第二條本規定所稱生產經營歷史遺留違法建築，是指《深圳市人民代表大會常務委員會關於堅決查處違法建築的決定》頒布實施前，即1999年3月5日前，未經規劃國土資源部門批準，未取得建設工程規劃許可證，非法占用工業、交通、能源等項目用地的建築。
第三條區人民政府負責統壹組織和協調轄區內違法建築的檢查和處理工作。
規劃和自然資源部門負責處理違法建築問題；住建部門和消防救援機構在各自職責範圍內負責違法建築的處理；生態環境、文化、廣播電視、旅遊、體育、衛生、市場監管、人口和房屋綜合管理等有關部門和機構應當按照各自職責參與處理違法建設工作。
第四條下列違法建築不予確認產權:
(壹)占用道路、廣場、綠地、高壓供電走廊和地下管線或者其他嚴重影響城市規劃且無法采取改正措施的；
(二)占用農業保護區土地的；
(三)占用壹級水源保護區土地的；
(四)非法占用國有土地或者原農村土地紅線以外的其他土地的。
前款未確認產權的違法建築，依照《中華人民共和國土地管理法》、《中華人民共和國城鄉規劃法》、《深圳經濟特區規劃土地監察條例》等有關法律法規的規定查處。
第五條除本規定第四條第壹款所列情形外，違法建築由規劃土地監察機構按照下列規定處理:
(壹)對原農村集體經濟組織的違法建築，按建築面積每平方米10元的標準處以罰款；
(二)原農村集體經濟組織與其他企業或單位合作建設的違法建築，按照建築面積每平方米20元的標準征收；
(三)其他企業或單位的違法建築，按建築面積每平方米30元的標準處以罰款。
違法建設行為人繳納罰款後，辦理征地手續並簽訂土地使用權出讓合同，規劃和自然資源部門進行產權確認，出讓地價按現行地價核減75%；前款第壹項所述的原農村集體經濟組織的違法建築免交地價，政府不再支付征地補償安置費用。
本條第壹款第(二)項、第(三)項所列違法建築建設中非法轉讓農村集體土地使用權的，免予處罰，其他企業或者單位支付給原農村集體經濟組織或者其成員的費用，視同征地補償安置費用。
第六條違法建設行為人應當自本規定發布之日起壹年內向規劃國土資源部門報告違法建設情況。國土資源規劃部門應當予以登記處理。
第七條不動產登記機構對申請確權的違法建築進行首次不動產登記時，不受《深圳經濟特區不動產登記條例》第三十條第四項、第五項、第七項規定的限制，但違法建設行為人應當提交建設工程質量檢測機構出具的檢測合格和消防安全的證明文件。
第八條依照本規定可以確認產權的違法建築，違法行為人應當依照本規定辦理相關手續。不動產登記機構接受處理後，應當在《深圳經濟特區不動產登記條例》規定的期限內確認產權，並頒發不動產權屬證書。
違法建設行為人逾期拒不辦理相關手續或不繳納罰款、地價款的，按照《深圳市人民代表大會常務委員會關於堅決查處違法建設的決定》等相關法律法規處理。
第九條因城市建設需要拆除依照本規定確認產權的違法建築的，補償標準由市人民政府另行規定。
第十條對1999年3月5日以後新建、改建、擴建違法建築的違法行為，按照《深圳市人民代表大會常務委員會關於堅決查處違法建築的決定》等相關法律法規嚴格查處。
第十壹條市人民政府可以根據本規定制定實施細則。
各區人民政府可根據本條例，結合本區實際情況制定實施辦法，並報市人民政府備案。
第十二條本規定自2002年3月1日起施行。
本規定實施前有關處理違法建築的規定與本規定不壹致的，以本規定為準。