1.工資總額的劃分:差額分配事業單位應將工資總額劃分為基本工資、績效工資、津貼補貼等。，其中基本工資根據事業單位工作人員的崗位等級和職務級別確定，績效工資、津貼補貼根據工作績效和實際需要給予；
2.工資核算:差額撥款事業單位應當按照國家有關規定，將工資核算和支付與預算管理相結合，確保工資在預算內支付，充分利用財政資金；
3.工資管理:差額撥款事業單位要嚴格執行工資管理制度，完善工資檔案管理，保證工資發放的真實、公平、合法，同時對工資發放情況進行公示和監督；
4.工資福利保障:差額撥款事業單位根據國家法律法規和政策，為其工作人員提供基本福利保障，包括基本醫療保險、養老保險和失業保險。
事業單位結余分配流程大致如下:
1.余額分配申請:進行余額分配的機構應根據財政部門批準的標準和自身實際情況編制余額分配申請。申請內容包括資金數額、資金用途、資金來源、支出計劃等。；
2.余額分配審批:余額分配機構將編制好的余額分配申請上報審批。上級主管部門審批差額撥款申請，包括預算編制、資金使用和資金來源；
3.下撥余額:審批後的下撥余額申請被批準後，上級部門將下發下撥通知，通知下撥余額機構領取下撥余額；
4.結余劃撥的使用:結余劃撥機構應當根據撥款用途和用款計劃使用結余劃撥資金。資金使用過程中，要做好資金使用和支出的記錄，以及財務報告等相關資料的歸檔；
5.對結余分配的監督:各級財政部門應對結余分配的使用情況進行監督檢查，及時發現和糾正問題，確保資金使用的合法性和規範性。
綜上所述，差額撥款事業單位工資發放需要遵循國家規定的科學規範的管理程序，確保工資的安全性和合法性。同時，各級管理部門也要加強監管，嚴格執行工資管理制度，推進事業單位工資管理的公開化、透明化和規範化。
法律依據:
《中華人民共和國勞動法》第四十九條
確定和調整最低工資標準，應當綜合參考以下因素:
(壹)勞動者本人和平均贍養人口的最低生活費用；
(2)社會平均工資水平；
(3)勞動生產率；
(4)就業狀況；
(5)地區間經濟發展水平的差異。
第五十條
工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。
第五十壹條
在法定節假日、喪假和依法參加社會活動期間，用人單位應當依法支付工資。