自從2002年以來，S60也經歷了3年多的發展歷程，出現了數個版本：第1版（如7650），第2版（如6600），第2版FeaturePack1 （如7610），第2版FP2（如6681），第2版FP3（如N70），第3版（如3250）。在第2版FP3及其以前的版本中，雖然每次升級都會引入壹些兼容性問題，但主要軟件（本文指的是以.sis為擴展名的S60軟件包，不包括Java軟件）是大體可以通用的。其中第1版到第2版的升級的兼容性破壞的相對嚴重壹些，但尚可接受。
但是用戶壹旦購買了即將上市的使用S60第3版的手機就會發現，現有的支持S60第1,2版的第三方軟件竟然沒有壹款能夠在新手機上運行了，甚至安裝都不行。這類手機包括3250、N71、N80、N91、N92、E60、E61、E70，以後會更多。看著手機屏幕的熟悉的S60界面，用戶可能很茫然。誠然，S60第3版的顯示界面和前兩版的很類似，主要有了下列幾項改進：多種分辨率、橫向縱向屏幕的支持（並不是導致兼容性的根本原因，想想N90），卷滾條由底部菜單的箭頭改為右側的壹條線，九宮格圖標改為3x4，正在運行的程序在九宮格對應圖標的右上角顯示壹個小圓圈……。然而，藏在基本相同的用戶界面底下的，是操作系統的前後不同版本之間的巨大的差異。
S60第1版使用了Symbian 6.1版操作系統，第2版和第2版FP1使用了Symbian 7.0s，第2版FP2使用了Symbian 8.0a，第2版FP3使用了Symbian 8.1a，第3版使用了Symbian 9.1（註意不要把Symbian 9操作系統和S90手寫屏平臺混淆，這是兩個不同的概念。基於S90平臺的手機只有7710，它使用了Symbian 7.0s操作系統）。因為Symbian自從版本9以後引入了許多嶄新的特性，使得它和以前版本的兼容性遭到了徹底的破壞。也就是說，S60的兼容性問題是其底層的Symbian操作系統導致的。在此給出帶來兼容性問題的3個主要新特性：
（壹）開發Symbian 8.1a及以前版本的工具中，編譯器使用的是gcc for ARM。9.0及以後版本使用的編譯器是支持ABI標準的RVCT。誠然，使用RVCT使得在相同的硬件條件下，新的系統速度更快、更省內存。但是，兩者編譯產生的可執行文件和DLL文件的格式有諸多不同，是導致系統兼容性問題的最主要原因。
（二）Symbian 9.0及以後的版本引入了新的系統安全模型。因為越來越多的個人信息（如電話簿、商業機密文檔）會被保存在智能手機中，防止惡意軟件或病毒竊取這些信息或者耗費用戶通信費用很有必要。用戶會註意到，以前的系統中安裝的某個軟件的所有文件都會存儲在\system\apps\xxx目錄下。Symbian 9.0及以後的系統中，某個軟件中的不同文件會存放在不同的目錄。可執行文件（.exe，以前是.app）被統統放在\sys\bin下，資源文件被統統放在\resource下，每個軟件的所有私有數據被放在\private\<軟件安全號>目錄下，其他目錄是供所有軟件***享的目錄。其中\ sys\bin和\resource用戶不能更改，可執行文件只能由安裝程序復制進去。\private\<軟件安全號>只能由軟件安全號所對應的軟件訪問。可執行文件引入了能力模型。取得某些能力，例如訪問用戶的電話簿、發送短信、修改手機設置等，需要讓可執行文件獲得Symbian公司或者諾基亞公司的數字簽名。系統還具備可執行文件防纂改功能，安裝經過修改的軟件包，或者用讀卡器修改存儲卡的\sys\bin目錄，會被Symbian系統發現。引入這些性特性，使得系統的安全性大大提高，各種私人數據可以放心的保存在手機中。但是系統安全模型的引入，是導致系統兼容性問題的另壹個重要原因。
（三）Symbian 8.1a及以前版本全部使用了EKA1核心，9.0及以後版本使用了EKA2核心。EKA2全面改進了EKA1的任務調度算法，完全支持實時性。實時性是支持某些高帶寬、高優先級的任務對系統的基本要求。這些任務包括VoIP網絡電話、高速率的視頻在線點播。EKA2還可以利用最新的CPU特性。但是， EKA2和EKA1的壹些區別導致了少量兼容性問題的出現。
因為這些新特性會導致S60第3版和先前版本的徹底的不兼容，所以Symbian和諾基亞在引入這些特性前肯定做了許多權衡。最後決定，為了 Symbian和S60系統長遠的發展，例如支持VoIP、支持在線的MP4高速解碼和回放、支持商務人士對應用軟件的安全性要求，忍受軟件兼容性的陣痛是值得的。另外，諾基亞已經承諾，S60的第4版會和第3版保持兼容性。
為了讓自己的軟件能夠在S60第3版平臺上運行，各軟件商必須修改自己的軟件，推出支持S60第3版的新版本。好在這個工作並不費力，對源代碼作很少量的修改，用前面提到的新編譯器編譯壹下，測試通過後新版本隨即誕生。我估計新手機面世後，用於S60第3版的軟件會馬上大量出現。另外，基於前面的原因，支持S60第3版的新版軟件也不能在現有的S60的第1,2版手機上運行。所以以後各個第三方軟件可能會並列開發兩個版本，壹個用於S60第1,2版，壹個用於第3版。但S60第3版絕對是諾基亞今後的發展重點，以後新出的S60手機基本都是第3版的，S60第1,2版的市場會逐漸消亡。而且S40的市場也會萎縮，只用於最低端的手機。S60第3版會成為今後幾年內諾基亞手機的最主要平臺，涵蓋中低端和高端手機。所以不用擔心S60第3版的前途。