16S序列上傳NCBI步驟
實際上,細菌功能基因上傳到NCBI獲取GenBank號的順序與上傳16S序列基本相同,主要區別有以下幾點(以上傳gyrA基因為例):
gyrA基因上傳的文件需要準備兩個文檔——gyrA基因的基因序列和gyrA基因的蛋白質序列,其中蛋白質序列是基因序列的翻譯序列且蛋白質序列必須連續,中間不能有空格或下劃線(如果有下劃線,需要加減堿基或翻譯序列的互補序列)。
gyrA基因的錄入需要在提交中選擇第二個窗口,然後選擇開始?BankIt提交選項。
?進入後開始填寫個人信息,然後根據提示壹步步填寫。填寫規則請參考上面的視頻或之前的文章(註:填寫核苷酸和組織需要點擊兩次繼續)。在提交過程中,在“來源修飾符”選項中提供信息,如提交序列的來源。如果是基因組上的基因,直接按照下圖填寫即可(點擊繼續後需要信息驗證)。接下來的步驟,Features,是整個提交流程和16S提交最大的區別——妳需要提供提交序列編碼的蛋白質序列,可以通過兩種方式提交:1)上傳事先準備好的FASTA格式文本;2)在線填寫。
?這裏我們選擇在線提交,點擊通過填寫輸入表格添加特征的選項,選擇CDS的選項,然後選擇下面提供蛋白質序列數據的選項,再點擊添加,就會彈出壹個新的界面。新界面至少需要填寫下圖所示的信息(TXT文本中核酸序列顯示的ID和蛋白質序列必須壹致)。最後,我們可以在驗證後提交信息。提交後,我們將等待處理完成,他們將通過電子郵件向您發送GenBank號碼。