明中葉手工醫學的衰落可能有兩個原因:
壹是當時的人體解剖學知識還很有限，實施手法治療難免存在壹定的盲目性；同時，從業人員醫療素質參差不齊，對疾病病因病機的認識可能存在這樣的局限性；而且當時行之有效的按摩技術往往秘而不宣，永不傳承，甚至在世界上絕跡。所以當時按摩在臨床上經常出現突發情況，產生了負面的社會影響。
《古今醫學體系》是明代醫生徐春福於1556年編纂的。該書第三卷指出，按摩技術“永遠不會被傳承。”僅存於世者，往往無法使用，使用或乖戾，導致早逝，受傷者眾多。"
明代醫家張景嶽在他編於1624的《井磊》中也指出:“壹個引路人，但凡想跑血，又不想受傷的，只有舒筋調心，才是稱職的，他的意思是明確的。今天看到按摩之流，不知道好處，卻用強有力的方法，想盡辦法困住人，打開關節，擺脫活力。有病的人也想當然的認為法律就是不能忍，勉強能忍。強者讓弱者更常見，弱者承受不起。他們不僅要擺脫疾病，還要增加危害。用了就不要大意。”
萬全寫的《兒科學》壹書中也有小兒推拿意外的記載，與古今醫制大約同時問世:“小兒若得抽搐，先取善法以薦之。”倒著生病是很危險的。於越:推動法律是針灸和按摩的遺產。
俗話說，沒有刺的男人才是偉大的虛擬男人。推抽搐的方法，強者可以用，比如膽小的，他們的氣不好，推，出汗就會疼。他的家人不相信予言教。於越:如果妳不死，妳就會變成壹種慢性病。半個月的後果就是死。”萬全在另壹部專著《萬氏育兒秘笈》中說:“幼兒園有捏法，是按摩的變化。壹歲以下的孩子很難用藥餌治療，真誠對待為宜。妳可以治療外邪，但不能治療內病。能治小病氣虛者，如重病氣虛者，必誤。對於父母來說，誰喜歡吸毒又討厭他們，誰讓他們死呢？"
當時手工醫學衰落的另壹個原因是封建禮教的束縛。孟子關於“男女不授受”的思想和《孝經》關於“身皮之損，父母不敢害之”的思想，在明代中後期達到頂峰。據《襄陽縣誌》1573-1620記載，當時皇太後生病，已“把脈”。在1515出版的李婷主編的《醫學導論》中，有這樣壹條規定:“壹個女人如果要被診斷，她必須詢問她的近親關於顏色、舌頭和飲食的情況。然後，如其所願，如果綜合征嚴重，妳可以逐床診斷，如果綜合征較輕，妳可以挨家挨戶診斷。妳還必須用紗布蓋住妳的手。窮人家不方便，醫生穿薄紗。”當時的內科醫生龔廷賢在他的《百病回春》壹書中對當時的這種趨勢提出了明確的反對意見:“現在的人們普遍求醫問藥，讓病人躺在黑暗的房間裏，不告訴他們患了什麽病，不再讓他們把脈。至於女人，我們看不到她們怎麽觀察她們的情緒？更重要的是用棉手帕保護他的手，醫生不屑於問。即使他問，他也不會說。如果不是這樣，就很難治好他了！”
明中葉取消按摩科後，按摩被迫向三個方向發展:壹是以“手法”的名義在骨科領域繼續發展；二是在兒科領域的應用和發展；第三，它在浴室和理發行業傳播，並逐漸變成壹種民間保健按摩。
《小兒推拿經典》和多部推拿專著的出版，標誌著小兒推拿體系的建立。原書《小兒推拿經》已失傳，現在看到的收錄於《針灸大成》第十卷，明代醫生楊繼洲於1601年完成。除《小兒推拿經》外，龔廷賢撰寫的《小兒推拿配方及活嬰脈絡秘籍》完成於1604。周玉凡寫的《小兒推拿仙術》壹書，寫於1605。《小兒推拿秘笈》、《小兒推拿神奇秘笈》由黃在1620撰寫。
明末醫家李勝春在醫學研究中總結了小兒推拿的臨床實踐:即以手法為綱，即手法作用於穴位或患病部位；以臟腑為綱；以病證為綱。以手法為綱者，如:“運五經，通五臟之氣。”咽喉不通，腹部腫大，氣血不和的地方，用此法，“掐四橫，調和上下氣血。”母乳餵養不改變，用於抽搐。"按臟腑分類，如:"肺經病多咳嗽"，"退肺經證以瀉肺，推腎水，分陰陽，鳳獨展翅，二龍戲珠，推天河水入虎口"。對於以病為綱者，如:“舌貼於口，謂心經熱，六腑退，水中釣明月，清天河為主。”“四肢寒弱，推三關，養脾土，四條為主。"
“治腹痛，每次分陰陽二百，推三級壹百六腑，壹百六腑，口中十天庭，二百搓腹手，五十風穴，壹二百搓臍掌，嘔吐法皆可。把水燒開推，用艾條把餅貼在肚臍上。忌母乳餵養，總餓。”“治水腫，分陰陽200次，推三關100次，退六腑100次，推脾土300次，運水入土100次。用吃剩的姜蔥湯推。忌鹽，及生冷之物，少用牛奶。”“治黃疸，分陰陽二百，推三關壹百，退六腑壹百，推腎水壹百，推脾土三五百，運水入土壹次壹百。用姜蔥湯推。山楂湯是時不時吃的。”
明初，泰醫院設有“正骨”、“推拿”等十三個科室。隆慶五年，骨科改為骨科，按摩科取消。按摩科與骨傷科疾病相關的內容逐漸被納入骨科，並在臨床實踐中不斷發展。
《普濟方》是明代中期周鼎國王朱迪所著的壹部醫學名著。書中記載了肩關節脫位的手法治療:“肩胛骨脫落法:令病人服附子散麻，仰面躺著。如果左肩脫落，用左踏板固定，如果右肩脫落，用右踏板。用拳頭大的軟絲，夾在腋下，用腳蹬固定，將病腕緊貼肋骨，側拉，再用手搭在肩上向下推。”
明代中後期名醫王肯堂在他的《擇醫之準則》壹書中也記載了髓關節脫位的內復原法:“女子腿骨出入外陰之處，不宜踏入，用凳”，“讓病人躺在床上，醫生會用手托住病人的腳，用手在好腳上往上推，腿骨自行進入”。
此外，明代記載了許多用手法治療腰痛的經驗。如《鏡月全書》第45卷介紹了用香油按摩治療腰痛的方法:“對發燒時腰痛者，用熱香油按摩止痛”；《韓醫通》曰:“腎虛腰痛使少陰掌搓，每萬元。或者讓空氣進入腎俞穴。腹寒者，亦揉入臍輪，其功尤兇。”在《針灸大成》中，也有壹篇用手指針刺治療腰痛的醫案:“公職人員任旭，住在靈宮，患腰痛。同鄉董龍山公開推薦。診脈，足數強。而男人的腳和脈應該是堅而實的，但帶數強，是濕熱所致，病有余。如果醫療不夠，那就錯了。我害怕針灸，就用手指加固減輕腎俞穴的疼痛，然後配合除濕行氣的藥劑服用。龔說:用手法代替針刺已經減輕了疼痛，為什麽還要再服滲透劑呢？於越:針可以搶劫疾病，男人害怕針，所以他們不得不。但用手指的方法並不能趕走病根，只能暫時減輕其痛苦。如果沒事，就要針腎俞穴。今天，它不是針，而是滲透利益的藥物。妳沒聽到以前的聖人說:腰乃的腎房子充滿了大關節。脈沈多因濕熱郁滯，故須滲透，不可進補。現在的人誤用壹切，不顧實際情況，導致無盡的痛苦。總的來說，人都喜歡惡補攻擊，人之常情也。邪惡潮濕，新血誕生。有沒有人可以彌補這個不攻自破？”
至於明中葉以後流傳於浴室、理發業的保健按摩技術，多為師徒間口頭流傳，文獻記載甚少。
除上述內容外，在明代中後期的其他醫學著作中，如《醫學概論》、《護生要訣》、《中醫》、《鏡月全書》、《辨證論治規範》等，也可以找到《內科雜癥》和《婦產科領域手法療法》的經驗。，此處省略。