近期小蘭越加懷疑柯南就是新壹。柯南放在那裏的手機被小蘭給看到，她想從手機的郵件確認自己的懷疑。小蘭在開機畫面中發現手機被鎖定了。正想解除密碼暗號的時候，外面有汽車喇叭的相聲，小蘭看到那車的號碼是46-49（yoroshiku），想起半年前與新壹約會的事情…
401~402 寶石搶匪現行犯（寶石強盜現行犯）2005/06/06、2005/06/13 ┣漫畫第47卷.File5-7┫
高木與少年偵探團壹起來到了珠寶店,剛巧遇上了搶劫.他們壹直追犯人來到了屋頂.怎知犯人從屋頂掉下去當場死亡.高木等人總覺得事有蹊蹺,調查了在旁邊進行搬遷的屋主貓田,發現搶匪就在貓田所在公司打工...柯南從當時自殺的位置上察看，懷疑貓田就是殺後村的兇手。但是佐藤警官等人認為這是自殺事件，打算就此結案。不過光彥等人提出了以幾個貓田的疑點。在這些問題中，高木懷疑在強盜搶劫之前貓田就已經知道自己是刑警和這些孩子也牽涉其中的事情。懷疑是貓田自己跳下來，並消失在某個看不到的地方，從而說自己是無辜的…
403~404 不可思議的天使之館（不思議な天使の館）2005/06/20、 2005/06/27 ┣動畫原創┫
少年偵探團受到同班同學松中的請求，幫忙解開她曾祖父伊勢川剛三留下的“給予解答了謎的人寶物”謎題。借由伊勢川的秘書、時鐘的引導，壹行人開始向"天使"之館進發解謎。領地內東南西北各方位聳立著4座尖塔,上面有天使像。在館內結束第壹次探尋之後,柯南說這件事跟時鐘有關聯...少年偵探團壹起前去尋找賴子曾祖父在"天使之館"留下的財寶.柯南塔的北部借由黑水晶發現了時鐘落在了地下.壹同前去的賴子也辨認不清.地下廣闊的中蠕動非常容易迷路,柯南壹行只好按著水滴的方向前進.好不如容易找到了出口,但是在那裏等待的居然是...
405 呼叫救護車的男子（救急車を呼びに行った男）2005/07/04 ┣動畫原創┫
早上5點，廣松住的街道發現壹名全身染血的男子。根據119的通報，因為救護車會慢壹些趕到，消防屬的車輛前去接。受害者大久保巖男是被鈍器擊中後腦死亡。米花東署的櫻田泰造警部補認為兇手是第壹發現者廣松。但柯南認為現場狀況混亂，需要調查…
406~408 柯南和平次的推理魔術（コナン平次の推理マジック）2005/07/11 、2005/07/18 、2005/08/01 ┣漫畫第47卷.File8-11┫
柯南與蘭、平次、和葉壹起去觀看名為“星河童吾魔術秀” 表演。魔術表演中走到了看臺的蘭與和葉，在表演結束後去向星河道歉。他們在那裏見到了魔術師範田力與姫宮展子。原來他們3人是10年前失蹤的魔術師正影先生的弟子，之後姫宮還說出“要選出誰才是真正的接班人”這番話。於是，3人相約去正影先生家裏商量此事，而柯南壹行人也受邀壹同前往…
在正影家的2樓走廊下找到了姬宮的。正影 的資料也不知道被什麽人偷雲了。看起來犯人拿走了資料之後利用停電從正影家的窗子逃跑了。不過平次看了姬宮的之後，卻不認為是這樣。目暮警部在聽取了範田、星河、滿村的證詞之後，排除了他們犯罪的可能。隨後柯南看到他們當年的合照，發現了壹些事情
小蘭和和葉想起在停電之前花瓶的後面似乎有影子。據說停電前，在月光是從瓶後面射過，而停電之後成了側面。隨後目暮，柯南等人到了範田休息的房間。柯南和平次在窗下的小路上覺得範田和滿裏根本沒有可能作案，而且千葉在庭院的樹叢內發現了折斷的樹枝與足跡，目暮將重心放在了外來者作案上
409~410 同時進行的舞臺和綁架（同時進行舞臺と誘拐）2005/08/08 、2005/08/15 ┣動畫原創┫
玉之助劇團再次在米花市公演。玉之助他們這次要演出的劇目是“竹取物語”。玉之助飽嘗皇帝壹角，片剛蓮華則扮演輝夜公主的角色。然而片岡財閥的會長、片岡半四郎卻在劇團努力排練裏出現。原來他是蓮華的父親，他把離家出走的蓮華給帶回家。公演首日玉之助去接蓮華的時候，卻發現她被綁架
柯南與少年偵探團，玉之助展開行動想找出被綁架的蓮華。而警方的搜查也同時跟進。大貫開車載著贖金前往指定的誌氣，目暮與高木也開車尾隨在後。大貫按照犯人批示甩掉跟監的警察，但贖金卻卻犯人強行奪走。柯南等人高歌過監禁蓮華的倉庫後，立刻趕往大貫被襲擊的現場。而此時，柯南註意到了商店街旁邊的監視錄影機…
411~412 神社鳥居驚人暗號（神社鳥居ビックリ暗號）2005/08/22、2005/08/29 ┣漫畫第48卷.File1-3┫
柯南、少年偵探團以及小哀跟著阿笠博士到森林裏采集昆蟲。博士事先準備了寶藏，並給了大家壹個有關寶藏的暗號：“丸蟲和帳篷。”
柯南和元太等人壹起試圖解開暗號，但是弄了老半天還是摸不著頭緒。正在傷腦筋的時候，柯南的手機裏接到了小蘭傳來的短信。原來，小蘭當時正與園子兩人同遊海邊，她們住的旅館有名男子被人殺害，而小蘭等人也被襲擊，所以發出的求救的短信……
柯南從園子發來的短信中找出了拿走包的人。並使用變聲器變成新壹的聲音與小蘭保持聯絡，把事件分析結果及時轉告。同時，警署中的小蘭想回去和柯南解釋壹下。小蘭和園子又目擊了見山的朋友被殺害，嘉納用車送小蘭等人回賓館。之後柯南成功破解了阿笠博士的暗號……在見山的房間中發現了殘留暗號“teiu”的真實含義……
413 完全半分犯罪之謎（完全半分犯罪の謎）2005/09/05 ┣動畫原創┫
為了提供自己的辦案經驗給“名偵探瑪格列”的三位編劇，小五郎帶著柯南壹起到了日賣電視臺。由於約定的時間還早，小五郎便和柯南在電視臺內的咖啡廳打發時間。想不到此時卻接到該劇集制作人涼子小姐的聯絡。小五郎與柯南兩人接到聯絡後，急忙趕往會議室，卻在現場見到死狀痛苦的編劇八神。而八神的遺體旁邊還留有壹個小杯子，小五郎依照現場的情況，判斷八神極有可能被人用氫酸類的藥物所毒殺……
414 追尋青鳥的偵探團（青い鳥を追う探偵団）2005/09/12 ┣動畫原創┫
少年偵探團壹行人出去C組的由香家裏去看綠鸚哥。在那裏遇到了她母親的朋友阪口慎也，然而由香卻無視阪口把朋友帶進屋內。這個時候，由香感覺鸚哥有些變小了。隨後，大家了解到阪口在寵物店買了壹只鸚哥的事情。步美、元太、光彥決心弄清真相，去采訪了米花大學研究所工作的阪口……
415~417 出現在佛滅之日的惡靈（仏滅に出る悪霊）2005/10/10、2005/10/17、2005/10/24 ┣漫畫第48卷.File4-8┫
小五郎因為受國友家的執事--赤冢的委托，幫助他們解開惡靈的詛咒。他和柯南、蘭壹起去了公館。隨後，柯南他們面對的是公館收到的謎般的卡片和在4號多次發生的奇怪事件。主人國友淳大再次請求他們在公館內重復調查。晚飯後，呆在2層房間的柯南他們，發現了在3樓的陽臺上吊著的安全公司經理關口先生的屍體…
13年前，發生過的國友淳大的沈船海難事件，和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面。柯南認為有恐高癥的波花不會接近關口被殺的3層的陽臺，所以很難行兇。同樣，茂子、綿引、赤冢也有奇怪的習慣和病癥，都不太可能是殺害關口的犯人。但是，柯南推理有人可能只是裝著有癖性和癥狀的…
得知死去的關口住在橫濱後，橫溝警部聯絡了在神奈川縣警察局工作的弟弟重悟。於是了解了13年前的9月26日關口工作的保安公司的社長失蹤的事情。而且，社長失蹤3天後也就是29日發生了淳大的沈船事件。之後，柯南確認了大家各種怪癖癥狀的真假，召集在房子裏工作的所有人回到房間……
418 米花町閣樓的房屋（米花町グルニエの家）2005/10/31 ┣動畫原創┫
柯南們去參觀步美發現的可愛的新房子。從閣樓的天窗可以看到毛利偵探事務所的壹部分。2天後，柯南們從步美那聽說，那個房屋賣掉了。據說買主是70多歲的老夫婦。並且，柯南們認識那個房屋裏的老太太之後，偷拍在事務所吃晚飯的柯南們的人物出現了。竟然是住在閣樓的家的老夫婦…
419~420 八岐大蛇的劍（八岐大蛇の剣）2005/11/7、2005/11/14 ┣動畫原創┫
小五郎、柯南、蘭在旅行途中認識了出雲大社旅館老板的女兒－江角榮子。榮子似乎有隱情，不想結婚。第二天，在八雲瀑布下發現了男性的屍體。死者是榮子的結婚對象－鱷淵耕司。島根縣警察局的山根刑警推斷是強盜殺人事件，因為鱷淵所持有的價值1千萬日元的刀從兇殺現場失蹤了。但是，在稻佐的海灘上發現了那把丟失的刀……
柯南推理出榮子和福間的不在場證明存在漏洞。隨後，柯南與蘭在舊大社車站從壹位主婦那裏得到，鱷淵被殺時她曾在車站看到榮子的證言。小五郎，山根刑警等人再次對榮子和福間進行問訊，2人的證詞存在很大偏差，明顯是在說謊。2人很明顯是替罪羊，真兇是石飛和藤江2人…
421~422 銀杏色的初戀（イチョウ色の初戀）2005/11/21、2005/11/28 ┣漫畫第40卷.File7-9┫
柯南等少年偵探團成員無意中發現了阿笠博士40年前收到的女孩子寫來的明信片。當時，小學6年級的阿笠博士與壹位害怕狗的女孩子相遇，並成為好友。但是，她匆匆留下壹張寫有：“每10年的11月24日在留下美好回憶的地點相見吧”的明信片後，就突然搬家了。偶然間發現今天剛巧是40年後的11月24日。柯南等人決定以明信片為線索，讓阿笠博士和初戀的女孩子再次相見…
柯南及少年偵探團等人，決定為幫助阿笠尋找初戀少女，而挑戰40年前留下的明信片上所寫的數字暗號。大家推理認為暗號所隱藏的少女等待博士的回憶地點應該是東京動物園。雖然在園內反復尋找，但都以認錯人告終。離日落只有大約1小時了，大家對2人的再次重逢死心時。阿笠卻回想起少女的頭發是金色的…
423 偵探團與青蟲4兄弟（探偵団と青蟲 4兄弟）2005/12/05 ┣動畫原創┫
某日清晨，柯南等人正在觀察4只青蟲時，看到有警車在附近停靠，為打探消息，隨即趕往現場。根據高木刑警的敘述得知，獨自生活的壹位老人被殺了。利用午休時間，高木等人來到學校。據說昨晚，有個少年剛巧目擊了犯罪經過，隨即來尋找那名少年。高木雖然找到了那名目擊者圭壹，但是圭壹卻不承認看到過犯人…
424 小醜發來的彩信（ピエロからの寫真メール）2005/12/19 ┣動畫原創┫
小五郎和柯南在服裝租賃店遇到了化裝的木島、石川及中村。3人都是為前往壹位叫梅田的女性家裏參加化裝派對。隨後，小五郎和柯南在歸途中，偶遇前方駛來的警車上的目暮警長。原來是發生了梅田被勒死後寶石被盜的案件。作為第壹發現者的那3個人，說到達公寓的時候，剛好看到有個男人跑出來的證言。之後，拿走梅田寶石的男人被找到了，白川被確保…
425 黑色的沖擊！黑色組織魔爪伸來的瞬間 （2.5小時特別篇）（ブラックインパクト！組織の手が屆く瞬間）2006/01/09 ┣漫畫第48卷.File9-漫畫第49卷.File4┫
小五郎在與播音員水無憐奈的對話中得知她被惡作劇的門鈴所困擾壹事，便與柯南及蘭壹同前往憐奈的家。
小五郎等人雖然抓到了犯人,但此時，柯南卻從安裝的竊聽器中覺察到憐奈實際是黑色組織同黨壹事。 隨後，黑色組織制定了於下午1點在edayP暗殺壹個代號為DJ的人的計劃。密切關註著憐奈的FBI探員朱蒂決定聯手柯南，為了阻止暗殺計劃，就要知道ADP和DJ的意思是什麽，隨即展開了推理…
426 給蘭的情書(蘭へのラブレター)2006/01/16 ┣動畫原創┫
放學後，蘭發現自己的鞋櫃裏有封情書。之後走出校門的蘭與園子，還忽然遇見了柯南。後來，柯南與和警察在壹起的遠野百合子打了招呼。隨即，1年前死了丈夫的百合子，吐露出了空宅子裏有入侵者的事。
然而，百合子家裏的衣櫥中的錢，被人取出壹次後又歸還了。詢問了詳情的柯南，推理出犯人是與百合子或她丈夫相識的熟人…
427~428 充滿神秘的上學之路(超秘密の通學路 ) 2006/01/23、2006/01/30 ┣漫畫第49卷.File5-7┫
光彥的童年玩伴－壹個叫雨宮祥子的4年級女孩突然失蹤了。祥子昨天打來電話時壹副欲言又止的樣子說有事要拜托少年偵探團。由於祥子的外表與灰原十分相似、而灰原又推測祥子的新班主任平山老師是黑衣組織的同伴，因此她擔心祥子會被誤認是灰原而遭到綁架。於是，柯南壹行人由光彥帶路直奔祥子家，不料卻在那兒見到了平山老師…
（"XXX"為TV版）
（"★"為TV版特別篇(スペシャル)）
（"MX"為劇場版）
（"OVX"為OVA（ORIGINAL VIDEO ANIMATION））
（"MSX"為劇場版特典）
（"SPX"為真人版）
[以上"X"為數字]
001 雲霄飛車殺人事件
002 董事長千金綁架事件
011 鋼琴奏鳴曲《月光》殺人事件★
018 六月新娘殺人事件
033 偵探團生還事件
043 江戶川柯南誘拐事件
048 外交官殺人事件（前篇）
049 外交官殺人事件（後篇）
052 霧天狗傳說殺人事件★
054 電玩公司殺人事件
057 福爾摩斯迷殺人事件(前篇)
058 福爾摩斯迷殺人事件(後篇)
076 柯南vs怪盜基德★
077 名門連續慘死事件(前篇)
078 名門連續慘死事件(後篇)
096 走投無路的名偵探！連續兩大殺人事件★
114 有氧潛水殺人事件(前篇）
115 有氧潛水殺人事件(後篇）
116 推理小說家失蹤事件(前篇）
117 推理小說家失蹤事件(後篇）
118 浪花連續殺人事件★
128 黑衣組織10億元搶劫事件
129 來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件★
130 競技場無差別脅迫事件(前篇）
131 競技場無差別脅迫事件(後篇）
132 魔術愛好者殺人事件(事件篇）
133 魔術愛好者殺人事件(疑惑篇）
134 魔術愛好者殺人事件(解決篇）
141 結婚前夜的密室事件(前篇）
142 結婚前夜的密室事件(後篇）
144 上野出發北鬥星3號(前篇）
145 上野出發北鬥星3號(後篇）
146 本廳的刑警戀愛物語(前篇）
147 本廳的刑警戀愛物語(後篇）
153 園子的夏日海灘冒險物語(前篇)
154 園子的夏日海灘冒險物語(後篇)
156 本廳的刑警戀愛物語2（前篇）
157 本廳的刑警戀愛物語2（後篇）
162 空中飛行的密室 工藤新壹最初的事件★
166 鳥取蜘蛛公館的怪事(事件篇）
167 鳥取蜘蛛公館的怪事(疑惑篇）
168 鳥取蜘蛛公館的怪事(解決篇）
170 黑暗中的死角（前篇）
171 黑暗中的死角（後篇）
174 二十年的殺意 聖佛尼號連續殺人事件★
176 與黑衣組織的再會（灰原篇）
177 與黑衣組織的再會（柯南篇）
178 與黑衣組織的再會（解決篇）
184 詛咒的假面的冷笑★
188 危命的復活 洞窟中的偵探團
189 危命的復活 負傷的名偵探
190 危命的復活 第三個選擇
191 危命的復活 黑衣騎士
192 危命的復活 新壹回來了…
193 危命的復活 約定的場所
199 嫌疑犯·毛利小五郎(前篇）
200 嫌疑犯·毛利小五郎(後篇）
205 本廳的刑警戀愛物語3（前篇）
206 本廳的刑警戀愛物語3（後篇）
208 迷宮的入口 巨大神像的憤怒★
217 被封印的目暮的秘密（前篇）
218 被封印的目暮的秘密（後篇）
219 被召集的名偵探！工藤新壹vs怪盜基德★
220 滿口謊言的委托人（前篇）
221 滿口謊言的委托人（後篇）
222 人魚失蹤記（事件篇）
223 人魚失蹤記（推理篇）
224 人魚失蹤記（解決篇）
226 格鬥遊戲的陷阱（前篇）
227 格鬥遊戲的陷阱（後篇）
230 謎壹樣的乘客（前篇）
231 謎壹樣的乘客（後篇）
238 大阪3個K事件（前篇）
239 大阪3個K事件（後篇）
240 新幹線護送事件（前篇）
241 新幹線護送事件（後篇）
242 元太的災難
253 本廳的刑警戀愛物語4（前篇）
254 本廳的刑警戀愛物語4（後篇）
258 來自芝加哥的男人（前篇）
259 來自芝加哥的男人（後篇）
263 大阪雙重謎團 浪花劍士和太閣之城★
264 法庭的對決 妃vs小五郎(前篇）
265 法庭的對決 妃vs小五郎(後篇）
266 情人節的真相（事件篇）
267 情人節的真相（推理篇）
268 情人節的真相（解決篇