在疫情期間只要勞動者沒有做出不合法的事情，那麽就不應該扣工資，而對於只要因為疫情不能上班就不能扣工資，從而還應該要如實的發放勞動者該有的工資，所以，在處理的時候就要結合實際的情況來進行辦理。企業因受疫情影響導致停工停產的，未超過壹個工資支付周期(最長三十日)的，應當按照正常工作時間支付工資。超過壹個工資支付周期的，可以根據職工提供的勞動，按照雙方新約定的標準支付工資；企業沒有安排職工工作的，應當按照不低於當地最低工資標準支付職工生活費，生活費發放至企業復工、復產或者解除勞動關系。
法律依據：
《工資支付暫行規定》
第十二條非因勞動者原因造成單位停工、停產在壹個工資支付周期內的，用人單位應按勞動合同規定的標準支付勞動者工資。超過壹個工資支付周期的，若勞動者提供了正常勞動，則支付給勞動者的勞動報酬不得低於當地的最低工資標準；若勞動者沒有提供正常勞動，應按國家有關規定辦理。
《人力資源社會保障部辦公廳關於妥善處理新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控期間勞動關系問題的通知》
第壹條對新型冠狀病毒感染的肺炎患者、疑似病人、密切接觸者在其隔離治療期間或醫學觀察期間以及因政府實施隔離措施或采取其他緊急措施導致不能提供正常勞動的企業職工，企業應當支付職工在此期間的工作報酬，並不得依據勞動合同法第四十條、四十壹條與職工解除勞動合同。在此期間，勞動合同到期的，分別順延至職工醫療期期滿、醫學觀察期期滿、隔離期期滿或者政府采取的緊急措施結束。
第二條企業因受疫情影響導致生產經營困難的，可以通過與職工協商壹致采取調整薪酬、輪崗輪休、縮短工時等方式穩定工作崗位，盡量不裁員或者少裁員。符合條件的企業，可按規定享受穩崗補貼。企業停工停產在壹個工資支付周期內的，企業應按勞動合同規定的標準支付職工工資。超過壹個工資支付周期的，若職工提供了正常勞動，企業支付給職工的工資不得低於當地最低工資標準。職工沒有提供正常勞動的，企業應當發放生活費，生活費標準按各省、自治區、直轄市規定的辦法執行。