登基四月二十日,晉武帝去世,皇太子司馬衷即位,是為晉司馬衷,大赦,改年號為永熙。尊繼母皇後楊芷為皇太後,立妃賈南風為皇後。同年五月十三日,葬晉武帝於峻陽陵。
五月十八日,增加天下官位壹級,參與晉武帝喪事的增加二級,免除百姓租稅壹年,二千石以上的官員都封為關中侯。以太尉楊駿為太傅,輔佐朝政。八月二十六日,立子廣陵王司馬_為皇太子,以中書監何劭為太子太師,吏部尚書王戎為太子太傅,衛將軍楊濟為太子太保。派遣南中郎將石崇、射聲校尉胡奕、長水校尉趙俊、揚烈將軍趙歡將屯兵四出。後在291年正月改元為永平。晉司馬衷當政後非常信任他的皇後賈南風。因此賈氏專權,甚至假造晉司馬衷的詔書。永平元年,迫害皇太後,廢其太後位,殺大臣如太宰司馬亮。同年又殺皇太後於金墉城。
元康四年和元康六年匈奴和其他民族反叛,氐人齊萬年稱帝,壹直到元康九年這次反叛才被消滅。同年,賈南風開始迫害太子_,首先廢他的太子地位。次年殺太子。這個舉動成為許多反對賈後專政的皇族開始行動的起點。趙王司馬倫假造詔書廢殺賈後,殺大臣如司空張華等,自領相國位,這是八王之亂的開始。恢復原太子的地位,立故太子之子司馬臧為皇太孫。
永康元年八月,淮南王司馬允舉兵討伐司馬倫,兵敗被殺。同年十二月,益州刺史趙_協同從中原逃到四川的流民在成都造反。
永寧元年,司馬倫篡位,自立為皇帝,司馬衷被改為太上皇,太子司馬臧被殺。三月,齊王司馬_起兵反司馬倫,受到成都王司馬穎、河間王司馬_、常山王司馬_等的支持。司馬倫兵敗。淮陵王司馬_殺司馬倫的黨羽,驅逐司馬倫,引司馬衷復位。司馬倫被殺。五月,立襄陽王司馬尚為皇太孫,並以羊獻容為皇後。六月,東萊王司馬蕤謀推翻司馬_的專權,事漏被廢。十二月,李特開始在四川反晉,這是成漢的起點。
太安元年,初皇太孫司馬尚夭折,司馬覃被立為太子。五月,李特在四川擊敗了司馬_派去討伐他的軍隊,殺廣漢太守張微,自立為大將軍。
十二月,司馬穎、司馬_、新野王司馬歆和範陽王司馬_在洛陽聚會反司馬_的專政。司馬_乘機殺司馬_,成為朝內的權臣。
太安二年三月,李特在攻成都時被殺,但四月他的兒子李雄就占領了成都,到年末,李雄幾乎占領了整個四川盆地。五月張昌、丘沈反,建國漢,殺司馬歆。八月,司馬穎和司馬_討伐司馬_。十月,司馬_的軍隊攻入長安,在此後的洗劫中上萬人死亡。此後兩軍在長安城外對陣,連十三歲的少年都被征軍,同時兩軍都征募匈奴等的軍隊。最後司馬_兵敗被殺。司馬_成為晉朝舉足輕重的人物。
並非弱智每壹位父親,對自己的兒子總是放心不下,開國皇帝更甚。司馬衷當上太子後,司馬炎對其將來能否擔當重任心存疑慮,甚至通過以尚書事,令太子決之的辦法,來考察司馬衷的理政能力。司馬衷生於安樂,沒有經過政治歷練,自然難以應對,太子妃賈南風和給事張泓串通,由張泓事先把答案寫好,司馬衷依樣畫葫蘆書之,結果武帝覽而大悅。有人將這件事看做是司馬衷白癡的佐證,其實不然。類似的政治作弊,曹植和楊修也曾搞過壹次,難道能依此否定曹植在文壇上的八鬥之才嗎？此外,司馬衷即位後,凡有詔命,帝省訖,入呈太後,然後行之；誅殺司馬亮、衛_時,也是由司馬衷作密詔令。由此可見,司馬衷雖然不懂或不熱衷政治,但讀文、寫字甚至擬發詔令還是沒問題的。
除了有壹定的文化基礎外,司馬衷對數字也是有概念的,甚至是很敏感的。西晉後期變故叠起,戰亂不停,及王浚攻鄴,誌勸穎奉天子還洛陽。時甲士尚萬五千人,俄而眾潰,唯誌與子謐,兄子_,殿中武賁千人而已,而人馬復散,誌於陣中尋索,得數乘鹿車,司馬督韓玄收集黃門,得百余人。誌入,帝問誌曰：何故散敗至此？誌曰：賊去鄴尚八十裏,而人士壹朝駭散,太弟今欲奉陛下還洛陽。帝曰：甚佳。於是禦犢車便發。看到身邊侍衛的數量急劇減少,司馬衷便有何故散敗至此的發問；聽到盧誌賊去鄴尚八十裏的匯報數字,司馬衷覺得甚佳,才同意向洛陽進發。此外,通過司馬衷與盧誌的壹問壹答,我們還可以看到司馬衷關心時局變化、順應形勢發展的壹面。
司馬衷對外界感觀能力較強,經常有真摯的情感表露。如,開國元勛陳騫去世及葬,帝於大司馬門臨喪,望柩流涕。建武元年,至溫,將謁陵,帝喪履,納從者之履,下拜流涕。光熙元年六月丙辰朔,帝至自長安,升舊殿,哀感流涕。能夠望柩流涕下拜流涕和哀感流涕,說明司馬衷對外界事物有較強的感知能力,並且有相應的情感表達方式。當環境發生變化時,司馬衷還能夠根據情況改變自己的言行舉止。洛陽被大將張方攻占後,張方帥騎三千方拜謁,帝躬止之。司馬衷被張方劫持到長安後,司馬_帥官屬步騎三萬,迎於霸上,拜謁,帝下車止之。在宗室爭權奪利的混戰中,司馬衷身處屋檐下,能夠處亂不驚,能夠對臣下恭謙禮讓再三,說明他不但不傻,而且還很識時務。
征伐皇太弟司馬穎,是司馬衷生命中最危險的壹次血腥經歷。蕩陰之戰中,由於潰敗,司馬衷的乘輿委地,他本人也身重三箭。在飛矢交前的情形下,百僚奔散,唯侍中嵇紹扶帝。敵將要殺嵇紹,司馬衷阻攔說：吾吏也,勿害之。敵將說：受太弟命,惟不犯陛下壹人耳。於是,司馬衷只能眼睜睜地看著嵇紹被殺,血濺龍袍。在自身難保的形勢下,司馬衷還能想著保護屬下,但由於自己的權威掃地而無能為力,對此他壹直耿耿於懷。事後,敵將準備為司馬衷換洗沾滿鮮血的衣服時,司馬衷說：嵇侍中血,勿洗也。意思是說,這上面是嵇紹的血,妳們不能洗去。司馬衷用這種方式,對敵將的殘忍行徑表示了抗議,對嵇紹的忠心赴死表露了哀思。試想,這是壹個白癡所能做出來的嗎？