亞東縣氣候極其寒冷幹燥,年平均氣溫0℃,1月和7月平均氣溫分別為-9℃和8℃。生長期約為150天,年平均降水量為410毫米..南部海拔2000-3400米,具有亞熱帶半濕潤季風特征,氣候溫和濕潤,年平均氣溫7.7℃,1月平均氣溫0.2℃,7月平均氣溫14.4℃,生長期210天,年平均降水量873mm。