工程款支付糾紛是合同糾紛，反映的是債權債務關系。
根據《民法通則》規定，應當在合同履行結束時或者自合同約定的付款期限起3年內主張，可以向項目所在地、債務人住所地、合同簽訂地法院提起訴訟。並可主張相應的違約責任，
有履約保證金的，可以主張返還保證金。合同債務的履行可以用貨幣支付，也可以用實物支付，債務也可以用不動產抵扣。