勞動行政部門應當責令用人單位限期支付工資；向勞動仲裁機構申請勞動仲裁；並向人民法院申請工資支付令。
農民工通過合法途徑支付，需要準備的材料有以下幾種:
1.申請書，申請書應當載明勞動者的姓名、性別、年齡、職業、工作單位、地址和電話，用人單位的名稱和地址，法定代表人或者負責人的姓名、職務和電話，並有明確具體的申請請求和申請所依據的事實和理由；
2、申請人的身份證明；
3.被申請人的身份證明；
4.勞動關系證明，如勞動合同、解除或終止勞動合同證明、工資支付證明、社會保險繳納證明、工作證、通行證等材料。
法律依據
中華人民共和國勞動法
第八十九條用人單位制定的勞動規章制度違反法律、法規規定的，由勞動行政部門給予警告，責令改正；給勞動者造成損害的，應當承擔賠償責任。第九十壹條用人單位侵犯勞動者合法權益，有下列情形之壹的，由勞動行政部門責令支付勞動者工資和經濟補償，並可以責令支付賠償金:
(壹)克扣或者無故拖欠勞動者工資的；
(二)拒不支付勞動者延長工作時間工資的；
(三)低於當地最低工資標準支付勞動者工資的；
(四)解除勞動合同後，未依照本法規定給予勞動者經濟補償的。第四十六條工資分配應當遵循按勞分配的原則，實行同工同酬。
工資水平在經濟發展的基礎上逐步提高。國家對工資總額實行宏觀調控。