1960，中央警察學校(現中央警察大學)警政專業畢業，就職於臺北市政府警察局。同年升任警長，成為臺灣省歷史上最年輕的警長。
65438-0964赴美留學，65438-0972獲紐約城市大學約翰·傑伊學院刑事科學系學士學位。後來獲得紐約大學生物化學和分子化學碩士學位(1974)，博士學位(1975)。
李昌鈺目前是康涅狄格科學咨詢中心(科學服務首席緊急事件)的名譽主任，紐黑文大學的全職法醫學教授，並幫助該大學建立了李昌鈺法醫學研究所。在此之前，他曾在康涅狄格州擔任公共安全專員，在康涅狄格州擔任法醫實驗室主任，並在1979至2000年擔任首席犯罪學家。
他先後指認了瓊貝內·拉姆齊謀殺案、OJ辛普森妻子謀殺案、拉齊·皮特森謀殺案、陳·自殺案等幾起大案，甚至參與了美國司法界最可疑的兩起謀殺案的調查:肯尼迪總統遇刺案和弟弟·肯尼迪遇刺案。
李與美國政界高層關系良好，與前總統克林頓私交甚篤。他曾參與萊溫斯基事件的調查和9·11恐怖襲擊後的法醫工作。李還多次回臺協助鑒定幾起重大刑事案件，包括桃園縣縣長劉邦友命案、彭命案、命案、三·壹九槍擊案等，最近的是蘇劍河案。