合成維生素我們從飲食中攝入的維生素量遠遠不能滿足人體的需求。所以有些維生素是腸道內有益菌合成的，尤其是維生素K，在食物中含量很少。有益菌減少會導致維生素K缺乏、腹瀉、凝血障礙。
促進鈣、鐵、維生素D的吸收乳酸菌在代謝過程中會產生大量的酸，提高鈣的溶解度，直接刺激胃腸道最大限度地吸收鈣、鐵、鋅。實驗結果表明，正常情況下，我們只能吸收1/3的消化鈣，攝入益生菌可以將鈣的吸收提高到攝入量的2/3。因此，有益菌的繁殖有利於減緩老年人骨質疏松的進程，促進嬰兒的發育。
腸道內有有益菌和有害菌，提高免疫力。如果有益菌占據了腸道表面，有害菌就沒有生存的地方了。這就是所謂的“站立保護”。地方那麽多，有益菌占得多。有害細菌在營養競爭中處於失敗狀態，它們的生長和發育受到抑制。因此，當雙歧桿菌、乳酸菌等有益菌在腸道內生長繁殖時，會阻止病原體入侵腸道，構築起壹道生物屏障。而且腸道是人體最大的免疫器官，有益菌可以分泌壹些抗原物質來激活和強化腸道的免疫系統。
抗癌益生菌可以降解亞硝胺，消除亞硝胺的致癌性，促進腸道蠕動。像經常便秘的老年人，壹些有毒有害物質停留在腸道內，威脅腸道表面，誘發腸道腫瘤，引發癌癥。蠕動加快後，這些有害細菌隨糞便排出人體。