蔡元培強調，在學術研究中要尊重不同的觀點和學派，鼓勵思想的自由交流和碰撞，促進學術的發展和進步。倡導對不同文化和思想的包容，反對偏見和歧視，促進文化多樣性和交流。思想自由和兼容並蓄對當時的中國社會產生了深遠的影響，促進了思想解放和文化更新。