雖然很多醫院的臨床實驗室都配有PCR室，但是新冠肺炎疫情期間很多醫院的PCR實驗室的現狀是不具備資質，檢測條件不達標，生物安全性無法保證，無法進行核酸檢測，對醫生的診療極為不利。不合標準的PCR實驗室急需升級或重建。
對於有空間和條件的臨床實驗室，可以建設標準化的PCR室，完全按照各種設計標準建設，專門用於新發現病原體核酸的檢測；對於已建立但不規範的PCR室，可在樣本處理區單獨增加新發現病原體(如新冠標本)處理室，專門用於提取新發現病原體(新冠肺炎)的核酸，避免樣本汙染。
對於發熱門診條件較好的醫院，可在發熱門診建立專門的PCR檢測室，滿足傳染病疫情核酸檢測的需要。