1，機械過濾
龜缸裏的水會被龜糞、食物殘渣、水生植物腐爛的葉子汙染。人們過濾掉水中可見的懸浮物，以保持水的清澈透明。其實這只是過濾的首要作用，我們通常所說的機械過濾。機械過濾的過濾材料有紡織品、海綿等。壹些生物過濾材料還具有機械過濾功能。
2.生物過濾
現代觀賞龜缸過濾應該既有機械過濾又有生物過濾，有時還需要物理過濾。其中，生物過濾尤為重要。所謂生物過濾，就是通過附著在濾料上的細菌，將溶解在水中的有害物質分解或轉化為無害物質。生物過濾的濾料包括中空板(商店有售)、覆有沙子、海綿、陶瓷環或火山巖的底部過濾系統等。
3.物理過濾
就是利用壹些材料特有的吸附功能來凈化水。常用的物理吸附材料是活性炭。活性炭是壹種多孔碳顆粒，其孔隙率大大增加了其內表面積。優質活性炭的內表面積可達400 ~ 1200平方米/克，表面積大的活性炭顆粒有足夠的空間吸附汙染物。物理過濾壹般只在特殊情況下短時間使用，比如去除水中殘留的化學物質。