(1)辦公室
負責工作目標、文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開、後勤、固定資產管理等工作；負責處理NPC代表和CPPCC委員的建議；負責行政權力的公開透明運行；負責局機關公文的規範化。
(2)政策法規處(掛成都市節水辦牌子)
起草水務方面的地方性法規草案；負責規範性文件的審查；制定水務政策；承辦行政訴訟、行政復議、行政調解和法制教育；負責全市水務系統的宣傳和新聞發布工作；負責全市水政、漁政監督和水行政執法的指導和監督；負責全市水工業科技信息工作，組織水工業科學技術研究和重大科技成果的鑒定、評價、申報、應用和技術推廣；承辦水利行業的對外經濟技術交流與合作；編制節約用水計劃，制定節約用水政策，制定節約用水相關標準。
(3)計劃部
擬訂全市水戰略規劃；組織編制重大綜合水利規劃、專業規劃和專項規劃；審查重大水利建設項目的建議書和可行性報告；負責水工程建設項目合規性規劃審查；承擔水務綜合統計工作。
(4)水資源管理辦公室
統壹管理水資源，組織實施取水許可、水資源有償使用制度和水資源論證；組織水資源的調查、評價和監測；擬訂全市和跨區(市)縣的水量分配、水功能區劃分和水資源調度規劃並監督實施；編制水資源保護規劃；負責飲用水水源保護和城市供水水源規劃；負責地下水的開發利用；發布壹份水資源公報。
(5)水管理辦公室
負責中心城區河流、湖泊、天然湖泊及其海岸線的管理和保護；負責全市河流、河口、灘塗的管理和開發；審核重要涉河工程的洪水論證和河勢穩定評估報告；檢查水體納汙能力，提出限制排汙總量的建議；負責河道管理範圍內的采砂管理；承擔水環境管理工作；負責中心城區河道和河岸通道臨時占用的監督管理；監測河湖水質水量，審查湖泊水庫和河流排汙口的設置、改建和擴建。
(6)供水管理處
編制全市供水規劃並監督實施；負責全市供水行業的管理；指導供水行業實施特許經營；組織制定供水行業質量技術、運營服務等管理標準並監督實施；指導中心城區供水設施的新建、改建和擴建；指導城市節約用水工作；負責供水企業(含自建設施供水企業)的資質和行業管理；會同物價部門核算城市供水價格。
(7)排水管理處
編制全市排水規劃並監督實施；負責全市排水、汙水處理和再生水利用的行業管理；指導排水行業特許經營的實施；按照排水行業質量和技術運營服務管理標準，負責全市排水、汙水處理、再生水利用等基礎設施運營的監督管理；組織實施城市排水許可和排水接管；會同物價部門核算城市汙水處理費價格；負責城市排水的指揮調度；負責對汙水處理廠(站)運行和排水戶排水行為的監督管理；負責中心城區下穿隧道的監督管理。
(8)施工管理辦公室
擬訂水工程建設質量和施工技術標準，並組織實施；負責全市水務建設項目招標投標活動的監督和執法；負責大中型水工程項目的初步設計審查和報告；指導水利工程的建設和驗收；指導水利建築市場的監督管理工作；組織實施控制性或跨區域(市)縣的重要水利工程建設和運行管理。
(9)水利和水土保持部
擬訂全市農村水利政策和發展規劃並監督實施；指導全市農田水利基本建設和農村水利社會化服務體系建設；組織和指導鄉鎮集中供水、農村飲水安全、節水灌溉、排澇等工程的建設和管理；組織指導已建成水利工程的運行管理和加固工作；組織和指導水庫安全監測、病險水庫整治和防洪工作；組織和指導丘陵山區農田灌溉和抗旱工作；組織實施水土流失預防、監督和綜合治理；指導水土流失監測工作；組織編制水土保持規劃並監督實施；審查開發建設項目水土保持方案並監督實施；負責處理區(市)縣之間的重大水事糾紛。
(十)安全監督管理辦公室
負責全市水工程建設、水利基礎設施運行、供排水和水處理等方面的安全生產監督管理；組織和指導重大水上安全事故的調查處理；負責全市水電工程建設的涉水事務監督管理和水務行業地方電站運行的涉水事務監督管理；根據條例，引導農村水電資源開發，引導農村水電電氣化和小水電替代燃料。
(十壹)行政審批部門
承辦市政府公布的相關行政審批事項。
(12)財務部
負責部門決算的編制；承擔市政水務資金和國有資產的監督管理；負責局機關和直屬單位的財務工作；對水價、收費、信貸提出建議。
(十三)人事部門
負責局機關和直屬單位的人事管理、隊伍建設和機構編制工作；組織水系統教育培訓、職稱評定和職業技能鑒定。
(14)退休人員辦公室
負責局機關退休人員管理工作，指導直屬單位退休人員管理工作。
(15)防汛辦公室
負責組織、協調、指導和監督全市防洪工作；指導編制全市防汛應急預案並監督實施；負責審批防洪調度計劃，編制防洪應急資金使用計劃，建立健全防洪應急體系；負責全市重點水毀工程修復和年度河道堤防年度修復工程建設；組織和指導全市防汛物資儲備工作；負責報告重特大防汛突發事件；負責全市防汛隊伍建設，開展防汛演練；承擔成都市人民政府防汛抗旱指揮部辦公室的日常工作。
(十六)減災和信息技術司
負責全市防洪、抗旱和災情匯總工作，提出意見；負責防汛抗旱減災的宣傳和培訓；指導全市水利信息化建設；負責協調市級相關部門建立防汛抗旱信息共享機制；負責市水務局的信息化建設、運行和維護。