因此腸鏡被稱為大腸癌診斷的金標準。
結腸鏡檢查時，為了使內窺鏡順利進入腸腔，醫護人員會時不時給患者腸道充氣；同時可以獲得更理想、更清晰的腸道視野，便於更好的觀察腸腔；在最初的充氣過程中，患者會感到腹脹，但在醫護人員的指導下，腹脹會逐漸適應。
另外，由於人的腸道是“九彎十八彎”，當鏡子照到角落時，疼痛會伴有腹脹(每個人的腸道都不壹樣，所以疼痛會因人而異，不是說所有人都有類似的感覺)。
腸鏡針對的是人體的大腸，檢查時產生的腹脹和疼痛壹般人都能忍受。除了部分耐受性差的患者，普通患者可以選擇普通腸鏡進行檢查。
小腸的檢查通常采用腸鏡檢查，可從口腔或肛門進入，檢查方法與腸鏡相似；但由於小腸的長度占整個腸道的五分之四，腸鏡檢查時需要在腹腔內盤旋數次，由此帶來的痛苦是普通人無法承受的。因此，無痛腸鏡或膠囊內鏡可用於檢查小腸。