1.綜合協調組:負責現場流量監管和溯源工作的組織、協調和保障，上傳和發布信息，督促重點工作落實，匯總日常工作信息。
2.信息流通組:有疫情報告組和密切接觸者流通組。疫情報告小組負責收集、匯總和轉發初篩陽性人員、確診病例和無癥狀感染者的信息。密切接觸者流通組與地方聯防聯控機制下負責密切接觸者追蹤、隔離控制、核酸檢測、社區防控、區域排查的工作組建立信息溝通機制。
實時向相關工作組通報現場流控組和溯源組反饋的疫情相關場所和風險場所的密切接觸者、密切接觸者、暴露者等信息，跟蹤更新落地、排查、控制等狀態信息；整理密切接觸者名單；收集、匯總和流通流程控制報告和核酸檢測信息。
3.現場調流組:有現場調流組和質量控制組。現場流行病學調查組在現場流行病學調查組的總體部署下，負責開展流行病學病例調查，摸清活動軌跡，現場電話和面簽撰寫核心信息和流行病學報告；開展現場調查，根據需要采集環境樣品進行檢驗，確定風險場地；動態確定密切接觸者、密切接觸者、疫情相關場所暴露人員等風險人員。
質量控制小組負責檢查所有流量調度報告的質量，督促各流量調度小組按時限完成流量調度工作，並及時反饋流量調度中存在的問題。
4.分析研判組:下設疫情分析組、專項調查組、風險研判組。疫情分析小組負責建立病例分析數據庫，提供病例列表和傳播關系圖；分析新案例；完成每日報告、定期報告和總結報告。專項調查組負責對疾病傳播特征、疫苗效果、定點醫療機構、集中隔離點、重點場所等風險點開展專項調查。
風險研判組負責疫情趨勢分析和風險研判，提出中高風險區域劃定、風險點(餐飲、娛樂場所、超市等密閉空間)排查、風險人員管控等防控建議。
5.溯源組:在疫情源頭或重點病例傳染源不明時，結合現場工作組織溯源調查，根據需要開展重點人員和場所的采樣工作，分析傳染源，協助風險判斷。國家和省級流動追蹤班提供及時的指導和支持。