應該說，在所有的生化危機正統續作裏，生化危機5才是對於生化危機1劇情的最好延續（雖然卡裱也挖了很多坑），包括男主角克裏斯、大反派阿爾伯特威斯克、經過壹代而暫時蟄伏起來的保護傘公司和其領導人斯賓塞等等，通通在這壹作裏面針對生化危機1的劇情和謎團進行了很多解答，並同時埋了很多伏筆。
生化危機5遊戲劇情：
由於浣熊市病毒事件，傘公司已經倒閉，但是危機並沒有消失，而在日益加重。為了應付日益嚴重的生化危機，壹個隸屬聯合國的新組織BASS成立了。混亂的非洲自然是生化危機最嚴重的地方。BASS得知壹個黑軍火販子Iring在非洲交易生化武器，於是派超級戰士Chris到非洲追殺Iring。BASS非洲分部指派Sheva作為協助，因為當地人特別反美，即便是BASS也不例外。
chris和sheva過檢查站後，kerk在直升飛機上告知他們阿爾法小隊已經開始行動，要求他們在指定地點和阿爾法小隊匯合。chris和sheva在肉鋪和線人接頭後領到了裝備，很快發現當地人在攻擊他們，於是逃入了壹個房間，與總部通話後才發現總部早就知道這個情況！他們壹路前行，卻目睹了線人被砍頭，隨後他們也被人發現，於是展開了壹場大戰，最後kerk及時趕到，炸開門，將他們救了出去。
當他們在趕往回合地點路上，傳來了阿爾法小隊呼救的聲音，當他們趕到時，只有隊長還奄奄壹息，交給了他們壹個硬盤，隨後他們就遇到了壹個長滿觸手的怪物，最後他們將怪物引入焚燒室將其燒死。
他們從港口殺到海濱小鎮，碰到了很多新的敵人，kerk在支援他們時遭到幺蛾子的攻擊，失事墜毀，總部命令所有單位向失事地點集結。在失事地點，他們遭到了摩托黨的襲擊，幸而德爾塔小隊救援。德爾塔小隊隊長Josh將阿爾法小隊取得的硬盤上的信息的解密信息交給了chris，而上面有壹張圖片是jill！
他們繼續前進，路過火車站，穿越礦場，結果irving卻被壹個帶面具的人救走，最後德爾塔分隊派司機將chris、sheva接走。
路上他們又遇到了飛車黨的襲擊，當他們擺脫飛車黨後，到了集合地卻發現德爾塔小隊已經全滅，唯獨不見josh，突然之間，接他們的那個司機被壹個巨人壹腳踩扁 壹場大戰後，chris對sheva說，任務已經結束了，她應該回去了。sheva說，那妳呢？chris 說總部回傳的信息中有他的搭檔jill，他要去找她。sheva說妳壹個人不行，我和妳壹起去。於是他們壹起上了船。
在船上， sheva說，能說說jill的事嗎？ chris說我們在浣熊市事件中發現wesker是內奸後就壹直在找他的下落。幾年前我們得到消息，可能他和spenser（傘公司的創始人）在壹起。當我們突襲了spenser的住處，發現spenser已死，而wesker則幾乎是壹個怪物，身法鬼魅，最後搏鬥中jill為了救chris將wesker撲下了懸崖 他們繼續穿行，向信息中的油田走去。
他們到了油田，又碰到了josh，而josh對自己的行蹤卻言語不詳。他們三個人壹起找到了iring，卻發現irving 已經上了船，並告訴他們要有壹場大煙火等著他們。他們仨在油田爆炸的最後關頭，也上了船，及時逃離。
最後他們追上了irving，irving走投無路打了病毒，變成了巨大的怪物，他們打敗irving，按irving的臨終遺言，走向壹個巖洞。
他們在巖洞內發現了壹個巨大的遺跡，穿過重重機關後，終於到了圖片上顯示的實驗設施，卻發現jill的培養器是空的。
他們繼續前行，最後找到了wesker和excella，卻發現那個戴面具居然是jill，原來jill和wesker墜崖後並沒有死，wesker用控制器將jill的思維控制了，最後他們將jill身上的控制器拔除。並追到了船上。
在船上，他們壹路殺過去，追到excella，交火中，excella丟了壹種註射劑。
等他們第二次遇到excella，卻發現excella變成了巨大怪物，他們奮力打敗了這個怪物。
chris接到jill的信息，說wesker要散布病毒，他們找到了wesker，最後挫敗了wesker的陰謀並將wesker埋葬於巖漿之中。