辦公室:負責協調機關日常工作和督查，組織重要會議，負責文秘、機要、保密、印刷、檔案、政府信息和宣傳、外事等工作。
電話:58619900
法律與綜合業務部:負責全面的法律工作；負責全球檢驗檢疫的綜合業務管理和業務協調。
電話:58619020
衛生檢疫辦公室:負責管理全面的衛生檢疫工作。
電話:58619030
動植物監管司:負責全球動植物、非食用動植物產品、出口禽肉等檢疫物的檢驗檢疫和監管，負責全球出入境車輛的動植物檢疫。
電話:58619050
食品監管司:負責管理全球出入境食品、化妝品、食用動植物產品(出口禽肉除外)的檢驗檢疫和監管工作。
聯系電話:58619061
檢驗監管部:負責管理出入境商品的整體檢驗；負責對北京進出口商品檢驗鑒定機構的監督管理。
聯系電話:58619021
認證監管部:負責管理、組織和協調全球認證認可工作。
電話:58619100
通關處:負責管理整體檢驗工作、業務統計工作、口岸工作、原產地證業務、通關業務等。負責管理全球檢驗檢疫業務流程；負責管理CIQ2000檢驗檢疫業務綜合管理系統和電子監管系統；負責檢驗檢疫標誌和封識的管理；負責考點的管理。
聯系電話:58619112
動植物、食品檢驗檢疫部門:負責實施北京市五區(含西城區、東城區、宣武區、崇文區、朝陽區)範圍內出入境動植物、動植物產品、食品、化妝品的檢驗檢疫；負責承擔部分指定檢驗檢疫業務；負責北京出入境特殊物品的衛生檢疫監管；海澱檢驗檢疫局成立並運行前，暫負責北京西北地區(海澱區、石景山區、昌平區、延慶縣)檢驗檢疫業務的實施。
電話:58619040
工業品檢驗所:負責北京市五區(含西城區、東城區、宣武區、崇文區、朝陽區)範圍內出入境機電、紡織商品的檢驗(指定的不屬於本部門負責的業務除外)；負責承擔部分指定檢驗檢疫業務；在海澱檢驗檢疫局成立運營前，暫負責北京西北地區(海澱區、石景山區、昌平區、延慶縣)相關檢驗業務的實施。
電話:58619070
檢驗處:負責與動植物和食品檢驗檢疫處、工業產品檢驗處相關的具體檢驗工作；負責簽發本地區的各種原產地證書。
聯系電話:58619115
科技司:負責檢驗檢疫相關的科技和標準化工作，科技攻關和技術引進，管理信息資料、實驗室、儀器設備和計算機信息系統。
聯系電話:58619812
人事處:負責本局及下屬分支機構幹部的任免、調配、考核、公務員管理、職稱評聘、機構編制、勞動工資、教育培訓、保障等工作。“保衛處”的印章可用於對外工作。
聯系電話:58619813
財務部:負責局機關及下屬單位的財務核算、基本建設計劃和國有資產管理，負責下屬單位的財務監督檢查。聯系電話:58619815
政治工作部:負責全面的政治理論教育、思想政治工作和精神文明建設；在局黨組的指導下，根據北京市機關工委和質檢總局的工作安排，結合我局工作實際，服務於本單位的中心工作；履行機關黨委的日常管理職能，負責黨的基層組織的思想、組織和作風建設的日常管理。負責黨員隊伍建設和黨員的日常教育、管理和監督；履行機關工會的日常管理職能，負責機關內部管理事務的民主監督，負責職工素質教育和文化體育活動的實施；履行團委的日常管理職能，負責團委的思想、組織和作風建設，負責團員和青年的日常教育和管理。
聯系電話:58619816
監察室和審計局:維護黨章和其他內部法規，檢查黨的路線、方針、政策和決議的執行情況；負責監督檢查黨風廉政建設責任制的落實情況；監督檢查被監督對象執行國家法律、法規、政策、決定和命令的情況；受理對違反國家法律、法規、政策和行政紀律的舉報和控告；查處違反國家法律、法規和政治紀律的行為；通過審計監督下屬部門的財務工作，督促財務工作者正確履行法律法規賦予的職權；負責領導幹部的經濟責任審計；制定黨風廉政建設和黨紀政紀教育規劃；協助黨委加強黨風建設。
聯系電話:58619817
離退休幹部部:負責離退休幹部職工的統籌管理和服務。貫徹中央、國務院關於離退休幹部的方針、政策和法規。傳達貫徹局黨組、黨委的工作部署和工作要求。結合本局實際，組織離退休幹部閱讀、學習文件和參加政治活動，負責離退休幹部的醫療、福利、養生、娛樂、健身服務，組織和推動離退休幹部在社會主義兩個文明建設中發揮作用。
聯系電話:58619818
安保部:負責全面的治安和消防安全管理。研究制定全面的治安、消防安全管理制度和措施，並檢查監督實施；負責全面的安全教育和安全宣傳；承擔局綜治領導小組的具體工作；負責全球消防設施的管理，檢查其安全使用和運行情況；負責門衛和保安人員的管理；配合公安機關查處內部治安和刑事案件；負責全球集體賬戶的管理。完成局領導交辦的其他任務。
聯系電話:58619814
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