巫山縣位於大巴山弧形構造、川東褶皺帶和川鄂湘黔褶皺帶的結合部。長江東西走向,大寧河、寶龍河等7條支流南北向強烈下切。地貌為深谷與中低山相間的形態,地形起伏陡峭。谷底標高多在300米以內,岸坡相最多1000米。