1 7-2 7-3
石：追加混亂效果
アメジスト： 語源是不會醉 1-5 1-6 3-3 3-4 4-6
鉆石： 地球上最硬的物質 1-7 5-1 6-1 7-1
小石： 普通的石頭 1-1 1-2 1-3 1-4 2-1 2-2
サファイア： 青色的硬寶石 2-3 2-4 2-5 2-6
ルビ-： 紅色的硬寶石 3-1 3-2 3-5 3-6
水晶： 六角柱狀的結晶 2-7 3-7 4-7 5-7 6-7 7-7
巖： 大石頭 5-2 5-3 5-4 6-2 6-3 6-4
翡翠： 美麗的綠寶石 4-1 4-2 4-3 4-4 4-5
琥珀： 石化的樹脂 5-5 5-6 7-2 7-3
大理石： 加工過的石灰巖 6-5 6-6 7-4 7-5 7-6
自然：無能效果附加
砂： 細微粒狀的石頭 3-1 3-2 4-1 4-2
黏土： 有粘性的土 3-3 3-4 3-5 4-3 4-4 4-5
黑土： 含有腐葉土的土 5-4 5-5 6-4 6-5 7-4 7-5
水： 不燃，無毒 1-1 1-2 1-3 2-1 2-2 2-3
ヮィン： 用葡萄所釀造的酒 3-6 3-7 4-6 4-7
油： 不會溶解於水的液體 5-1 6-1 7-1 7-6 7-7
丸太： 容易加工的木材 5-2 5-3 6-2 6-3 7-2 7-3
樹木： 地球上綠色的根源 5-6 5-7 6-6 6-7
草： 生命力強的植物 1-4 1-5 2-4 2-5
花： 美麗而又脆弱的植物 1-6 1-7 2-6 2-7
暗黑：毒效果附加
黑曜石： 火山巖的壹種 2-1 2-2 2-3 2-3 2-4 3-1 3-2
ブラックペ-パ-： 有原因才產生的黑紙 1-1 1-2 1-3 1-4 1-5
ブラックウッド： 像炭壹般的物體 2-6 2-7 3-6 3-7
ブラックパ-ル： 銀灰色的珍珠 4-4 5-4 6-4 7-4
ブラックオニキス： 圓圓的漆黑物體 2-5 3-5 4-5 5-5 6-5 7-5
ダ-グジュエル： 閃著怪異光芒的寶石 4-6 4-7 5-7 6-6
ブラックスト-ム： 高密度的黑色石頭 4-1 4-2 4-3 5-1 5-2 5-3
ブラックウォ-タ-： 毒性強的黑水 6-2 6-3 7-2 7-3
ダ-グマタ-： 吸收光線的石塊 1-6 1-7 3-3 3-4 5-6 6-7
ダ-グクリスタル： 貴重的黑色結晶體 6-1 7-1 7-6 7-7