大多數國家不鼓勵近親結婚，甚至禁止近親結婚。
近親結婚，後代死亡率高，常出現癡呆、畸形兒、遺傳病等。這是因為近親結婚的夫妻，從祖先那裏獲得的相同基因較多，這就容易使不利於生存的隱性有害基因在後代中相遇(即純合)，所以很容易生出質量不好的孩子。
據世界衛生組織估計，人群中每個人攜帶約5-6種隱性遺傳病。在隨機婚姻(非近親結婚)中，由於夫妻雙方沒有血緣關系，相同的基因很少，且攜帶不同的隱性致病基因，所以不容易形成隱性致病基因的純合子(患者)。但近親結婚，很可能夫妻雙方攜帶相同的隱性致病基因，在後代中容易相遇，會增加後代遺傳病的發生率。
近親繁殖後代的發生率比非近親繁殖後代高幾倍。此外，多基因遺傳病的發病率較高，如高血壓、精神分裂癥、先天性心臟病、無腦兒、癲癇等。近親結婚所生子女的死亡率也明顯高於非近親結婚所生子女的死亡率。為此，許多國家都通過了禁止近親結婚的法律。中國《婚姻法》第六條規定:
"直系血親和三代以內旁系血親禁止結婚."
直系血親是指父母與子女、祖父母與孫子女、祖父母與孫子女之間的關系。
三代以內旁系血親包括同胞、叔伯(姑)侄(女)、叔伯(姑)侄(女)、堂(妹)親。
據調查，城市近親結婚率約為0.7%，農村為1.2%，有的高達2.8%。在壹些山區農村和海島，由於交通不發達，近親結婚的比例較高，所以遺傳病較多。因此，禁止近親結婚是降低甚至消除隱性遺傳病發病率，提高人口素質的有效措施，是優生學的主要內容之壹。