1.工商部門對農民專業合作社進行登記，免收驗資和年檢費用。
2、國家支持農業和農村經濟發展的建設項目，可以委托和安排有條件的相關農民專業合作社實施。
3.中央和地方財政分別安排資金，支持農民專業合作社提供信息、培訓、農產品質量標準和認證、農業生產基礎設施建設、市場營銷和技術推廣等服務。優先支持民族地區、邊遠地區、貧困地區的農民專業合作社和生產國家和社會急需的重要農產品的農民專業合作社。
4.農民專業合作社享受國家規定的農業生產、加工、流通、服務等農業經濟活動的相應稅收優惠。
5.銷售農民專業合作社成員生產的農產品，視同農業生產者銷售自產農產品，免征增值稅。
6.對增值稅壹般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農產品，可按13%的抵扣率抵扣增值稅進項稅額。
7.農民專業合作社向合作社成員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥和農業機械，免征增值稅。
8.農民專業合作社及其成員簽訂的農產品和農業生產資料購銷合同，免征印花稅。
9.《財政部國家稅務總局關於印發享受企業所得稅優惠政策的農產品初加工範圍(試行)的通知》(財稅[2008]149號)進壹步明確了免征企業所得稅的農產品初加工範圍。