業務技術部:負責綜合氣象觀測、信息網絡和技術裝備支撐、預報、公眾和專業氣象服務、氣象技術、人工影響天氣管理等業務管理；負責本行政區域內監測網絡業務、氣象預報和服務業務的發展規劃和現代化建設；負責氣象站環境保護的技術檢查；管理氣象信息的發布；組織協調災害性天氣聯防、突發氣象災害應急管理、氣候資源開發和保護、生態和農業氣象規劃實施、新技術推廣應用；履行福州市人民政府防汛抗旱指揮部人工影響天氣辦公室的職責。
人事教育處(監察審計部、精神文明建設辦公室):負責市局黨組管理幹部的考核、任免和後備幹部隊伍建設；負責全市氣象系統機構編制、勞動工資、社會保障、就業調配、獎勵、專業技術人員、聘用合同等人事管理工作；負責員工在職教育培訓的組織和管理；負責本行政區域內氣象系統的監察、審計、黨風廉政建設和查處違紀案件；承擔精神文明建設和思想政治方面的日常工作；承擔全市離休幹部的管理和服務工作。
政策法規處(福州市防雷辦):負責政策法規管理、行業管理和標準化管理；組織起草地方性氣象法規、政府規章和規範性文件；組織、協調和管理氣象行政執法，承辦氣象行政復議、應訴、處罰聽證、相關氣象行政許可等工作，並組織學習、宣傳和普及法律法規；負責氣象行業管理的綜合協調；負責科技服務的宏觀協調和政策指導；組織管理雷電災害防禦工作。
2.直屬機構:福州市氣象臺(福州海洋氣象臺):牽頭制作市級短期、長期、短期、短期天氣服務相關基礎預報產品，災害性天氣決策氣象服務、公共氣象服務、專業氣象服務。負責雷電預警和發布業務；牽頭組織氣象災害和突發公共事件的氣象服務；開展海洋、交通、城市、地質災害等氣象預報預警服務；承擔全市氣象災害及相關災害的收集、報告和災情評估工作；預測技術和方法的研究和發展。
福州信息網絡與設備保障中心:負責本轄區氣象信息網絡軟硬件系統的規劃、建設、運行和維護；負責收集、處理和存儲市級氣象信息；實時監測本地區的氣象信息和產品；負責本區域傳輸時效和質量分析，配合省氣象信息中心做好省市通信網絡系統的運行維護工作。承擔本地區綜合觀測系統設備保障；按照綜合觀測設備的業務規範，做好日常檢查、維護和維修任務；負責本地區區域站設備的校準；負責轄區內業務系統的防雷保護工作；負責該領域綜合觀測系統技術設備的規劃、供應、儲存和部署。
福州氣象科技服務中心(福州專業氣象臺):牽頭承擔市級科技服務。對天氣預報和評估產品進行再加工和包裝，提供與農業、林業、海洋、交通運輸、旅遊、醫療衛生、電力、體育等相關的專業天氣預報服務；利用電話、短信、互聯網、報紙等媒體開展氣象信息服務，開發氣象科技服務新產品，開拓氣象科技服務新領域。
福州市防雷中心:牽頭承擔市級防雷業務，負責組織福州市雷電災害鑒定評估、雷電風險評估和防雷裝置設計技術評估；負責大型建設項目、重點工程、爆炸危險環境等建設項目的雷擊風險評估；負責福州市防雷裝置的檢測、設計審核和竣工驗收；開展防雷技術服務和防雷技術開發研究。
福州農業氣象試驗站:規範農業氣象觀測、作物和氣候觀測，及時編發各種觀測電報；根據本市農業、天氣、氣候特點，開發、試驗和示範農業氣象服務技術和實用技術；承擔上級業務部門下達的農業氣象技術開發和試驗任務。向市政府和其他用戶制作和提供農業氣象災害、農作物病蟲害氣象條件、主要農作物產量預報等農業氣象信息和預報服務產品。調查、收集和評估農業氣象信息預報服務的效益和農業氣象實用技術的應用。
3 .縣(市)氣象局(站):
福州市共有8個縣(市)氣象局(站)，機構規格為官方。平潭為國家基本氣象觀測站，閩侯、長樂、福清、連江、羅源、永泰、閩清為國家壹般氣象觀測站，設在縣級行政區域的國家氣象觀測站與行政區域內的縣級氣象局整合。
主要功能
負責本行政區域內氣象事業發展規劃的制定和氣象業務建設的組織實施；負責本行政區域內氣象設施建設項目的審查；指導、監督和管理本行政區域內的氣象工作。
組織管理本行政區域內氣象探測資料的收集和傳輸；依法保護氣象探測環境。
負責本行政區域內氣象監測預報的管理工作。及時提出氣象災害防禦措施，對重大氣象災害進行評估，為同級人民政府組織氣象災害防禦提供決策依據；管理本行政區域內公眾氣象預報、災害性天氣警報、農業氣象預報、城市環境氣象預報、火險氣象等級預報和其他專業氣象預報的發布。
管理本行政區域內的人工影響天氣工作，指導和組織人工影響天氣工作；組織管理雷電災害防禦工作，會同有關部門指導對可能遭受雷擊的建築物、構築物和其他設施安裝的雷電災害防護裝置的檢測。
負責向同級人民政府和有關部門提出氣候資源利用和保護以及氣候資源區劃等成果推廣應用的建議；組織氣候資源開發利用項目的氣候可行性論證。
組織氣象法制宣傳教育，負責監督有關氣象法律法規的實施，處罰違反《中華人民共和國氣象法》有關規定的行為，承辦有關行政復議和行政訴訟。
統壹領導和管理本行政區域內氣象部門的計劃財務、人事勞動、科研培訓、業務建設等工作；會同縣(市)人民政府對縣(市)氣象機構實行雙重管理；會同地方黨委和人民政府做好地方氣象部門的精神文明建設和思想政治工作。
承辦上級氣象主管機構和同級人民政府交辦的其他工作。