南京市疾病預防控制中心成立於2006年6月1日。是經南京市機構編制委員會5號文批準，由南京市衛生防疫站、南京市職業病防治研究所、南京市皮膚病防治研究所、南京市血吸蟲病防治醫院、南京市健康教育研究所、南京市結核病防治研究所等6個單位重組而成的綜合性衛生機構。
中心成立以來，在科學發展觀的指導下，以衛生防病為重點，以重大傳染病防控為重點，全面加強疾病預防控制和實驗室能力建設，疾病預防控制綜合能力顯著提升。
南京市疾病預防控制中心的主要職責
1，完成國家和省下達的重大疾病防控指令性任務，落實疾病防控規劃和方案，組織全市疾病疫情的調查、處理和報告；負責全市預防用生物制品管理，組織實施預防接種。調查突發公共衛生事件的危險因素，落實控制措施。
2、開展常見病原微生物和常見毒物、汙染物的檢驗鑒定。開展食品衛生、職業衛生、放射衛生、環境衛生等領域的疾病監測和健康危害因素監測，管理全市疫情和相關公共衛生信息。承擔衛生行政部門委托的與衛生監督執法相關的檢驗檢測任務。