第二部分
第二部開始，佐助的臉沒有太大變化。他依舊冷酷強大，斷絕了與鳴人和木本櫻的友誼，壹心追求實力。當三人再次相遇時，佐助毫不猶豫地攻擊鳴人和木本櫻，毫不留情。另壹方面，對於壹些陌生人，他又不願意隨意殺人。佐助和大蛇丸只是互相利用。與其他銀人不同，佐助對大蛇丸既沒有恐懼，也沒有尊重。只有在訓練中，他才願意和大蛇丸在壹起。佐助沒有佩戴銀仁的額頭護體，身上唯壹的印記就是內七波氏族的紋章。
從第壹部到第二部的兩年半時間裏，佐助的能力有了很大的提升。他以長刀為武器，研發出壹種新技術——千鳥流，可以使全身充滿電，攻擊逼近的敵人。他還掌握了雷脈輪的狀態變化，可以不借助任何媒介，讓脈輪刀隨意變化。或許是受到大蛇丸的影響，佐助學會了類似隱蛇手的忍者技能。他控制咒文的能力也大大提高，可以把身體的壹部分提升到咒文狀態。佐助的實力更是深不可測，連九尾都怕三分。
佐助和賽
在第二部電影中，佐助在遇到賽的時候首次亮相。他對賽的出現無動於衷，也對大蛇丸的遲到不滿。當賽說他會比佐助更好的配合鳴人的時候，佐助用sharingan震驚了賽。之後，賽試圖幫助鳴人和木本櫻，並將佐助帶回木葉村。佐助對所有的勸說都置之不理，說只要能殺死臭鼬，就算大蛇丸拿走他的屍體，他也開始攻擊新成立的7班。
經過幾輪戰鬥，佐助進入了鳴人的意識，發現了九尾的秘密。九尾·福克斯對佐助的出現感到驚訝。他說佐助的sharingan和chakra甚至比他自己的還要邪惡，他以前見過類似的宇智波馬達拉。佐助說他對九尾說的話壹無所知，然後開始壓制九尾的脈輪。當九尾撤退時，他威脅佐助不要殺鳴人。兩個人回到了現實。正當佐助準備用他的絕技消滅所有人時，大蛇丸和竇出現了。竇勸說佐助留在第七班，這樣可以削弱蕭的實力，便於他向雪貂復仇。於是佐助壹行就消失了。
大蛇丸之死
佐助再次出現在他打倒的壹群忍者中。他很幹凈，沒有受傷。大蛇丸說，即使是所謂的天才在那個時代也沒有這樣的實力。因為佐助覺得自己跟大蛇丸沒什麽好學的，大蛇丸在臥病在床的時候突然用查克拉刀襲擊了大蛇丸。早有準備的大蛇丸化身為“白鱗蛇”，試圖抓住佐助的身體。這兩個人在精神空間戰鬥。在佐助的sharingan下，大蛇丸遭遇了和對付臭鼬壹樣的慘敗，他的精神世界被佐助徹底吞噬。
擺脫大蛇丸的控制後，佐助釋放了被大蛇丸囚禁的水月。他和hidden商量組織壹個新的團隊，並表示已經有了人選。兩人來到北秘辦，說服了有特殊能力的管理員加入，然後釋放了所有囚犯。佐助的最後壹個隊友是重吾。這個人是詛咒之源，有雙重人格，有無法控制的殺人沖動。佐助、水月和翔磷來到關押重吾的北秘屋找到了他。有殺人沖動的想和水決鬥，很快就被佐助的大蛇纏住了。重吾在佐助的高壓下恢復了正常，又躲在牢房裏，害怕他再出去殺人。佐助說他會成為重吾的籠子來阻止他殺人的沖動。然後佐助說君麻呂已經為他而死，現在重吾終於知道這個人就是君麻呂願意冒著生命危險帶他回大蛇丸的宇智波佐助。為了看看佐助能做什麽讓君麻呂為他犧牲，重吾決定加入他們。佐助四人組正式組建，命名為“蛇”。佐助最大的目的是殺死雪貂，世界會因為“蛇”的出現而大亂。佐助與小阿飛和開戰。迪達拉被打敗了，最後迪達拉為了證明自己的藝術，自己爆炸了，可惜佐助熟練的使用了sharingan，進入蛇的時候用空間忍術，跳到了其他空間。他成功地離開了爆炸地點，保住了自己的性命，而迪達拉卻死於爆炸...
兄弟決戰
另壹邊，木葉村收到大蛇丸被佐助殺死的信息，開始搜尋佐助。“蛇”成員項磷發現木葉的人在跟蹤佐助，“蛇”前往“小”的基地，佐助甚至遇到了臭鼬，臭鼬指示佐助前往內廣的家鄉，告壹段落。途中，佐助先去了家鄉南河的神社大堂，在那裏找到了密會地點。內廣的“萬花筒分享”存在的目的是為了控制九尾的權力。我也知道使用萬花筒sharingan最終會導致失明。
兄弟倆剛剛打了壹場決戰。壹開始佐助似乎占了上風，從背後捅了雪貂壹刀。然而這是雪貂的另壹個成員，佐助立刻用千鳥攻擊了身後的另壹只雪貂。後來我從完整的故事中得知，雙方看似在戰鬥，實際上只是壹場錯覺上的攻防戰，實體始終沒有離開。他從黃鼠狼那裏得知宇智波家族的創始人宇智波馬達拉仍然存在，斑點和黃鼠狼壹起毀滅了整個家族。我還了解到宇智波馬達拉還擁有萬花筒sharingan，他是第壹個用眼睛控制九尾的人，並揭示了他眼睛的另壹個秘密。臭鼬繼續告訴佐助，萬花筒sharingan的另壹個秘密是，已經是萬花筒sharingan主人的人，可以從其他人那裏奪取同樣的眼睛，創造出具有獨特力量的“新雙眸”，永遠不會陷入失明的黑暗世界。所以雪貂壹直想讓佐助成為萬花筒sharingan，而他需要的就是這個弟弟作為他的“備用”，來逃避sharingan的萬花筒主人的失明。
佐助知道全部真相後，也采取了行動。佐助雖然巧妙地利用飛脂攻擊和蛇身作為掩護，但因為和雪貂的力量差距，還是被雪貂肘擊，失去了左眼。當然，事實上，這些只是臭鼬用“月讀”制造的假象。臭鼬認為這可能會使佐助的實體癱瘓。但令人驚訝的是，佐助有能力破解他的月讀，這傷害了黃鼠狼的左眼。佐助指出，瞳孔手術畢竟只是工具，sharingan也有超越萬花筒sharingan的力量。雪貂的幻術失敗，左眼受傷。所以佐助用自己擅長的“影風車術”取勝，讓雪貂身體受傷。後來他用“逃火與火球術”攻擊雪貂，雪貂也用“逃火與火球術”還擊，但被佐助壓制。
這時，臭鼬突然使用了高級瞳術“天光”，黑焰吞噬了佐助的火焰，壹度也試圖吞噬佐助。佐助隨後巧妙運用大蛇丸的變身術，讓甄珍穿在地下，避免被“天象照”吞噬；他也知道雪貂在使用“天光”的時候是無法變身的，他也知道雪貂的體力已經到了極限，所以他在地面進入法術狀態2，使用“火遁龍浩火”的手法對地面受傷的雪貂進行奇襲。雖然雪貂還能躲開，但是他的右手被燒傷了，之前的戰鬥也讓雪貂滿身傷痕，查克拉已經將其消耗殆盡。佐助在用火逃跑的時候也耗盡了查克拉，但是他已經做好了殺死雪貂的準備，他要用終極秘密忍耐力殺死雪貂...
391，原來是佐助通過走火通道射向天空制造閃電，將閃電的巨大力量集中在手裏，引著它攻擊雪貂。這被佐助稱為“雷盾麒麟之術”，把雪貂所在的巖石砸碎。佐助也認為雪貂的死期到了...但沒想到的是，雪貂也用終極防禦來防禦佐助的轟擊。臭鼬也用上了自己的終極技能“能幫”，原本防守的骷髏慢慢變成了巨人。就在這時，原本被佐助帶走藏在身體裏的大蛇丸，利用佐助浪費的力氣占據了他的身體，用“八歧術”改變了八歧大蛇。但如日本神話中，大蛇八木的頭已被“必輔”斬首；原本隱藏在八歧大蛇中的大蛇丸，被十拳劍(別名切酒大刀，其中壹把可以封印醉夢自由世界中被蟄的壹切)刺中，被吸入八歧大蛇所持的瓶子中。佐助也克制了大蛇丸的控制，直落。但佐助此時已經耗盡了沙林甘的力量，他的沙林甘也消失了。
面對雪貂強大的技能，佐助沒有sharingan的力量，只是不斷的用雷管攻擊；但這被“須介”手持的“八支鏡”壹壹抵擋，臭鼬壹步步逼近。沒想到的是，臭鼬似乎因為使用了“能幫”的手法而徹底崩潰了，吐了很多血，輕輕壓在佐助的額頭前，在佐助的耳邊說了壹句密語(其實是說“對不起佐助，不會再發生了”)，然後就突然倒下了。雪貂躺在佐助旁邊的地上，佐助站著不動。雨下得很大，但是天空之火還在燃燒…佐助看到旁邊的雪貂已經不動了，笑了笑，然後就倒下了…
捕捉八尾文章
佐助醒來後發現自己身處異地，宇智波麻原彰晃出現在眼前。宇智波鼬的真相也將被揭露。佐助看到斑的真面目時，左眼自動啟動萬花筒sharingan，拍出“天體照”；據斑說，臭鼬死前給佐助註射了瞳力，是為了保護佐助不受斑的傷害。從現場的口中，我很驚訝地聽說，因為木葉高層下達的命令，雪貂殺了全家。佐助終於意識到，臭鼬自始至終的所作所為，不僅僅是為了木葉，也是為了自己的保護(比如消除自己身上的天道詛咒)，不禁潸然淚下。然而，他選擇走上了壹條與他哥哥不同的道路...目前，他加入蛇隊，將隊名改為“鷹”，並設定了新的目標——“消滅木葉”，以他的方式復興內池波家族。他將與點點所帶領的蕭聯手，不僅要瞄準木葉上層，還要幫忙捉拿另壹個。目前身在雷地，幻術迫使夜月氏族的雲仁放棄了英祖的縱隊力量的位置，去雲雷秀那裏直接告訴英祖要帶走他。
佐助對抗奇拉夫，奇拉夫連續兩次擊倒他，連內臟都被挖出來了。然而，翔磷和鷹隊的重吾救活了他，這惹惱了奇拉夫，並揭露了巨牛的真面目！！隱藏為了保護他們不被過度消耗，他們主動從房子後面擋住了小八，但沒用壹會兒就把他們打暈了...佐助看到身邊的隊友為了自己冒著生命危險，突然想起自己在木葉的時候，和鳴人，木本櫻在壹起，心裏並不覺得猶豫和孤獨。他打開右眼的萬花筒sharingan，用盡全力用雪貂傳承的忍耐力——“天照”與壹名絕地反擊...熊雄的黑色火焰。在八公掙紮的時候，她向香磷化了壹團火焰，香磷頓時暈倒在水中，身上的火焰也燃燒起來...重吾勸佐助離開，但是點燃了保護同伴之心的佐助卻不願離開，甚至在絕望中啟動了左眼的沙林根萬花筒。神奇的是，原來佐助的眼睛同時睜開，居然有熄滅“趙天”火焰的效果，不僅熄滅了香磷身上的火焰，也熄滅了微弱的八公身上的火焰。而佐助也完成了抓八公的任務(其實是八公脫下的章魚腳，不過已經脫離危險了)，卻震驚了八公的哥哥——“雷影”...