辦公室主要職能:負責辦公室日常運行,承辦安全、保密、信訪、政務公開和國際合作交流等工作。承辦局黨組和局領導交辦的其他工作。內部辦公室(室):值班室(機要信訪室)、秘書監督室、政策研究室(改革辦)、新聞辦公室、國際合作辦公室。計劃財務法規部的主要職責:組織制定醫療保障工作計劃。承擔機關及直屬單位預決算,推進醫療保障信息化建設。組織起草法律法規、規章和標準草案,承擔規範性文件的合法性審核,承擔行政復議、行政訴訟等工作。承辦局黨組和局領導交辦的其他工作。
內部辦公室(室):沒有辦公系統。待遇保障處的主要職責是:制定醫療保障籌資和待遇政策,協調城鄉醫療保障待遇標準。統籌推進多層次醫療保障體系建設。建立健全醫療保障關系轉移接續制度。組織制定長期護理保險制度改革方案並組織實施。承辦局黨組和局領導交辦的其他工作。醫療服務管理處的主要職責是:擬定醫療保險目錄和支付標準,建立動態調整機制,制定醫療保險目錄準入談判規則並組織實施。制定定點醫療機構醫療保險協議和支付管理、異地就醫管理辦法和結算政策。組織推進醫療保險支付方式改革。組織藥品、醫用耗材和醫療技術的經濟評價。承辦局黨組和局領導交辦的其他工作。
內設辦公室(室):綜合辦公室(醫改協調辦公室)、目錄管理處、支付管理處。醫藥價格、招標采購司的主要職責是:制定藥品和醫用耗材價格、醫療服務項目和醫療服務設施收費政策並組織實施,建立價格信息監測和發布制度。制定藥品和醫用耗材的招標、采購、配送和結算管理政策並監督實施,推動招標采購平臺建設。承辦局黨組和局領導交辦的其他工作。
內設辦公室(室):醫藥價格辦公室(綜合與信息監測辦公室)、招標采購辦公室。基金監管部的主要職責:制定醫療保險基金監督管理辦法並組織實施。建立健全醫療保險基金安全防控機制,建立健全醫療保險信用評價體系和信息披露制度。監督管理納入醫療保險支付範圍的醫療服務和醫療費用,規範醫療保險經辦業務,依法查處醫療保險領域的違法行為。承辦局黨組和局領導交辦的其他工作。
機關黨委(人事處)的主要職責是:負責機關及在京直屬單位的黨群工作。承擔機關及直屬單位人事管理、機構編制、教育培訓、隊伍建設等工作。承辦局黨組和局領導交辦的其他工作。內設辦公室(室):黨委辦公室(紀委辦公室)、人事處。