1 引爆摩天大樓 1小時35分
某天，柯南在整理信件時，發現了壹封寄給自己的信，原來是有名的建築師－－森谷帝二邀請新壹去參加他舉辦的茶會。沒辦法以新壹身份去參加的柯南，打電話要小蘭等人代替他去，但小蘭開出另壹個條件，要新壹和她在5月3日晚上十點壹起去看電影。原來5月4日那天是自己的生日啊！柯南都把這件事給忘了。在茶會上小蘭和森谷帝二談起要和新壹約會的事。
到了5月3日當天下午，小蘭便出門了。柯南在無可奈何之際，看見新聞說火藥庫的火藥被竊，而且最近發生了許多縱火事件，似乎都出自同壹人之手；而後這個犯人打電話給新壹，聲稱手裏有炸彈，要新壹馬上到堤向津川綠地公園，不然就會有人死。柯南用劃板迅速趕往公園，發現偵探團的孩子正在玩壹架來由不明的轟炸機。雖然柯南擊毀了飛機，但還是發生了爆炸。 這時罪犯又來電話，說3點在米花車站廣場會有炸彈爆炸，提示是在樹下。柯南來到車站，發現原來炸彈是放在壹個裝貓的寵物籃內，因為日語樹根和貓同音，但籃子被人拿走了。柯南好不容易才追到籃子，可只剩20秒了，在倒數16秒這時記時器突然停了，但柯南剛把炸彈帶走壹會兒就又開始跳動。柯南將炸彈帶離人群，但炸彈還是爆炸了，他也受了傷，進了醫院。
在醫院裏大家懷疑是新壹的仇家幹的，新壹曾破的最有影響的案子是前西多摩市的岡本市長開車撞人案，那個市長因為此案而下臺，西多摩市的市政建設計劃也因此而取消了……不久犯人又來電話，聲稱在東京都環狀線上裝了5顆炸彈，在下午4點後，行駛的列車速度不滿60公裏，或太陽下山了，那麽就會爆炸，提示是炸彈在“XX之X”，而偵探團的孩子也在車上。柯南從太陽能想到，炸彈是在“鐵軌之間”，但事後發現用去的炸藥只是被偷的1/4。 白鳥警官發現幾處被破壞的建築都是森谷帝二30歲前設計的，大家來到森谷帝二家調查，柯南在他家的作品展覽室發現了西多摩市的市鎮建設計劃模型……沒多久柯南就使犯人露出了原形。
看似結束的事件卻尚未結束，犯人說他已把最大的炸彈放置在米花市政廳中了，而且……那不是小蘭正處在的地方嗎！此時離爆炸時間已所剩不多了……柯南盡全力來到大樓內，用電話聯系小蘭教她如何拆炸彈。最後，只剩下兩條電線，到底應該剪哪條呢？是剪有小蘭和新壹的幸運色的那條？……此時是5月4日零點！
2第十四個目標 1小時40分
正在慢跑的目暮警官遭人用十字弓射傷而住院了，就在第二天，小蘭的母親—妃英理吃了被人下毒的巧克力，昏倒在事務所裏，緊接著阿笠博士也被歹徒用十字弓射傷，每壹個兇案現場都分別留下了有關黑桃撲克牌上K、Q、J上的物品，三人的名字內都有13、12、11的數字，且被害者都與小五郎有關系。到底這張撲克牌代表著什麽？難道是死亡……
根據線索，目暮警官推斷犯人可能是……十年前，撲克牌賭場的經營人村上丈，被當警察的小五郎逮補。偵訊中，村上丈借口內急而挾持了來找小五郎的妃英理，企圖逃走。槍法壹流的小五郎第壹槍掠過妃英理的腿部，然後再壹槍擊中村上丈，才結束了這場驚險的事件。之後小五郎引咎辭職了，妃英理也和小五郎分了居。這件事對小蘭的打擊非常大，她從此對父親失去了信心。而村上丈在上個禮拜假釋出獄了……
怪異的連續襲擊事件是按照著撲克牌的順序進行的，這壹次出現的牌面是黑桃十。遭到犯人毒手的是小五郎打高爾夫的球友辻弘樹。柯南等搭乘辻弘樹所駕駛的直升機，弘樹駕駛前必要點的維他命被人給掉包了，眼睛遇太陽刺眼得張不開，失去了視力，所幸柯南及時降落，逃過了壹劫而黑桃十出現在辻弘樹家中。兇手的殺機籠罩著所有和小五郎有關的眾人……
為了名字裏有九的旭勝義，大家隨澤木公平來到了著名的海上娛樂中心樂樂廣場。柯南發現了現場的人們名字中都含有「數字」。難道犯人把所有的獵物都壹網打盡嗎？在海底餐廳裏，他們並沒有發現嫌犯--村上丈的蹤影，卻發現了主人旭勝義留下的紙條（其實是兇手留的）。在酒室中澤木公平遭襲。當大家回到餐廳時，卻發現了實業家旭勝義的屍體。
被困在大廳裏的眾人紛紛找尋出口，剎那間燈熄了！名模特兒小山內奈奈的手卻發出了閃光，然後慘遭毒手，而在她的屍體旁邊有壹張黑桃七的撲克牌。此時巨大的爆炸聲響起，犯人炸毀的餐廳。大家逃離了海底，正當柯南指正兇手時，兇手捉了小蘭當人質，並要柯南將手槍丟給他，壹切的景象就跟小五郎當年面對村上挾持妃英理做人質壹樣……
3 瞳孔中的暗殺者 1小時40分
連續兩位東京警視廳的現任刑事慘遭殺害，而遇害的兩位刑事都手握警察手冊氣絕身亡。 這意味著甚麽？是對付警察的恐怖行為、或是過激派的暴行？警視廳正對此兇殺案件有關的人事物及警察組織內部著手進行搜查。 而巨大組織的內部秘密卻如高墻般不可窺探！
柯南與小五郎前往警事廳向目暮警官、白鳥警官查詢有關殺人事件的情報，但是友善的倆人卻以此事不可告之而拒絕了。在小五郎努力追問下，卻得到白鳥警官壹句：「Need not to know〔無需知道〕……」 這是警察之間所用的密語，也就是說殺人事件與警察內部組織有關！
小五郎 、柯南和多名警察參加白鳥警部妹妹的婚宴，席間突然停電，小蘭和女警佐藤都在化妝室中， 正當小蘭拿起身旁的手電筒時槍聲卻響起，佐藤女警為掩護小蘭而挨槍，聽到槍聲的小五郎等人湧入化妝室時犯人卻已不著痕跡地脫逃了，這時，小蘭卻因承受不了佐藤女警重傷昏迷的打擊，從而患了逆性健忘！雖然記不起身邊的事，但卻可以照顧自己的日常生活。失去記憶的蘭不斷受到犯人的攻擊，為了找回記憶，眾人帶蘭去多羅碧加樂園，卻因誤認犯人而放松警惕。此時，找出真兇的柯南趕往樂園保護蘭……最後在噴水池中，蘭找回了記憶，並狠揍了壹頓犯人。
4 水平線上的陰謀 1小時48分
15年前的壹個霧色濃稠的夜晚，在北大西洋的海上壹艘正在航行中的貨輪“第壹八代丸”，撞上了前方巨大冰川發生事故沈沒。萬幸的是船上大部分人都逃過這壹劫難，只有船長和壹名船上的高級幹部不幸罹難身亡。時間回到15年後的現在，地點是日本東京西多摩市的別墅密集區，八代財團旗下分屬八代造成業的設計師八代英人，開車的時候心臟病突發，結果車子不幸掉下山崖造成車毀人亡。誰也沒想到，時隔15年且分別發生在海洋和陸地上的兩起事故，會是壹項重大陰謀的開始。鏡頭轉到正在太平洋上航行的豪華客輪阿芙洛迪特號上，這是根據希臘神話中的代表美麗的愛神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小蘭和毛利小五郎受到園子邀請，參加這首船的處女航。理所當然，這麽受到矚目的豪華客輪，參加處女航的都是些政界、社交界的紳士名媛。
然而沒多久，船上出現了可疑分子，園子更遭到襲擊被其監禁，幸運的是根據柯南的推理順利找回了園子，正在眾人歡欣鼓舞的時候，卻發生了殺人案件。被害者正是這次處女航的主辦人，八代客輪的社長八代貴江，她是半個月以前車禍身亡的八代英人的妻子，緊接著八代財團的董事長，貴江的父親八代延太郎也從船上神秘消失……
獲悉此事的目暮警官帶著壹群警察上船來搜查，同時出動了東京海上保安廳的人對海上進行搜查，陸地上也有警視廳的人在八代英人出事的地點進行再搜查。與此同時，理所當然地我們的小主人公柯南也展開了他最擅長的推理。而這次包括乘客和船上工作人員，總***有600名嫌疑人。於是柯南、毛利小五郎以及警方分別展開了各自的調查，與此同時，犯人也正展開他巨大的陰謀。
為了不影響乘客的情緒，船上的晚宴仍然如期舉辦。在柯南的努力下，真相即將被揭發時卻突然發生了重大意外——油輪的機房發生了大爆炸！犯人更在整艘油輪的主要機房內都安置了炸彈，整個船身不停搖晃，讓船員和乘客都驚恐萬分，全船600條人命，就懸於瘋狂的犯人壹念之間。
置身於無處可逃的大海上，引起了極大的恐慌和混亂，人們陷入了極度的不安中。更糟糕的是，這次連小蘭也被卷入了危險裏面——當然，本片的結果，依舊是正義戰勝邪惡，柯南用他名偵探的推理救出了小蘭，不過出人意料的是，這次掌握事件關鍵的，卻是新壹和小蘭超越了時間的羈絆。
5 偵探們的鎮魂歌 1小時40分
在神秘委托者的招待下，小五郎與柯南壹行人來到了橫濱。壹行人受邀來到壹座巨大城堡，沒想到卻掉入黑影的神秘男子所設下的陷阱。小蘭、灰原與少年偵探團，也因此落入敵人手中成為人質。時間限制為12個小時，如果不在時間內解開男子所出的謎題，小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。
“妳能了解失去心愛的人，是什麽樣的心情嗎？工藤”
這名男子居然知道柯南其實就是工藤新壹？！這名男子的真正身份，難道是……
就在同時，“關西的高中生偵探”服部平次的兒時玩伴和葉也被抓走成為了人質，白馬探也受到委托。這些偵探們將與柯南壹同挑戰謎題。但是，當柯南他們正努力調查敵人的真面目之時，卻同時也面臨著壹連串的危機。而眾人追查已久的怪盜基德，居然也在此刻現身！柯南、平次、基德以及小五郎與其它刑事們，將攜手挑戰這次的強敵。時間壹分壹秒地逼近著，當大家就要解開所有的謎題時，敵人卻又設下了最後壹道陷阱。柯南的身體究竟會？
6 紺碧之棺
今次的故事就從這神秘的小島開始，在小五郎的帶領下，柯南壹行人前往位於太平洋上的小島“神海島”上享受愉快的假日，蔚藍色的大海和無限的自然風光加上自古以來流傳的兩個“神海島”傳說讓這個小島成為遊客成群的度假聖地。蘭和園子在“海底宮殿”附近的海域享受有氧潛水，少年偵探團則玩起了神海島觀光課安排的尋寶遊戲。然而，覷意於傳說中的財寶的寶藏獵人們也潛入了這個迷人的小島上。蘭和園子意外的遭遇到壹名被鯊魚群襲擊的寶藏獵人，獵人的死是因為傳說中的寶藏嗎？急忙趕來的柯南發現了死亡的疑點，並和灰原壹起展開了調查。