高鐵經過南京，在中高風險區停留時間不超過兩小時，不采取隔離措施。壹般來說，坐高鐵經過南京只要不停車，就不算去南京，但也有可能衛生代碼會發生變化，比如黃色代碼或者表示已經到了南京中高風險區。這時候就要註意了，到達目的地後可能會采取隔離措施。
法律依據:
《中華人民共和國傳染病防治法》第三十二條口岸、機場、鐵路疾病預防控制機構和國境衛生檢疫機關發現甲類傳染病病人、病原攜帶者和疑似傳染病病人時，應當立即向國境口岸所在地的疾病預防控制機構或者縣級以上地方人民政府衛生行政部門報告，並相互通報。