如果遇到體溫異常的乘客，會對體溫異常者進行第二次檢查，對發熱者進行臨時觀察。深圳北站出入口，換乘口都有紅外測溫攝像頭。此外，工作人員還會額外手持測溫槍，對部分戴帽子影響系統測溫的旅客進行二次測溫。
所有進站旅客都要核對三碼(100%測溫、100%衛生碼、100%戴口罩)，掃描場所碼，亮碼，經車站工作人員核對後方可進站。深圳北站等所有火車站都有專門的通道為無法提供健康碼的旅客提供進站服務，比如各個年齡段的人。建議市民提前到站咨詢車站工作人員。
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