湖州市疾病預防控制中心是湖州市衛生局直屬衛生機構。設有4個職能部門和10個業務部門，員工74人。現有專業技術人員66人，其中中、高級職稱37人。
該中心建有艾滋病篩查中心實驗室、二級生物安全實驗室和100的潔凈室。配備全自動熒光定量PCR診斷儀、全自動生化分析儀、原子吸收分光光度計、氣相色譜儀和高效液相色譜分析儀等儀器設備。
湖州市防疫中心的職責:
主要承擔疾病預防控制、突發公共衛生事件應急處置、疫情報告和健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與控制、實驗室檢測與評價、健康教育與健康促進、技術指導和應用研究等7項公共職能。