亞東縣氣候極其寒冷幹燥，年平均氣溫0℃，1月和7月平均氣溫分別為-9℃和8℃。生長期約為150天，年平均降水量為410毫米..南部海拔2000-3400米，具有亞熱帶半濕潤季風特征，氣候溫和濕潤，年平均氣溫7.7℃，1月平均氣溫0.2℃，7月平均氣溫14.4℃，生長期210天，年平均降水量873mm。